Virulentiedeterminanten bij S Aureus-bacteriëmie

Het doel van deze studie is om de impact van bacteriële genetische kenmerken op de uitkomst van patiënten met S. aureus bacteriëmie (SAB) grondiger te onderzoeken. De onderzoekers zullen in het oog springende aspecten van bacteriële virulentie behandelen met behulp van sterke samenwerkingsrelaties met autoriteiten op het gebied van bacteriële genetica en genomica. De algemene hypothese van dit onderzoek is dat verschillende bacteriële virulentiedeterminanten de ernst van S. aureus-infectie beïnvloeden. De specifieke hypothese is dat virulentiedeterminanten geassocieerd met de klinische uitkomst van S. aureus-infectie segregeren in klonale groepen, geïdentificeerd door Multilocus Sequence Typing (MLST), en in het genoom kunnen worden gelokaliseerd door vergelijkende genetische hybridisatie (CGH). De onderzoekers hebben de volgende doelen vastgesteld om deze hypothese na te streven. Specifiek doel 1: Definieer de allelische diversiteit van S. aureus-bloedbaanisolaten met behulp van MSLT. Allelprofielen van de 1000 isolaten zullen worden vergeleken met behulp van het programma BURST (Based Upon Related Sequence Type), en de verwantschap van lijnen in de totale collectie zal worden gedefinieerd. Specifiek doel 2: de genomische diversiteit van S. aureus-bloedbaanisolaten definiëren met behulp van CGH. Met behulp van MLST-resultaten zal een subset van 200 isolaten worden geselecteerd om verder te worden bestudeerd. Deze ~200 isolaten zullen een unieke collectie vormen, hierna de SAGA-collectie (S. aureus genomische analyse) genoemd. De genomische diversiteit van de SAGA-subset zal worden gedefinieerd met behulp van CGH. Specifiek doel 3: MLST- en CGH-resultaten, MLST en klinische uitkomst, en CGH en klinische uitkomst met elkaar in verband brengen, en SAGA-isolaten beschikbaar maken voor de wetenschappelijke gemeenschap. In dit specifieke doel zal het onderscheidingsvermogen van MLST en CGH worden vergeleken tussen de SAGA-subgroepisolaten die beide assays ondergaan. De associatie tussen bacteriële klonaliteit en klinische uitkomst zal worden overwogen bij 1000 S. aureus-isolaten verzameld van volwassenen in het Duke University Medical Center die S. aureus-infecties hadden die MLST ondergingen. De associatie tussen klinische uitkomst en de aan- of afwezigheid van virulentiefactoren en pathogeniteitseilanden in het S. aureus-genoom zal ook worden overwogen bij de 200 SAGA-subgroepisolaten die CGH ondergaan. De producten van deze studie zullen een beter begrip omvatten van de genetische diversiteit in S. aureus en de rol van deze genetische diversiteit bij het bepalen van de ernst van infecties veroorzaakt door S. aureus. De volledige waarde van het huidige voorstel omvat ook het potentiële toekomstige voordeel voor de onderzoeksgemeenschap als geheel als associaties tussen pathogeengenotype en klinische uitkomst, die alleen kunnen worden geïdentificeerd met behulp van zo'n grote en klinisch goed gekarakteriseerde verzameling isolaten, kunnen worden gedefinieerd. Om deze potentiële stroomafwaartse voordelen te versterken, zal het uiteindelijke doel van Specific Aim 3 zijn om SAGA-subgroepisolaten, overeenkomstige MLST-typen en CGH-profielen beschikbaar te maken voor de wetenschappelijke gemeenschap via de repository die wordt onderhouden door het Network for Antimicrobial Resistance in S. aureus (NARSA ). De langetermijndoelstellingen van dit project zijn: (1) bacteriële genen identificeren die bijdragen aan de ernst van infectie in isolaten van een groot cohort patiënten met SAB; en (2) uiteindelijk deze genen gebruiken om nieuwe interventies te identificeren voor de controle van S. aureus-pathogenese door genen te onderzoeken die de virulentie van deze opkomende ziekteverwekker bepalen. In deze studie zullen door kweek bevestigde SAB-isolaten van neusdragers en/of bacteriële isolaten uit de bloedbaan worden gebruikt die eerder zijn verzameld bij 1000 intramurale volwassenen in het Duke University Medical Center.