Mikrobiota płucna u pacjentów z przewlekłą obturacyjną chorobą płuc skolonizowaną przez P. aeruginosa oporną na imipenem (MiPAD)

Pacjenci: Pacjenci z ciężką POChP (FEV/natężona pojemność życiowa (FVC)<70% i FEV<50% po rozszerzeniu oskrzeli) hospitalizowani na oddziale pulmonologii Szpitala Klinicznego w Reims. W chwili włączenia pacjenci powinni być stabilni. Włączenie 20 pacjentów wymagających łącznie 100 pacjentów będzie wymagało 24 miesięcy. Badanie czynników związanych z kolonizacją PA i mutantem PA OprD zostanie przeprowadzone tylko dla pacjentów, o których wiadomo, że nie są nosicielami PA. Charakterystyka mikrobiomu zostanie przeprowadzona na wszystkich pacjentach skolonizowanych przez PA i wybranych losowo pacjentach bez PA. Analiza wpływu kolonizacji PA na ewolucję POChP zostanie przeprowadzona 12 miesięcy po pobraniu próbek od wszystkich włączonych pacjentów.

Kryteria oceny:

• Obecność oporności P. aeruginosa na imipenem (mutacja OprD)
• Mikrobiota płucna: Określenie ładunku bakteryjnego (całkowitej liczby bakterii) i różnorodności społeczności bakteryjnej. Następnie względna liczebność Operacyjnej Jednostki Taksonomicznej (OTU) zostanie przeanalizowana na poziomie typu, klasy, rzędu i rodziny.
• Czynniki związane z kolonizacją PA i mutantem PA OprD: antybiotyki, kortykosteroidy, hospitalizacja w ciągu roku poprzedzającego włączenie, ciężkość POChP, objawy ze strony układu oddechowego w postaci kaszlu i odkrztuszania, duszność wysiłkowa oceniana kwestionariuszem zmodyfikowanej Rady Lekarskiej Chorób Płuc (MMRC), współ- choroby.
• Porting PA Wpływ i mutant PA OprD na zmiany do 12 miesięcy: liczbę zaostrzeń, nasilenie zaostrzeń, liczbę hospitalizacji, jakość życia ocenianą kwestionariuszem oddechowym St. George'a, zgon, ewolucję zaburzeń wentylacji obturacyjnej.

Dochodzenie:

• Propozycja udziału wszystkich kwalifikujących się pacjentów w konsultacji pulmonologicznej
• W przypadku udziału akceptacji (podpisany formularz świadomej zgody): 3 próbki bakteriologiczne: Plwocina (zwykle wykonywana), płukanie jamy ustnej wodą przed myciem (wykonane specjalnie do tego badania). Brak zmian w opiece medycznej nad pacjentem (leczenie, monitorowanie itp.). Gromadzenie danych klinicznych: kryteria POChP, czynność płuc, duszność i objawy plwociny oceniane za pomocą skali MMRC, jakość życia oceniana za pomocą kwestionariusza oddechowego św. Jerzego, antybiotykoterapia i hospitalizacja w ciągu ostatnich 12 miesięcy. Ponowna ocena 12 miesięcy po pobraniu próbki w ramach regularnego monitorowania pacjentów (tak jak poprzednio). Wszystkie próbki zostaną wysłane do laboratorium klinicznego bakteriologii (CHU Reims), jak zwykle w przypadku próbek: rozdzielenie próbki na 2 części: 1 część przechowywana w temperaturze -80°C i 1 część powszechnie analizowana. Następnie pacjenci zostaną sklasyfikowani jako PA lub PA nieskolonizowani na podstawie analizy plwociny. Mutacja w oprD zostanie scharakteryzowana w drugim etapie w celu sklasyfikowania pacjentów jako nosicieli mutantów PA lub PA OprD. Próbki wszystkich pacjentów skolonizowanych PA i pacjentów bez PA, wybranych losowo, które były przechowywane w temperaturze -80°C, zostaną przesłane do płytki „PEGASE” Instytutu Pasteura w Lille. Charakterystyka mikroflory płucnej zostanie przeprowadzona za pomocą wysokowydajnego sekwencjonowania na Illumina „MiSeq”, co pozwoli osiągnąć 24 miliony odczytów w sparowanych końcach 2x300 bp.