소아 급성 백혈병 진단에서 표적화된 고처리량 시퀀싱

급성 백혈병은 혈액 악성 종양의 이질적인 그룹입니다. 골수에서 20% 이상인 미성숙 세포의 클론 확장으로 인해 발생합니다. 소아 급성 백혈병은 가장 흔한 소아 악성 종양입니다. 유럽과 미국에서는 소아암의 약 35%를 차지합니다. 그 중 80%는 급성 림프구성 백혈병(ALL)이고 15-20%는 급성 골수성 백혈병(AML)입니다. 현재 치료법은 ALL의 약 80%에서 치료가 가능하지만 AML에서는 이 수준이 50%에 불과합니다.

• 세포: 세포학, 면역 표현형 및 세포 화학
• 세포 유전학: 기존(핵형) 및 분자(FISH) 세포 유전학
• 분자: RT-PCR 및 RQ-PCR

세포 유전학 연구는 급성 백혈병 진단 시 수행됩니다. 실제로, 급성 백혈병의 WHO 2008 분류는 주로 재발성 세포유전학적 및 분자적 이상의 존재에 근거합니다. 가장 빈번한 염색체 이상은 특정 임상 및 생물학적 특성과 관련이 있으며 현재 진단 및 예후 마커로 사용됩니다. 이러한 염색체 이상은 백혈병 발생 과정에 관여하는 유전자에 영향을 미칩니다. 이러한 재배열에는 여러 유형이 있습니다.

• 다음을 유발하는 융합 유전자:

  • 조혈세포 분화에 관여하는 유전자(AML1-ETO, PML-RARA…)의 전사 활성 억제
  • 신호 전달 경로의 탈조절(예: 구성적 티로신 키나제 활성을 갖는 BCR-ABL 키메라 단백질)
  • 염색질 응축 상태의 변화로 인한 전사 변화(11q23, MOZ en 8p11…의 MLL 유전자 재배열)
• 유전자 발현의 규제 완화: 염색체 재배열은 때때로 중단점에 인접한 유전자의 규제 완화를 유도할 수 있습니다. 예를 들어, inv(3)(q21q26) 또는 t(3;3)(q21;q26)은 전사 인자 EVI-1의 과발현을 유도합니다.
• 분화, 세포 사멸 또는 세포 증식에 ​​역할을 하는 유전자(예: IKZF1, PAX5…)를 ​​포함하는 게놈 영역에서 다양한 크기의 결실로 인한 기능 상실

게놈에 대한 전체적인 관점을 가질 수 있게 해주는 핵형 외에도; 표적 기술인 FISH는 핵형의 보이지 않는 이상(암호 이상) 또는 핵형 실패 시간을 강조하는 데 사용됩니다. 그러나 기존의 분자 세포유전학 기술은 어떤 이상(예: 특히 MLL 유전자 재배열, 돌연변이에 대한 융합 유전자의 형성에 관여하는 다른 파트너)을 강조하지 않으므로 차세대 시퀀싱에 대한 우리의 관심이 있습니다. RNA-seq)는 후생유전학적 변이를 제외하고 한 번의 검사로 여러 종류의 변이를 식별할 수 있다는 장점이 있다. DNA 게놈보다는 RNA 시퀀싱의 중요성은 한편으로는 전사된 mRNA 유전자가 게놈 크기의 약 5%를 나타내기 때문에 분석할 서열의 양이 매우 크게 감소하고 두 번째로 키메라 유전자의 더 나은 식별입니다. RNA-seq는 혈액암 연구 도구로 사용되었습니다. 이 프로젝트의 목적은 혁신적인 기술을 사용하여 혈액 악성 종양의 새로운 진단 및 예후 도구를 개발하는 것입니다. 50개의 급성 백혈병을 테스트하고 결과를 세 가지 기준에 따라 분석합니다.

• 기존 전략과 비교하여 진단, 모니터링 및 치료 관리를 위해 제공되는 정보의 양, 질 및 관련성
• 결과를 얻는 데 필요한 기간과 결과가 치료 결정에 통합될 수 있도록 분석 시간을 줄이는 방법.
• 이 진단 옵션의 비용을 계산하고 비용/편익 비율을 평가할 경제성 평가 향후 다른 혁신적인 접근 방식(어레이-CGH에 의한 불균형 게놈 이상 연구, 마이크로 어레이를 사용한 전사체 분석, 메틸롬 연구)이 구현될 예정입니다. ) 각 백혈병의 "분자 시그니처"를 식별하고 질병의 진단, 예후 및 치료와 잔여 질병의 모니터링을 위한 유익한 이상 집합을 확인합니다.