Zmiany mikroflory jelitowej po żywieniu dojelitowym (w alkoholowym zapaleniu wątroby) (CREED)

Do badania kwalifikują się osoby przyjęte do szpitala z rozpoznaniem alkoholowego zapalenia wątroby, u których planuje się żywienie nosowo-żołądkowe przez co najmniej 7 dni.

Próbka kału zostanie pobrana przed rozpoczęciem żywienia dojelitowego przez sondę nosowo-żołądkową i poddana analizie. Następnie kolejne próbki kału zostaną zebrane i przeanalizowane w dniu 3 i 7 po rozpoczęciu karmienia nosowo-żołądkowego.

DNA zostanie wyekstrahowane z każdej z próbek, a bakteryjne geny rRNA 16S zostaną zamplifikowane metodą PCR i przesłane do sekwencjonowania w CGEBM przy użyciu maszyny Illumina MiSeq. Spowoduje to wygenerowanie co najmniej 2 milionów sparowanych odczytów końcowych (2 x 300 pz), które zostaną zebrane i przeanalizowane przy użyciu platformy oprogramowania Mothur. Badacze przeanalizują również profile krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych w próbkach kału za pomocą chromatografii gazowej. Shannon Diversity Index zostanie wykorzystany do oceny różnorodności bakteryjnej, a wskaźnik Pielou do oceny równości gatunków w każdym punkcie czasowym. Zostanie przeprowadzone porównanie między punktami czasowymi. Skład mikroflory w różnych punktach czasowych zostanie oceniony za pomocą oprogramowania Mothur w celu wykrycia systematycznych zmian w określonych członkach mikroflory jelitowej podczas żywienia dojelitowego. Częstość występowania zostanie oceniona za pomocą różnych metodologii molekularnych, a wyniki uzyskane od pacjentów biorących udział w badaniu zostaną porównane z ich próbkami wyjściowymi za pomocą dokładnego testu Fishera.

Brakujące dane będą obsługiwane przy użyciu wskaźnika braku.

Zespół odpowiedzialny za opiekę kliniczną skontaktuje się z pacjentami i zaoferuje im możliwość udziału w badaniu. Ulotka informacyjna zostanie dostarczona osobie badanej na 24h przed wyrażeniem zgody i możliwością omówienia z zespołem badawczym.

Dane będą gromadzone przez upoważnionych członków zespołu testowego w dostosowanej do potrzeb bazie danych Excel chronionej hasłem ad hoc jako eCRF. Danymi źródłowymi będą elektroniczne akta pacjentów lub papierowe notatki dotyczące przypadków. Dane źródłowe analizy mikrobiomu stanowić będzie raport komputerowy. Poprawność wprowadzonych danych będzie sprawdzana przez wydzielonego oddelegowanego członka zespołu. Monitorowanie zewnętrzne odbywa się regularnie w przypadku badań klinicznych organizowanych przez sponsora.

Poufność pacjenta będzie zachowana przez cały czas. Żadne dane umożliwiające identyfikację nie będą gromadzone. eCRF będzie chroniony hasłem i przechowywany w zaszyfrowanym komputerze szpitalnym chronionym hasłem. zgody lub inna dokumentacja papierowa będą przechowywane oddzielnie w zamykanych szafkach na terenie szpitala.

Zgłaszanie zdarzeń niepożądanych będzie wykonywane przez kompetentnego i oddelegowanego członka personelu, zgodnie ze standardową procedurą operacyjną naszego sponsora i rejestrowane.