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Contribution of New Generation Oxford Nanopore-type High-throughput Sequencing in the Diagnostic Strategy of Neurogenetic Diseases. (NEURONGS3)

3. November 2020 aktualisiert von: University Hospital, Bordeaux

Since 2012, NGS sequencing of long fragments or long reads has developed in various fields of research and today presents itself as a very promising alternative solution in the analysis of repeat amplifications. The Oxford Nanopore NGS automaton offers the prospect of bringing together 1st and 2nd line analyzes of all loci potentially indicated in neurogenetics at the same time. The project aims to compare the use of this new technology with methods currently used in reference laboratories.

The main objective is to evaluate the ability of next-generation high-throughput Oxford Nanopore-type sequencing (NEURONGS3) to diagnose 9 neurogenetic diseases compared to reference protocols via PCR (+/- Southern blot).

The secondary objective is to evaluate the repeatability of the NGS (intra-sample reproducibility) analysis in the diagnosis of 8 neurogenetic diseases.

Studienübersicht

Status

Unbekannt

Bedingungen

Intervention / Behandlung

Detaillierte Beschreibung

Since 2012, NGS sequencing of long fragments or long reads has developed in various fields of research and today presents itself as a very promising alternative solution in the analysis of repeat amplifications. The Oxford Nanopore NGS automaton offers the prospect of bringing together 1st and 2nd line analyzes of all loci potentially indicated in neurogenetics at the same time. The project aims to compare the use of this new technology with methods currently used in reference laboratories.

Multicenter cross-sectional early phase diagnostic study on already existing biological collections. Analyzes with the new technique (NGS) will be carried out blinded to the results obtained with the current reference algorithm based on the sequential performance of PCRs The main objective is to evaluate the ability of next-generation high-throughput Oxford Nanopore-type sequencing (NEURONGS3) to diagnose 9 neurogenetic diseases compared to reference protocols via PCR (+/- Southern blot).

The secondary objective is to evaluate the repeatability of the NGS (intra-sample reproducibility) analysis in the diagnosis of 8 neurogenetic diseases.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Voraussichtlich)

60

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienkontakt

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

1 Sekunde und älter (Kind, Erwachsene, Älterer Erwachsener)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Subject carrying an amplification of nucleotide repeats in one of the following 9 genes FMR1, DMPK, ZNF9, SCA2, JPH3, HD, FXN, C9ORF72, RFC1

Beschreibung

Inclusion Criteria:

  • minors, adults and protected adults.
  • Subject carrying an amplification of nucleotide repeats in one of the following 9 genes FMR1, DMPK, ZNF9, SCA2, JPH3, HD, FXN, C9ORF72, RFC1
  • DNA available in sufficient quantity (5 to 10 µg)

Exclusion Criteria:

  • DNA degraded or of medium size <30kb,
  • Patient objection to research - This patient objection must be reached to the center's investigator within 1 maximum period of 1 month after sending the information note.

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Proportion of patients tested positive by Next Generation Sequencing among all the patients tested positive by the current algorithm based on PCRs
Zeitfenster: through study completion, an average of 2 years
For each of the 9 considered diseases, the proportion will be established as well as its 95% confidence interval.
through study completion, an average of 2 years

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Difference between the number of repetition amplifications found by the Next Generation Sequencing method and the number of repetition amplifications found by the PCR diagnosis method
Zeitfenster: through study completion, an average of 2 years
For each of the 9 considered diseases, the number of repetition amplifications found by the Next Generation Sequencing method will be compared to the number of repetition amplifications found by the PCR diagnosis method using the Bland et Altman graphs. The average and standard deviation of the difference will be calculated.
through study completion, an average of 2 years

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

University Hospital, Bordeaux

Ermittler

  • Hauptermittler: Cyril GOIZET, University Hospital, Bordeaux

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Voraussichtlich)

1. Dezember 2020

Primärer Abschluss (Voraussichtlich)

1. Juni 2022

Studienabschluss (Voraussichtlich)

1. Januar 2023

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

12. Oktober 2020

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

3. November 2020

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

9. November 2020

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

9. November 2020

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

3. November 2020

Zuletzt verifiziert

1. Oktober 2020

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • CHUBX 2019/51

Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)

Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?

NEIN

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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