靶向高通量测序在小儿急性白血病诊断中的应用

急性白血病是一组异质性血液恶性肿瘤。 它们是骨髓中数量超过 20% 的未成熟细胞克隆扩增的结果。 儿童急性白血病是最常见的儿科恶性肿瘤。 在欧洲和美国，它们约占儿童癌症的 35%。 其中80%是急性淋巴细胞白血病（ALL），15-20%是急性髓细胞白血病（AML）。 目前的治疗方法可以治愈约 80% 的 ALL，而这一水平在 AML 中仅为 50%。急性白血病的诊断基于通过不同技术对白血病细胞进行多学科探索：

• 细胞：细胞学、免疫表型和细胞化学
• 细胞遗传学：常规（核型）和分子（FISH）细胞遗传学
• 分子：RT-PCR 和 RQ-PCR

细胞遗传学研究是在急性白血病诊断时进行的。 事实上，WHO 2008 年急性白血病分类很大程度上是基于复发性细胞遗传学和分子异常的存在。 最常见的染色体畸变与特定的临床和生物学特征相关，现在被用作诊断和预后标志物。 这些染色体异常影响参与白血病发生过程的基因。 这些重新安排有几种类型：

• 融合基因导致：

  • 抑制造血细胞分化相关基因的转录活性（AML1-ETO、PML-RARA...）
  • 信号转导途径失调（例如具有组成型酪氨酸激酶活性的 BCR-ABL 嵌合蛋白）
  • 染色质浓缩状态的变化导致转录变化（11q23、MOZ en 8p11 中的 MLL 基因重排……）
• 基因表达失调：染色体重排有时会导致断点附近基因的失调。 例如，inv(3)(q21q26)或t(3;3)(q21;q26)诱导转录因子EVI-1的过度表达。
• 由于基因组区域中含有与分化、凋亡或细胞增殖有关的基因（例如 IKZF1、PAX5…）的可变大小缺失而导致功能丧失

除了核型之外，它还可以提供基因组的全局视图； FISH 是一种靶向技术，用于突出显示核型上不可见的异常（隐性异常）或核型失败的时间。 然而，传统和分子细胞遗传学技术并没有突出任何异常（例如参与融合基因形成的不同伙伴，特别是MLL基因重排、突变），因此我们对下一代测序感兴趣。事实上，高通量靶向测序信使RNA（ RNA-seq）的优点是可以在一次测试中识别不同类型的突变，但表观遗传突变除外。 RNA 测序而非 DNA 基因组测序的重要性在于，一方面，需要分析的序列量显着减少，因为转录的 mRNA 基因约占基因组大小的 5%；其次，可以更好地识别嵌合基因。 RNA-seq 已用作血液恶性肿瘤的研究工具。 该项目的目的是利用创新技术开发血液恶性肿瘤的新诊断和预后新工具。 将测试 50 例急性白血病，并根据三个标准分析结果：

• 与传统策略相比，为诊断、监测和治疗管理提供的信息的数量、质量和相关性
• 获得结果所需的时间和减少分析时间的方法，以便将结果纳入治疗决策。
• 经济评估，将计算该诊断方案的成本并评估成本/效益比。未来，将实施其他创新方法（通过阵列 CGH 研究不平衡基因组异常、通过微阵列进行转录组分析以及甲基化组研究） ）识别每种白血病的“分子特征”和一组信息异常，用于疾病的诊断、预后和治疗以及残留疾病的监测。