Virulenssia määrittävät tekijät S Aureus -bakteremiassa

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tutkia perusteellisemmin bakteerien geneettisten ominaisuuksien vaikutusta S. aureus -bakteremiaa (SAB) sairastavien potilaiden tuloksiin. Tutkijat käsittelevät bakteerivirulenssin keskeisiä näkökohtia käyttämällä vahvoja yhteistyösuhteita bakteerigenetiikan ja genomiikan viranomaisten kanssa. Tämän tutkimuksen yleinen hypoteesi on, että erilliset bakteerivirulenssia määrittävät tekijät vaikuttavat S. aureus -infektion vakavuuteen. Spesifinen hypoteesi on, että S. aureus -infektion kliiniseen lopputulokseen liittyvät virulenssideterminantit erottuvat klonaalisiin ryhmiin, jotka tunnistetaan Multilocus Sequence Typing (MLST) -menetelmällä, ja ne voidaan paikantaa genomiin vertailevan geneettisen hybridisaation (CGH) avulla. Tutkijat ovat asettaneet seuraavat tavoitteet jatkaakseen tätä hypoteesia. Erityinen tavoite 1: Määrittele S. aureus -verenkiertoisolaattien alleelinen monimuotoisuus käyttämällä MSLT:tä. 1000 isolaatin alleeliprofiileja verrataan käyttämällä BURST-ohjelmaa (Based Upon Related Sequence Type), ja sukupolvien sukulaisuus kokonaiskokoelmassa määritellään. Erityinen tavoite 2: Määrittele S. aureus -verenkiertoisolaattien genominen monimuotoisuus käyttämällä CGH:ta. MLST-tulosten avulla valitaan 200 isolaatin osajoukko lisätutkimuksiin. Nämä ~200 isolaattia muodostavat ainutlaatuisen kokoelman, jota kutsutaan jäljempänä SAGA-kokoelmaksi (S. aureus genomianalyysi). SAGA-alajoukon genominen monimuotoisuus määritellään käyttämällä CGH:ta. Erityinen tavoite 3: Korreloi MLST- ja CGH-tulokset, MLST- ja kliiniset tulokset sekä CGH- ja kliiniset tulokset ja aseta SAGA-isolaatit tiedeyhteisön saataville. Tässä erityistavoitteessa MLST:n ja CGH:n erottelukykyä verrataan SAGA-alajoukon isolaattien kesken, joille tehdään molemmat analyysit. Bakteeriklonaalisuuden ja kliinisen lopputuloksen välistä yhteyttä tarkastellaan 1000 S. aureus -isolaatin joukossa, jotka on kerätty Duke University Medical Centerissä aikuisilta, joilla oli S. aureus -infektioita, joille tehtiin MLST. Kliinisen lopputuloksen ja S. aureus -genomin virulenssitekijöiden ja patogeenisyyssaarten läsnäolon tai puuttumisen välinen yhteys otetaan myös huomioon 200 SAGA-alaryhmän isolaatin joukossa, joille tehdään CGH. Tämän tutkimuksen tuotteisiin kuuluu lisääntynyt ymmärrys S. aureuksen geneettisestä monimuotoisuudesta ja tämän geneettisen monimuotoisuuden roolista S. aureuksen aiheuttamien infektioiden vakavuuden määrittämisessä. Tämän ehdotuksen täysi arvo sisältää myös mahdollisen tulevan hyödyn koko tutkimusyhteisölle, jos voidaan määrittää patogeenin genotyypin ja kliinisen lopputuloksen väliset yhteydet, jotka voidaan tunnistaa vain käyttämällä niin suurta ja kliinisesti hyvin karakterisoitua isolaattikokoelmaa. Näiden mahdollisten myöhempien hyötyjen vahvistamiseksi erityistavoitteen 3 lopullisena tavoitteena on saattaa SAGA-alajoukon isolaatit, vastaavat MLST-tyypit ja CGH-profiilit tiedeyhteisön saataville S. aureuksen antimikrobisen resistenssin verkoston (NARSA) ylläpitämän arkiston kautta. ). Tämän projektin pitkän aikavälin tavoitteet ovat: (1) tunnistaa bakteerigeenit, jotka edistävät infektion vakavuutta isolaateissa suuresta SAB-potilaiden ryhmästä; ja (2) lopulta käyttää näitä geenejä tunnistamaan uusia interventioita S. aureus -patogeneesin hallitsemiseksi tutkimalla geenejä, jotka säätelevät tämän esiintulevan patogeenin virulenssia. Tässä tutkimuksessa käytetään viljelyvarmennettuja SAB-nenäkuljettimen isolaatteja ja/tai verenkierron bakteeri-isolaatteja, jotka on kerätty aiemmin 1000 aikuiselta Duke University Medical Centerissä.