Virulensdeterminanter i S Aureus-bakteriæmi

Formålet med denne undersøgelse er mere grundigt at undersøge virkningen af ​​bakterielle genetiske karakteristika på udfaldet af patienter med S. aureus bakteriæmi (SAB). Efterforskerne vil behandle fremtrædende aspekter af bakteriel virulens ved hjælp af stærke samarbejdsrelationer med myndigheder inden for bakteriel genetik og genomik. Den overordnede hypotese for denne undersøgelse er, at forskellige bakterielle virulensdeterminanter påvirker sværhedsgraden af ​​S. aureus-infektion. Den specifikke hypotese er, at virulensdeterminanter forbundet med det kliniske resultat af S. aureus-infektion adskiller sig i klonale grupper, identificeret ved Multilocus Sequence Typing (MLST), og kan lokaliseres i genomet ved komparativ genetisk hybridisering (CGH). Efterforskerne har etableret følgende mål for at forfølge denne hypotese. Specifikt mål 1: Definer den alleliske mangfoldighed af S. aureus-blodbaneisolater ved hjælp af MSLT. Allelprofiler blandt de 1000 isolater vil blive sammenlignet ved hjælp af programmet BURST (Based Upon Related Sequence Type), og slægtskaberne mellem slægter i den samlede samling vil blive defineret. Specifikt mål 2: Definer den genomiske mangfoldighed af S. aureus-blodstrømsisolater ved hjælp af CGH. Ved hjælp af MLST-resultater vil en undergruppe af 200 isolater blive udvalgt til at gennemgå yderligere undersøgelse. Disse ~200 isolater vil danne en unik samling, herefter omtalt som SAGA-samlingen (S. aureus genomisk analyse). Den genomiske diversitet af SAGA-undergruppen vil blive defineret ved hjælp af CGH. Specifikt mål 3: Korreler MLST- og CGH-resultater, MLST og kliniske resultater og CGH og kliniske resultater, og gør SAGA-isolater tilgængelige for det videnskabelige samfund. I dette specifikke mål vil MLST's og CGH's evne til at skelne blive sammenlignet blandt SAGA-undergruppens isolater, der gennemgår begge assays. Sammenhængen mellem bakteriel klonalitet og klinisk resultat vil blive overvejet blandt 1000 S. aureus-isolater indsamlet fra voksne på Duke University Medical Center, som havde S. aureus-infektioner, der gennemgår MLST. Sammenhængen mellem klinisk udfald og tilstedeværelsen eller fraværet af virulensfaktorer og patogenicitetsøer i S. aureus-genomet vil også blive overvejet blandt de 200 SAGA-undergruppe-isolater, der gennemgår CGH. Produkterne af denne undersøgelse vil omfatte en øget forståelse af genetisk diversitet i S. aureus og denne genetiske diversitets rolle ved bestemmelse af sværhedsgraden af ​​infektioner forårsaget af S. aureus. Den fulde værdi af det nuværende forslag inkluderer også den potentielle fremtidige fordel for forskningssamfundet som helhed, hvis der kan defineres sammenhænge mellem patogengenotype og klinisk resultat, som kun er muligt at identificere ved hjælp af en så stor og klinisk velkarakteriseret samling af isolater. For at forstærke disse potentielle downstream-udbytter vil det endelige mål med Specifikt Mål 3 være at gøre SAGA-undersætisolater, tilsvarende MLST-typer og CGH-profiler tilgængelige for det videnskabelige samfund gennem depotet, der vedligeholdes af Network for Antimicrobial Resistance in S. aureus (NARSA) ). De langsigtede mål for dette projekt er at: (1) identificere bakterielle gener, der bidrager til sværhedsgraden af ​​infektion i isolater fra en stor kohorte af patienter med SAB; og (2) i sidste ende bruge disse gener til at identificere nye indgreb til kontrol af S. aureus patogenese ved at undersøge gener, der styrer virulensen af ​​dette nye patogen. Kulturbekræftede SAB-næsevognsisolater og/eller bakterieisolater fra blodbanen, som tidligere er indsamlet fra 1000 indlagte voksne på Duke University Medical Center, vil blive brugt i denne undersøgelse.