Il s'agit d'une étude observationnelle de 6 mois. Les patients inclus seront ceux référés avec un diagnostic possible ou un diagnostic établi d'asthme. Il examinera l'association du microbiome de l'asthme et des caractéristiques de la maladie, de sa gravité et de la réponse au traitement.

VISITE 1 (Mois 0) FACE À FACE

• Une fois accepté, un identifiant d'étude sera attribué et des informations démographiques de base seront prises.
• Des antécédents médicaux standardisés seront pris en compte pour inclure l'historique des symptômes cibles, la fréquence des exacerbations et les admissions à l'hôpital.
• Une histoire comorbide détaillée sera prise, ainsi qu'un examen de tous les traitements antérieurs contre l'asthme. Des questionnaires sur les symptômes validés seront remplis lors des visites d'étude.
• Tous les participants recevront un moniteur électronique PEFR.
• Les patients suivant ou devant suivre un traitement par inhalation recevront un moniteur électronique d'observance.
• Des tests de la fonction pulmonaire seront effectués, notamment la spirométrie, l'oscillométrie d'impulsion, la fraction d'oxyde nitrique expiré ainsi que la réversibilité des bronchodilatateurs.
• Le prélèvement d'échantillons comprendra du sang, un bain de bouche, un écouvillon nasopharyngé, le condensat de l'haleine expirée, les selles et les crachats induits.
• Un sous-ensemble de patients sera autorisé à subir une bronchoscopie pour un échantillonnage des voies respiratoires inférieures.

VISITE 2,3, 4 (Mois 1,2, 3) FACE À FACE

• Un historique détaillé des symptômes sera effectué, ainsi qu'un examen de tous les changements de traitement.
• Des questionnaires sur les symptômes validés seront remplis lors des visites d'étude.
• Les données du PEFR et des appareils d'observance du mois précédent seront collectées et de nouveaux moniteurs et appareils seront fournis si nécessaire.
• Les tests de la fonction pulmonaire seront effectués comme ci-dessus.
• Le prélèvement d'échantillons comprendra du sang, des bains de bouche, un écouvillon nasopharyngé, de l'EBC, des selles et des crachats induits comme ci-dessus.

VISITE 5 (Mois 6) FACE À FACE

• Un historique détaillé des symptômes sera effectué, ainsi qu'un examen de tous les changements de traitement. - Des questionnaires sur les symptômes validés seront remplis lors des visites d'étude.
• Les données du PEFR et des appareils d'observance du mois précédent seront collectées et de nouveaux moniteurs et appareils seront fournis si nécessaire.
• Les tests de la fonction pulmonaire seront effectués comme ci-dessus.
• Le prélèvement d'échantillons comprendra du sang, des bains de bouche, un écouvillon nasopharyngé, de l'EBC, des selles et des crachats induits.
• Un sous-ensemble de patients ayant subi une bronchoscopie lors de la VISITE 1 subira à nouveau une bronchoscopie pour le prélèvement d'échantillons correspondant.

PROCÉDURES:

Questionnaires :

Des questionnaires sur les symptômes validés seront complétés lors des visites d'étude indiquées précédemment. Le test de contrôle de l'asthme mesure l'adéquation du contrôle de l'asthme et les modifications du contrôle de l'asthme qui peuvent survenir spontanément ou en réponse au traitement. Le GERD-Q et le SNOT-22 établissent la présence et la gravité d'un reflux gastro-œsophagien et d'une maladie des sinus comorbides, deux comorbidités courantes de l'asthme, qui peuvent affecter la qualité de vie, le contrôle des symptômes et la réponse au traitement.

Enquêtes :

Les tests de la fonction pulmonaire comprendront la spirométrie, l'oscillométrie à impulsion (IOS) et la mesure du débit expiratoire de pointe (PEFR). La fraction d'oxyde nitrique expiré (FeNO), un biomarqueur établi mesuré régulièrement dans les cliniques d'asthme, sera également mesurée.

Bio-échantillons :

Des échantillons de fond seront prélevés sur l'équipement d'échantillonnage et de stockage pour examiner la contamination environnementale, y compris une solution saline stérile, un écouvillon nasopharyngé, un récipient pour rince-bouche/pot d'expectoration et le bronchoscope.

Des analyses de sang seront réalisées par phlébotomie et par un seul passage d'aiguille. La quantité totale de volume sanguin prélevé sera le volume minimum acceptable utilisé chez les patients pédiatriques à des fins de recherche. Le volume total maximum de l’échantillon est de 50 ml/10 cuillères à café.

Les échantillons oraux seront collectés à l'aide d'une procédure standardisée conformément au Manuel de procédures pour le projet sur le microbiome humain. Les participants à l'étude se rinceront la bouche (swish/gargarisme) avec 15 ml de solution saline normale stérile pendant 1 min et cracheront le contenu de la bouche dans un tube à centrifuger de 50 ml. L'échantillon doit être conservé au froid sur de la glace jusqu'au traitement.

Un écouvillon nasopharyngé sera collecté et inséré dans chaque narine pendant plusieurs secondes.

Les crachats induits seront collectés chez des patients sélectionnés en utilisant une solution saline hypertonique si nécessaire.

L'EBC sera collecté à l'aide de RTube, une valve respiratoire unidirectionnelle qui permet une collecte sans contaminant de 200 microlitres par minute chez les adultes pendant une respiration normale.

Les selles seront collectées dans un récipient scellable et stockées à -80 °C pour un traitement ultérieur.

La bronchoscopie sera réalisée sous sédation modérée avec anesthésie topique. Une petite caméra passe à travers les cordes vocales dans les voies respiratoires supérieures puis inférieures. Pour un lavage broncho-alvéolaire (BAL), un total de 60 ml de solution saline normale sera instillé dans un lobe pulmonaire et le retour sera collecté pour analyse. Un brossage endothélial (EB) implique l'introduction d'une petite brosse via le bronchoscope pour brosser doucement les parois des voies respiratoires afin de collecter les cellules épithéliales pour analyse en vue d'études morphologiques et fonctionnelles.

TRAITEMENT DES ÉCHANTILLONS :

Les échantillons seront traités et stockés dans RCSI. Une fois tous collectés, les échantillons disponibles seront transférés aux hôpitaux universitaires de New York (pour notre collaborateur le Dr Leopoldo Segal), pour être traités pour le profilage du microbiome et du transcriptome de l'hôte.

Des échantillons de sang seront traités pour une formule sanguine complète, une immunoglobuline E et une sensibilité aux aéroallergènes. De plus, le sang sera traité pour le profilage immunitaire de l'hôte.

Le contrôle de fond, le rince-bouche, l'écouvillon nasopharyngé, l'EBC, les échantillons d'expectorations induites et de selles seront traités pour le microbiome. L'EBC et les crachats induits seront également traités pour le profilage immunitaire de l'hôte.

De la cohorte de bronchoscopie, tous les échantillons collectés subiront une analyse du microbiome. Nous effectuerons également un profilage immunitaire de l'hôte sur des échantillons de BAL. Les brosses endobronchiques seront traitées pour l'analyse du transcriptome de l'hôte.

• Profilage immunitaire de l'hôte : l'analyse des cytokines des échantillons sera effectuée par multiplex Luminex
• Séquençage du gène de l'ARNr 16S (microbiome) : l'extraction d'acide nucléique, l'amplification du gène de l'ARNr 16S et la purification seront effectuées et le séquençage sera effectué sur une plateforme MiSeq (Illumina). Ces données seront analysées avec Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME).
• Bulk RNAseq (hôte transciptome) : RNAseq sera réalisé sur des cellules épithéliales bronchiques obtenues par brossage bronchique (EB), en utilisant la plateforme Hi-seq/Illumina. Les séquences seront alignées sur le génome de référence de l'ensemble hg19, le comptage ultérieur des gènes sera effectué à l'aide de featureCounts et l'expression différentielle des gènes sera calculée à l'aide du package DESeq2 avec une valeur p ajustée <0,05. L'analyse des voies d'ingéniosité (IPA) sera utilisée pour identifier les principales fonctions biologiques. Les gènes seront cartographiés sur les identifiants Ensembl et ensuite sur les voies KEGG. Nous utiliserons également des approches analytiques conçues pour établir un profilage immunologique tel que CIBERSORT.