Cellefritt DNA og dets integritet ved å bruke ALU-sekvenser som en biomarkør for diagnose av brystkreft

Brystkreft (BC) er den vanligste kreftformen hos kvinner over hele verden, og er den ledende dødsårsaken til kreft blant kvinner globalt. Mammografi er standardmetoden for tidlig påvisning av BC i mange land, med over 1,3 millioner årlige nye diagnostiserte tilfeller. I Egypt er brystkreft den vanligste kreftformen hos kvinner og står for 38,8 % av alle kvinnelige krefttilfeller. Mens radiologiske screeningsprogrammer har blitt brukt med suksess for å oppdage brystkreft i tidligere stadier, har ingen verdifulle biomarkører for blod ennå blitt identifisert for dette formålet. Imidlertid varierer antallet falske positive tilbakekallinger i henhold til blant annet alder, brysttetthet og postmenopausal hormonbehandling. For kvinner med tette bryster er nøyaktigheten av mammografi redusert. Sirkulerende serummarkør for overvåking av BC har vært under utvikling i flere tiår. Konvensjonelle tumormarkører, som kreftantigen 15-3 (CA15-3), karsinoembryonalt antigen (CEA) og sirkulerende tumorcelletall (CTC), er klinisk tilgjengelige, men deres nytte er for det meste begrenset til pasienter med avansert og metastatisk BC (MBC). Derfor er det behov for å utvikle nye biomarkører som kan brukes som verdifulle verktøy for å identifisere høyrisikopasienter, for å forutsi sykdomsprognose og dermed ha innvirkning på pasientbehandling. Cellefritt DNA (cfDNA) er korte fragmenter av nukleinsyrer som finnes i sirkulasjonen. Flere studier har også indikert forhøyede nivåer av cf DNA ved brystkreft. ALU (Arthrobacter luteus)-sekvensene ble valgt, siden de er de mest tallrike og aktive gjentatte elementene i det menneskelige genomet, typisk 300 nukleotider lange, og utgjør mer enn 10 % av genomet. DNA-integritet ble beregnet som forholdet mellom (ALU247/ALU115). Siden annealingssetene til ALU115 er innenfor ALU247 annealingssetene, blir forholdet mellom ALU247 og ALU115 derfor betegnet som DNA-integritet. Det karakteriserer fragmenteringsmønsteret til sirkulerende cellefritt DNA. DNA-integriteten er "1" hvis mal-DNA ikke er trunkert og "0" hvis DNA er fullstendig avkortet til fragmenter mindre enn 247 bp (basepar). Dermed har det blitt vurdert for sin diagnostiske og prognostiske potensielle rolle hos brystkreftpasienter