Lungenmikrobiota bei Patienten mit chronisch obstruktiver Lungenerkrankung, die mit P. Aeruginosa kolonisiert sind, die gegen Imipenem resistent sind (MiPAD)

Patienten: Patienten mit schwerer COPD (FEV/Forcierte Vitalkapazität (FVC) <70 % und FEV <50 % nach Bronchodilatation), stationär in der Abteilung für Pneumologie des Lehrkrankenhauses Reims untergebracht. Bei der Aufnahme sollten die Patienten stabil sein. Die Aufnahme von 20 Patienten, also insgesamt 100 Patienten, wird 24 Monate dauern. Die Untersuchung assoziierter Faktoren mit der Kolonisierung von PA und der PA-Mutante OprD wird nur für Patienten durchgeführt, von denen bekannt ist, dass sie keine PA-Träger sind. Die Mikrobiota-Charakterisierung wird bei allen Patienten durchgeführt, die mit PA kolonisiert sind, und bei Patienten, die nicht mit PA kolonisiert sind und nach dem Zufallsprinzip ausgewählt werden. Die Analyse des Einflusses der PA-Kolonisierung auf die COPD-Entwicklung erfolgt 12 Monate nach der Probenahme für alle eingeschlossenen Patienten.

Evaluationskriterien:

• Vorhandensein einer P. aeruginosa-Resistenz gegen Imipenem (OprD-Mutation)
• Lungenmikrobiota: Bestimmung der Bakterienlast (Gesamtzahl der Bakterien) und der Diversität der Bakteriengemeinschaft. Anschließend wird die relative Häufigkeit der operativen taxonomischen Einheiten (OTU) auf Stamm-, Klassen-, Ordnungs- und Familienebene analysiert.
• Mit der Kolonisierung mit PA und PA-Mutante OprD verbundene Faktoren: Antibiotika, Kortikosteroide, Krankenhausaufenthalt im Jahr vor der Aufnahme, Schweregrad der COPD, Atemwegssymptome wie Husten und Auswurf, Belastungsdyspnoe, bewertet anhand eines Fragebogens des Modified Respiratory Medical Council (MMRC), Co- Morbiditäten.
• PA-Portierungseinfluss und PA-Mutanten-OprD auf Veränderungen nach 12 Monaten: Anzahl der Exazerbationen, Schwere der Exazerbationen, Anzahl der Krankenhauseinweisungen, Lebensqualität, bewertet durch den St.-Georgs-Atemfragebogen, Tod, Entwicklung obstruktiver Beatmungsstörungen.

Untersuchung:

• Vorschlag zur Teilnahme an einer pulmonologischen Sprechstunde für alle berechtigten Patienten
• Bei Teilnahme an der Annahme (unterschriebenes Einverständnisformular): 3 bakteriologische Proben: Sputum (normalerweise durchgeführt), Mundspülung mit Wasser vor dem Waschen (speziell für diese Studie hergestellt). Keine Änderung der medizinischen Versorgung des Patienten (Behandlung, Überwachung usw.). Klinische Datenerfassung: Kriterien für COPD, Lungenfunktion, Dyspnoe und Sputumsymptome, bewertet anhand der MMRC-Skala, Lebensqualität bewertet anhand des St.-George-Fragebogens zu Atemwegserkrankungen, Antibiotikatherapie und Krankenhausaufenthalt in den letzten 12 Monaten. Neubewertung 12 Monate nach Probenahme im Rahmen der regelmäßigen Patientenüberwachung (gleiches wie bisher). Alle Proben werden wie üblich an das klinische Labor für Bakteriologie (CHU Reims) geschickt: Aufteilung der Probe in zwei Teile: 1 Teil bei -80 °C gelagert und 1 Teil gemeinsam analysiert. Anschließend werden die Patienten anhand der Sputumanalyse als PA oder nicht kolonisiert klassifiziert. Die Mutation in oprD wird in einem zweiten Schritt charakterisiert, um Patienten als PA oder PA-OprD-Mutantenträger zu klassifizieren. Proben aller mit PA kolonisierten Patienten und zufällig ausgewählter, nicht mit PA kolonisierter Patienten, die bei -80 °C gelagert wurden, werden an die „PEGASE“-Plattenform des Institut Pasteur de Lille gesendet. Die Charakterisierung der Lungenmikrobiota wird durch Hochdurchsatzsequenzierung auf Illumina „MiSeq“ durchgeführt, wodurch 24 Millionen Lesevorgänge in 2x300 bp Paired-End erreicht werden können.