Microbiota pulmonar en pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica colonizados con P. aeruginosa resistente a imipenem (MiPAD)

Pacientes: Pacientes con EPOC grave (FEV/Capacidad vital forzada (FVC) <70% y en FEV<50% tras broncodilatación) hospitalizados en el Departamento de neumología del Hospital Universitario de Reims. En el momento de la inclusión, los pacientes deben estar estables. La inclusión de 20 pacientes que necesitan 100 pacientes en total requerirá 24 meses. El estudio de factores asociados con la colonización a PA y PA mutante OprD se realizará solo para pacientes que se sabe que no son portadores de PA. La caracterización de la microbiota se realizará en todos los pacientes colonizados con PA y en pacientes no colonizados por PA seleccionados aleatoriamente. El análisis de la influencia de la colonización de AP en la evolución de la EPOC se realizará 12 meses después de la toma de muestras para todos los pacientes incluidos.

Criterios de evaluación:

• Presencia de resistencia de P. aeruginosa a imipenem (mutación OprD)
• Microbiota pulmonar: Determinación de la carga bacteriana (número total de bacterias) y diversidad de la comunidad bacteriana. Luego, se analizará la abundancia relativa de la Unidad Taxonómica Operacional (OTU) a nivel de filo, clase, orden y familia.
• Factores asociados a la colonización con PA y OprD mutante de PA: antibióticos, corticoides, hospitalización durante el año anterior a la inclusión, gravedad de la EPOC, síntomas respiratorios de tos y expectoración, disnea de esfuerzo evaluados mediante cuestionario del Respiratory Medical Council modificado (MMRC), co- morbilidades
• PA porting Influencia y PA mutante OprD en los cambios a 12 meses: el número de exacerbaciones, la gravedad de las exacerbaciones, el número de hospitalizaciones, la calidad de vida evaluada por el cuestionario respiratorio de St George, la muerte, la evolución de los trastornos respiratorios obstructivos.

Investigación:

• Propuesta de participación a todos los pacientes elegibles en una consulta de neumología
• Si participación de aceptación (formulario de consentimiento informado firmado): 3 muestras bacteriológicas: Esputo (generalmente hecho), lavado oral con agua antes del lavado (hecho específicamente para este estudio). Ningún cambio en la atención médica del paciente (tratamiento, seguimiento, etc...). Recopilación de Datos Clínicos: criterios de EPOC, función pulmonar, disnea y síntomas de esputo, evaluados por la escala MMRC, calidad de vida evaluada por el cuestionario respiratorio de St George, tratamiento antibiótico y hospitalización en los últimos 12 meses. Reevaluación 12 meses después de la toma de muestras como parte del seguimiento regular de los pacientes (ídem como antes). Todas las muestras se enviarán al laboratorio clínico de bacteriología (CHU Reims) como se hace habitualmente para las muestras: separación de la muestra en 2 partes: 1 parte almacenada a -80°C y 1 parte comúnmente analizada. Luego, los pacientes serán clasificados como PA o PA no colonizados según el análisis de esputo. La mutación en oprD se caracterizará en un segundo paso para clasificar a los pacientes como portadores del mutante PA o PA OprD. Las muestras de todos los pacientes colonizados con PA y de pacientes no colonizados con PA seleccionados al azar que hayan sido almacenados a -80 °C se enviarán a la plataforma "PEGASE" del Institut Pasteur de Lille. La caracterización de la microbiota pulmonar se realizará mediante secuenciación de alto rendimiento en Illumina "MiSeq", lo que permitirá alcanzar 24 millones de lecturas en 2x300 pb de extremo emparejado.