Wolne od komórek DNA i jego integralność przy użyciu sekwencji ALU jako biomarkera do diagnozowania raka piersi

Rak piersi (BC) jest najczęstszym nowotworem u kobiet na całym świecie i jest główną przyczyną zgonów z powodu raka wśród kobiet na całym świecie. Mammografia jest standardową metodą wczesnego wykrywania raka piersi w wielu krajach, gdzie rocznie diagnozuje się ponad 1,3 miliona nowych przypadków. W Egipcie rak piersi jest najczęstszym nowotworem u kobiet i stanowi 38,8% wszystkich przypadków raka u kobiet. Podczas gdy programy radiologicznych badań przesiewowych były z powodzeniem stosowane w wykrywaniu raka piersi we wcześniejszych stadiach, nie zidentyfikowano jeszcze wartościowych biomarkerów krwi do tego celu. Jednak odsetek fałszywie dodatnich wyników przypominania różni się między innymi w zależności od wieku, gęstości piersi i hormonalnej terapii pomenopauzalnej. U kobiet z gęstymi piersiami dokładność mammografii jest zmniejszona. Krążący marker surowicy do monitorowania BC jest rozwijany od kilku dziesięcioleci. Konwencjonalne markery nowotworowe, takie jak antygen nowotworowy 15-3 (CA15-3), antygen rakowo-płodowy (CEA) i liczba krążących komórek nowotworowych (CTC), są dostępne klinicznie, jednak ich przydatność jest głównie ograniczona do pacjentów z zaawansowaną i przerzutową chorobą nowotworową. pne (MBC). W związku z tym istnieje potrzeba opracowania nowych biomarkerów, które można wykorzystać jako wartościowe narzędzia w identyfikacji pacjentów wysokiego ryzyka, przewidywaniu rokowania choroby, a tym samym mieć wpływ na zarządzanie pacjentem. Wolne od komórek DNA (cfDNA) to krótkie fragmenty kwasów nukleinowych obecnych w obieg. Liczne badania wykazały również podwyższone poziomy cf DNA w raku piersi. Wybrano sekwencje ALU (Arthrobacter luteus), ponieważ są one najobficiej występującymi i aktywnymi powtarzalnymi elementami ludzkiego genomu, zazwyczaj o długości 300 nukleotydów, co stanowi ponad 10% genomu. Integralność DNA obliczono jako stosunek (ALU247/ALU115). Ponieważ miejsca przyłączania ALU115 znajdują się w obrębie miejsc przyłączania ALU247, stosunek ALU247 do ALU115 jest określany jako integralność DNA. Charakteryzuje wzór fragmentacji krążącego wolnego od komórek DNA. Integralność DNA wynosi „1”, jeśli matrycowy DNA nie jest obcięty, a „0”, jeśli DNA jest całkowicie obcięty do fragmentów mniejszych niż 247 bp (para zasad). W związku z tym oceniono jego potencjalną rolę diagnostyczną i prognostyczną u pacjentów z rakiem piersi