Virulensdeterminanter i S Aureus Bacteremia

Hensikten med denne studien er å undersøke mer inngående virkningen av bakterielle genetiske egenskaper på utfallet av pasienter med S. aureus bakteriemi (SAB). Etterforskerne vil ta for seg fremtredende aspekter ved bakteriell virulens ved å bruke sterke samarbeidsrelasjoner med myndigheter innen bakteriell genetikk og genomikk. Den generelle hypotesen for denne undersøkelsen er at distinkte bakterielle virulensdeterminanter påvirker alvorlighetsgraden av S. aureus-infeksjon. Den spesifikke hypotesen er at virulensdeterminanter assosiert med klinisk utfall av S. aureus-infeksjon segregeres i klonale grupper, identifisert ved Multilocus Sequence Typing (MLST), og kan lokaliseres i genomet ved komparativ genetisk hybridisering (CGH). Etterforskerne har etablert følgende mål for å forfølge denne hypotesen. Spesifikt mål 1: Definere det alleliske mangfoldet til S. aureus-blodstrømisolater ved bruk av MSLT. Allelprofiler blant de 1000 isolatene vil bli sammenlignet ved å bruke programmet BURST (Based Upon Related Sequence Type), og slektskapen til avstamninger i den samlede samlingen vil bli definert. Spesifikt mål 2: Definere det genomiske mangfoldet til S. aureus-blodstrømisolater ved bruk av CGH. Ved å bruke MLST-resultater vil en undergruppe av 200 isolater bli valgt ut for å gjennomgå videre studier. Disse ~200 isolatene vil danne en unik samling heretter referert til som SAGA-samlingen (S. aureus genomisk analyse). Det genomiske mangfoldet til SAGA-undergruppen vil bli definert ved hjelp av CGH. Spesifikt mål 3: Korrelere MLST- og CGH-resultater, MLST og klinisk utfall, og CGH, og klinisk utfall, og gjøre SAGA-isolater tilgjengelige for det vitenskapelige samfunnet. I dette spesifikke målet vil forskjellsevnen til MLST og CGH sammenlignes blant SAGA-undergruppens isolater som gjennomgår begge analysene. Sammenhengen mellom bakteriell klonalitet og klinisk utfall vil bli vurdert blant 1000 S. aureus-isolater samlet inn fra voksne ved Duke University Medical Center som hadde S. aureus-infeksjoner som gjennomgikk MLST. Sammenhengen mellom klinisk utfall og tilstedeværelse eller fravær av virulensfaktorer og patogenisitetsøyer i S. aureus-genomet vil også bli vurdert blant de 200 SAGA-undergruppens isolater som gjennomgår CGH. Produktene fra denne studien vil inkludere en økt forståelse av genetisk mangfold i S. aureus og rollen til dette genetiske mangfoldet for å bestemme alvorlighetsgraden av infeksjoner forårsaket av S. aureus. Den fulle verdien av det nåværende forslaget inkluderer også den potensielle fremtidige fordelen for forskningsmiljøet som helhet dersom assosiasjoner mellom patogengenotype og klinisk utfall, kun mulig å identifisere ved bruk av en så stor og klinisk godt karakterisert samling av isolater, kan defineres. For å forsterke disse potensielle nedstrømsutbyttene, vil det endelige målet med spesifikt mål 3 være å gjøre SAGA-undersettisolater, tilsvarende MLST-typer og CGH-profiler tilgjengelige for det vitenskapelige samfunnet gjennom depotet som vedlikeholdes av Network for Antimicrobial Resistance in S. aureus (NARSA) ). De langsiktige målene for dette prosjektet er å: (1) identifisere bakteriegener som bidrar til alvorlighetsgraden av infeksjon i isolater fra en stor gruppe pasienter med SAB; og (2) til slutt bruke disse genene til å identifisere nye intervensjoner for kontroll av S. aureus-patogenesen ved å undersøke gener som styrer virulensen til dette nye patogenet. Kulturbekreftede SAB-nesevognisolater og/eller bakterieisolater fra blodstrømmen som tidligere er samlet inn fra 1000 innlagte voksne ved Duke University Medical Center, vil bli brukt i denne studien.