Microbiota pulmonar em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica colonizados por P. aeruginosa resistente ao imipenem (MiPAD)

Pacientes: Pacientes com DPOC grave (VEF/capacidade vital forçada (CVF) <70% e em VEF<50% após broncodilatação) internados no departamento de pneumologia do Hospital Universitário de Reims. Na inclusão, os pacientes devem estar estáveis. A inclusão de 20 pacientes necessitando de 100 pacientes no total exigirá 24 meses. O estudo de fatores associados à colonização para PA e OprD mutante para PA será realizado apenas para pacientes conhecidos como não portadores de PA. A caracterização da microbiota será realizada em todos os pacientes colonizados com PA e em pacientes não colonizados por PA selecionados aleatoriamente. A análise da influência da colonização do AP na evolução da DPOC será feita 12 meses após a amostragem para todos os pacientes incluídos.

Critério de avaliação:

• Presença de resistência de P. aeruginosa ao imipenem (mutação OprD)
• Microbiota pulmonar: Determinação da carga bacteriana (número total de bactérias) e diversidade da comunidade bacteriana. Em seguida, a abundância relativa da Unidade Taxonômica Operacional (OTU) será analisada em nível de filo, classe, ordem e família.
• Fatores associados à colonização com PA e PA mutante OprD: antibióticos, corticosteróides, internação no ano anterior à inclusão, gravidade da DPOC, sintomas respiratórios de tosse e expectoração, dispneia aos esforços avaliada pelo questionário modificado Respiratory Medical Council (MMRC), co- morbidades.
• Influência do PA porting e OprD mutante PA nas alterações aos 12 meses: número de exacerbações, gravidade das exacerbações, número de hospitalizações, qualidade de vida avaliada pelo questionário respiratório de St George, óbito, evolução de distúrbios ventilatórios obstrutivos.

Investigação:

• Proposta de participação a todos os doentes elegíveis numa consulta de pneumologia
• Se participação de aceitação (formulário de consentimento informado assinado): 3 amostras bacteriológicas: Escarro (geralmente feito), lavagem oral com água antes da lavagem (feita especificamente para este estudo). Nenhuma mudança na assistência médica do paciente (tratamento, acompanhamento, etc ...). Coleta de Dados Clínicos: critérios para DPOC, função pulmonar, dispnéia e sintomas de escarro, avaliados pela escala MMRC, qualidade de vida avaliada pelo questionário respiratório de St George, antibioticoterapia e hospitalização nos últimos 12 meses. Reavaliação 12 meses após a coleta como parte do acompanhamento regular dos pacientes (idem como anteriormente). Todas as amostras serão enviadas para o laboratório clínico de bacteriologia (CHU Reims) como normalmente é feito para amostras: separação da amostra em 2 partes: 1 parte armazenada a -80°C e 1 parte comumente analisada. Em seguida, os pacientes serão classificados como PA ou PA não colonizados com base na análise do escarro. A mutação em oprD será caracterizada em uma segunda etapa para classificar os pacientes como PA ou portadores mutantes de PA OprD. Amostras de todos os pacientes colonizados com PA e de pacientes não colonizados por PA selecionados aleatoriamente que foram armazenados a -80°C serão enviadas para a placa "PEGASE" do Institut Pasteur de Lille. A caracterização da microbiota pulmonar será realizada por sequenciamento de alto rendimento no Illumina "MiSeq" permitindo atingir 24 milhões de leituras em 2x300 bp paired-end.