Test de selles avec dosage moléculaire pour minimiser les précautions contre les contacts

La gastro-entérite infectieuse aiguë peut être causée par des virus, des bactéries ou des parasites, entraînant une maladie diarrhéique qui peut s'accompagner de fièvre, de douleurs et/ou de crampes abdominales, d'hématochézie, de nausées et de vomissements. Jusqu'à 12,5 % à 25 % de la population développent une infection gastro-intestinale chaque année, la majorité des cas étant spontanément résolutifs et les symptômes disparaissant généralement en 14 jours sans traitement. Alors que la grande majorité des quelque 4 millions de Canadiens qui développent une gastro-entérite ont une maladie bénigne et spontanément résolutive, environ 9 250 à 14 150 sont hospitalisés chaque année et 1,6 % à 2,2 % meurent de leur maladie.

Pour les patients hospitalisés, la majorité aura des échantillons de selles prélevés et testés à l'aide de méthodes de microbiologie standard qui incluent la culture des bactéries, l'amplification des acides nucléiques pour les virus et les bactéries et la microscopie ou les dosages immunologiques enzymatiques pour les parasites. Le nombre d'agents pathogènes pouvant être identifiés est limité dans la plupart des laboratoires de microbiologie, et le délai de déclaration peut prendre jusqu'à 3 jours. Récemment, de nouvelles technologies d'amplification d'acide nucléique ont été développées qui peuvent tester plusieurs agents pathogènes gastro-intestinaux en une seule analyse qui prend généralement moins d'un délai d'exécution d'un jour pour la notification.

Le BioFire® FilmArray Gastrointestinal Panel (FGP) est un test de réaction en chaîne par polymérase multiplex qui peut tester simultanément 22 virus, bactéries et parasites différents avec une excellente sensibilité et spécificité avec un délai d'exécution de 1 heure. Par rapport aux méthodes de test conventionnelles, le FGP coûte 40 % de plus, soit environ 180 $ (CDN) par test. Malgré la détection d'un plus grand nombre d'agents pathogènes en moins de temps, une revue systématique récente n'a trouvé aucune preuve à l'appui d'un impact positif sur l'amélioration des résultats pour les patients ou sur le rapport coût-efficacité par rapport aux tests conventionnels. Étant donné que la plupart des épisodes de maladies gastro-intestinales sont bénins et spontanément résolutifs, il n'est peut-être pas possible de concevoir un essai randomisé pour démontrer l'efficacité clinique du traitement test étant donné que la majorité des 22 agents pathogènes détectés par le FGP ne bénéficient pas d'un traitement antimicrobien. Au lieu de cela, mesurer d'autres résultats tels que l'utilisation réduite des ressources hospitalières telles que les jours d'isolement des contacts, pourrait fournir des preuves à la fois des avantages cliniques et de la rentabilité.

À ce jour, les preuves disponibles sur le rapport coût-efficacité du test FGP reposent en grande partie sur des études observationnelles, généralement contrôlées historiquement avant-après, associées à un risque élevé de biais. La seule étude qui était de qualité suffisante pour être incluse dans une revue systématique du rapport coût-efficacité a utilisé un test basé sur la PCR différent. Étant donné que le test FGP s'est avéré avoir des caractéristiques diagnostiques très similaires dans une comparaison directe avec cet autre test basé sur la PCR, les résultats seront utilisés pour informer le résultat principal de cette étude. Dans l'étude de Goldenberg et al., les différences de jours d'isolement des contacts entre les tests conventionnels (observés) et les tests basés sur la PCR (simulés) ont été estimées et se sont traduites par une réduction de 34,3 % des jours d'isolement des contacts dans le groupe basé sur la PCR. Parmi les 800 patients, cela équivalait à une réduction moyenne de 0,94 jours d'isolement par contact par patient. Malheureusement, les intervalles de confiance n'ont pas été estimés pour cette estimation ponctuelle. Le coût d'une seule journée d'isolement a été rapporté à environ 88 £ (Royaume-Uni) pour l'exercice 2011/2012. Une analyse du seuil de rentabilité a démontré qu'une réduction de 252 jours d'isolement des contacts, soit une réduction de 11,4 %, était nécessaire pour compenser l'augmentation des coûts associés au test basé sur la PCR. Le coût du test basé sur la PCR utilisé dans cette étude était de 0,4 fois le coût du test FGP, ce qui suggère que le nombre de jours d'isolement de contact nécessaires pour atteindre le seuil de rentabilité avec le test FGP pourrait atteindre 635. Dans un rapport de conférence plus récent sur une étude randomisée au Royaume-Uni utilisant la FGP, une analyse intermédiaire a estimé une réduction des jours d'isolement des contacts de 0,9 jours par patient (IC à 95 % 0,4 à 1,6). Aucune donnée n'a été fournie sur le rapport coût-efficacité. Compte tenu de l'étendue de l'incertitude entourant à la fois l'efficacité clinique et la rentabilité du test FGP, un essai test-traitement randomisé serait la meilleure option pour résoudre ces incertitudes.