Determinanty wirulencji w bakteriemii S. aureus

Celem tego badania jest dokładniejsze zbadanie wpływu cech genetycznych bakterii na wyniki pacjentów z bakteriemią S. aureus (SAB). Badacze zajmą się najistotniejszymi aspektami zjadliwości bakterii, korzystając z silnych relacji współpracy z autorytetami w dziedzinie genetyki i genomiki bakterii. Ogólna hipoteza tego badania jest taka, że ​​różne determinanty wirulencji bakterii wpływają na nasilenie zakażenia S. aureus. Konkretna hipoteza jest taka, że ​​determinanty wirulencji związane z wynikiem klinicznym zakażenia S. aureus dzielą się na grupy klonalne, identyfikowane za pomocą Multilocus Sequence Typing (MLST) i mogą być zlokalizowane w genomie przez porównawczą hybrydyzację genetyczną (CGH). Badacze ustalili następujące cele, aby realizować tę hipotezę. Cel szczegółowy 1: Zdefiniowanie różnorodności allelicznej izolatów krwi S. aureus za pomocą MSLT. Profile alleliczne wśród 1000 izolatów zostaną porównane za pomocą programu BURST (Based Upon related Sequence Type) i zostanie określone pokrewieństwo linii w całej kolekcji. Cel szczegółowy 2: Zdefiniowanie różnorodności genomowej izolatów krwi S. aureus przy użyciu CGH. Korzystając z wyników MLST, podzbiór 200 izolatów zostanie wybranych do dalszych badań. Te ~200 izolatów utworzy unikalną kolekcję dalej określaną jako kolekcja SAGA (analiza genomowa S. aureus). Różnorodność genomowa podzbioru SAGA zostanie zdefiniowana przy użyciu CGH. Cel szczegółowy 3: Skorelowanie wyników MLST i CGH, MLST i wyniku klinicznego oraz CGH i wyniku klinicznego oraz udostępnienie izolatów SAGA społeczności naukowej. W ramach tego celu szczegółowego porównana zostanie zdolność rozróżniania MLST i CGH wśród izolatów podzbioru SAGA poddanych obu testom. Związek między klonalnością bakterii a wynikami klinicznymi zostanie rozważony wśród 1000 izolatów S. aureus zebranych od dorosłych w Duke University Medical Center, którzy mieli zakażenia S. aureus poddawanych MLST. Związek między wynikami klinicznymi a obecnością lub brakiem czynników wirulencji i wysp patogenności w genomie S. aureus zostanie również rozważony wśród 200 izolatów podzbioru SAGA poddawanych CGH. Wyniki tego badania będą obejmować lepsze zrozumienie różnorodności genetycznej S. aureus i roli tej różnorodności genetycznej w określaniu ciężkości infekcji powodowanych przez S. aureus. Pełna wartość obecnej propozycji obejmuje również potencjalne przyszłe korzyści dla społeczności naukowej jako całości, jeśli można określić powiązania między genotypem patogenu a wynikiem klinicznym, możliwe do zidentyfikowania tylko przy użyciu tak dużej i dobrze scharakteryzowanej klinicznie kolekcji izolatów. Aby jeszcze bardziej zwiększyć te potencjalne korzyści, ostatecznym celem celu szczegółowego 3 będzie udostępnienie społeczności naukowej izolatów z podzbioru SAGA, odpowiednich typów MLST i profili CGH za pośrednictwem repozytorium prowadzonego przez sieć ds. oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe w S. aureus (NARSA ). Długoterminowymi celami tego projektu są: (1) identyfikacja genów bakteryjnych przyczyniających się do nasilenia infekcji w izolatach z dużej kohorty pacjentów z SAB; oraz (2) ostatecznie wykorzystać te geny do zidentyfikowania nowych interwencji w celu zwalczania patogenezy S. aureus poprzez badanie genów, które regulują zjadliwość tego pojawiającego się patogenu. W tym badaniu zostaną wykorzystane potwierdzone hodowlą izolaty SAB nosicielstwa i/lub izolaty bakterii z krwi pobrane wcześniej od 1000 dorosłych pacjentów hospitalizowanych w Duke University Medical Center.