Легочная микробиота у больных хронической обструктивной болезнью легких, колонизированных P. aeruginosa, устойчивыми к имипенему (MiPAD)

Пациенты: Пациенты с тяжелой ХОБЛ (ОФВ/форсированная жизненная емкость легких (ФЖЕЛ) <70% и ОФВ<50% после бронходилатации), госпитализированные в пульмонологическое отделение клинической больницы Реймса. При включении больные должны быть стабильны. Включение 20 пациентов, в общей сложности 100 пациентов, потребует 24 месяцев. Изучение ассоциированных факторов с колонизацией PA и мутантным PA OprD будет проводиться только для пациентов, о которых известно, что они не являются носителями PA. Характеристика микробиоты будет проводиться на всех пациентах, колонизированных PA, и на случайно выбранных пациентах, не колонизированных PA. Анализ влияния колонизации PA на развитие ХОБЛ будет проведен через 12 месяцев после отбора проб для всех включенных пациентов.

Критерии оценки:

• Наличие устойчивости P. aeruginosa к имипенему (мутация OprD)
• Легочная микробиота: определение бактериальной нагрузки (общее количество бактерий) и разнообразия бактериального сообщества. Затем будет проанализирована относительная численность операционных таксономических единиц (OTU) на уровне типов, классов, отрядов и семейств.
• Факторы, связанные с колонизацией PA и мутантным PA OprD: антибиотики, кортикостероиды, госпитализация в течение года, предшествующего включению, тяжесть ХОБЛ, респираторные симптомы кашля и отхаркивания, одышка при физической нагрузке, оцениваемые по опроснику модифицированного респираторного медицинского совета (MMRC), ко- заболевания.
• Влияние переноса ПА и мутанта ПА OprD на изменения к 12 мес: количество обострений, тяжесть обострений, количество госпитализаций, качество жизни по респираторному опроснику Сент-Джорджа, летальность, эволюцию вентиляционных нарушений обструктивного характера.

Расследование:

• Предложение об участии всех подходящих пациентов в консультации пульмонолога
• При участии в приеме (подписанная форма информированного согласия): 3 бактериологических образца: мокрота (обычно делается), полоскание рта водой перед промыванием (делается специально для данного исследования). Никаких изменений в медицинском уходе за пациентом (лечение, наблюдение и т. д.). Сбор клинических данных: критерии ХОБЛ, функция легких, симптомы одышки и мокроты, оцененные по шкале MMRC, качество жизни, оцененное по респираторному опроснику St George, антибактериальная терапия и госпитализация в предшествующие 12 мес. Повторная оценка через 12 месяцев после отбора проб в рамках регулярного наблюдения за пациентами (то же, что и ранее). Все образцы будут отправлены в клиническую бактериологическую лабораторию (CHU Reims), как это обычно делается для образцов: разделение образца на 2 части: 1 часть хранится при температуре -80 ° C и 1 часть обычно анализируется. Затем пациенты будут классифицированы как ПА или ПА без колоний на основании анализа мокроты. Мутация в oprD будет охарактеризована на втором этапе, чтобы классифицировать пациентов как носителей мутантных PA или PA OprD. Образцы всех пациентов, колонизированных PA, и случайно выбранных пациентов, не колонизированных PA, которые хранились при температуре -80 ° C, будут отправлены на планшет «PEGASE» Института Пастера в Лилле. Характеристика легочной микробиоты будет выполняться с помощью высокопроизводительного секвенирования на Illumina «MiSeq», позволяющего достичь 24 миллионов прочтений в парном конце 2x300 п.н.