Rejestr Chorób Zakaźnych BIObank (INDI-REBIO)

Rejestr zapewniłby kompleksową bazę danych obejmującą ogromną populację pacjentów cierpiących na choroby zakaźne, co ułatwiłoby analizę danych klinicznych, laboratoryjnych i terapeutycznych dotyczących konkretnych schorzeń zakaźnych.

Konkretne choroby zakaźne cieszące się dużym zainteresowaniem obejmują między innymi:

• Zakażenia krwi (tj. zespoły zakaźne objawiające się bakteriemią)
• Infekcje wewnątrznaczyniowe (tj.: infekcyjne zapalenie wsierdzia, zakażenia wszczepionych urządzeń elektronicznych układu sercowo-naczyniowego, zakażenia przeszczepów naczyniowych itp.)
• Infekcje ośrodkowego układu nerwowego (tj.: zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zapalenie mózgu, ropień mózgu, zakażenia zastawek komorowych itp.)
• Infekcje kości i stawów (tj.: zapalenie kości i szpiku, zapalenie stawów kręgosłupa, infekcje protez stawów itp.)
• Zakażenia przenoszone drogą płciową (tj.: rzeżączkowe i nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej, zapalenie odbytnicy, zapalenie najądrza i jądra, kiła itp.)
• Zakażenie wirusem HIV
• Pojawiające się i powracające choroby zakaźne.

Ogólne cele badania dla każdej konkretnej choroby zakaźnej obejmują:

• opis i ewolucja w czasie cech klinicznych i laboratoryjnych pacjentów z określonymi chorobami zakaźnymi;
• opis i ewolucja izolatów drobnoustrojów w czasie, w tym badanie wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe;
• opis i ewolucja w czasie leczenia stosowanego u pacjentów z określonymi chorobami zakaźnymi;
• ocena czynników predykcyjnych powodzenia leczenia i śmiertelności u pacjentów z określonymi chorobami zakaźnymi;
• opis, ocena i wpływ prognostyczny biomarkerów mikrobiologicznych, immunologicznych i zapalnych.

Ogólne cele badania, wraz z bardziej szczegółowymi celami związanymi z konkretną chorobą zakaźną, zostaną poddane ocenie w szczegółowych badaniach obserwacyjnych osadzonych w Rejestrze (tj. z wykorzystaniem danych i próbek biologicznych zgromadzonych w Rejestrze z potencjalnym dodaniem danych uzyskanych z przeprowadzonych badań na dostępnych próbkach biologicznych).

Aby osiągnąć te cele, uczestnicy proszeni są o oddanie próbek biologicznych (krew, płyn mózgowo-rdzeniowy, mocz i inne istotne próbki biologiczne związane z konkretną chorobą zakaźną, pobrane zgodnie z dobrą praktyką kliniczną i dostępnymi wytycznymi) do badań mających na celu identyfikację modyfikatorów konkretnego zakażenia choroby oraz ustalenie i walidacja markerów biologicznych śledzących postępujący przebieg danej choroby, wraz ze skutecznością i toksycznością leku.

Na początku wizyty i podczas wizyt kontrolnych będą rejestrowane następujące dane kliniczne i laboratoryjne:

• Wiek mierzony w latach
• Płeć w chwili urodzenia (mężczyzna, kobieta)
• Choroby współistniejące mierzone skalą Charlsona (minimum 0–maksymalnie 37; wyższe wyniki wiążą się z gorszym wynikiem)
• Źródło zakażenia (ośrodkowy układ nerwowy, drogi oddechowe, zakażenie wewnątrznaczyniowe, w obrębie jamy brzusznej, dróg moczowych, skóry i tkanek miękkich, kości i stawów, inne).
• Wynik w sekwencyjnej ocenie niewydolności narządów (SOFA) (minimum 0–maksymalnie 24; wyższe wyniki wiążą się z gorszym wynikiem)
• Wynik Pitta (min. 0 - maksymalnie 14; wyższe wyniki powiązane z gorszym wynikiem)
• Długość pobytu w szpitalu (dni)
• Liczba pacjentów wymagających przyjęcia na oddział intensywnej terapii (OIOM), interwencji chirurgicznych lub innych zabiegów
• Zaburzenia neurologiczne (skala Rankina [minimum 0 – maksymalnie 6; wyższe wyniki powiązane z gorszym wynikiem])
• Upośledzenie czynnościowe (skala Karnofsky’ego [min. 0 – maksymalnie 100; wyższe wyniki wiążą się z lepszym wynikiem])
• Wyniki rutynowych badań laboratoryjnych
• Stężenia leku w osoczu
• Wyniki badań mikrobiologicznych (identyfikacja drobnoustrojów chorobotwórczych, wyniki badań lekowrażliwości, mechanizm oporności)
• Wyniki badań obrazowych
• Strategie leczenia (rodzaj, dawka, podawanie środków przeciwdrobnoustrojowych)
• Rozwój toksyczności leków
• Śmiertelność (ogólna przyczyna i związana z infekcją)

Zarówno dane, jak i próbki biologiczne będą zbierane począwszy od linii podstawowej (BL) choroby zakaźnej, po uzyskaniu świadomej zgody. Dane kontrolne i próbki biologiczne będą zbierane na zakończenie leczenia (EOT) i 6 miesięcy po EOT dla konkretnego schorzenia lub, w przypadku braku interwencji terapeutycznej, 6 miesięcy po diagnozie. W przypadku pacjentów zakażonych wirusem HIV dane kontrolne i próbki biologiczne będą zbierane co roku od stanu wyjściowego. Dodatkowe dane i próbki biologiczne będą gromadzone w innych punktach czasowych, zgodnie ze zwykłą ewolucją w czasie określonych chorób oraz w przypadku istotnych zdarzeń klinicznych lub modyfikacji terapeutycznych. Wszystkie próbki zostaną pobrane zgodnie z dobrą praktyką kliniczną oraz dostępnymi wytycznymi krajowymi i międzynarodowymi.

Analiza danych zostanie przeprowadzona przez badaczy na temat zatwierdzonych wniosków. Metody statystyczne zostaną określone w ramach propozycji.

Zmienne badania zostaną opisane za pomocą średnich lub median i 95% przedziałów ufności lub rozstępów międzykwartylowych dla zmiennych ciągłych i proporcji z ich 95% przedziałami ufności dla zmiennych kategorycznych.

Porównania pomiędzy grupami zostaną dokonane za pomocą testu chi-kwadrat lub dokładnego testu Fishera (zmienne kategoryczne) lub za pomocą nieparametrycznego testu Manna-Whitneya (zmienne ciągłe).

Znaczące zmiany zmiennych ciągłych w czasie można ocenić za pomocą testów t dla danych sparowanych o Test znaku rang Wilcoxona (tylko dwa punkty czasowe) o Analiza wariancji dla powtarzanych pomiarów lub liniowych modeli mieszanych (wszystkie punkty czasowe dostępne podczas obserwacji).

Obecność liniowych zależności pomiędzy zmiennymi ciągłymi można sprawdzić za pomocą współczynników korelacji Pearsona (parametryczny) lub współczynników korelacji Spearmana (nieparametryczny).

Do określenia predyktorów wyników zastosowane zostaną modele regresji logistycznej; raportowane będzie ryzyko (iloraz szans) i odpowiadające mu 95% przedziały ufności.

Do określenia predyktorów wyników zastosowane zostaną modele regresji Coxa; Zgłoszone zostaną ryzyka (iloraz szans) i odpowiadające im 95% przedziały ufności.