小児急性白血病の診断におけるターゲットを絞ったハイスループットシーケンシング

急性白血病は、血液悪性腫瘍の異種混合グループです。 これらは、骨髄内でその数が 20% を超える未熟な細胞のクローン増殖によって生じます。 小児急性白血病は、最も一般的な小児悪性腫瘍です。 ヨーロッパと米国の州では、小児がんの約 35% を占めています。 その80％が急性リンパ芽球性白血病（ALL）、15～20％が急性骨髄性白血病（AML）です。 現在の治療法では、ALL の約 80% で治癒が可能ですが、AML ではこのレベルはわずか 50% です。急性白血病の診断は、さまざまな技術による白血病細胞の学際的な探索に基づいています。

• 細胞: 細胞学、免疫表現型検査および細胞化学
• 細胞遺伝学: 従来型 (核型) および分子型 (FISH) 細胞遺伝学
• 分子: RT-PCR および RQ-PCR

細胞遺伝学的研究は、急性白血病の診断時に行われます。 実際、WHO 2008 による急性白血病の分類は主に、再発性の細胞遺伝学的異常および分子異常の存在に基づいています。 最も頻繁に起こる染色体異常は、特定の臨床的および生物学的特徴と関連付けられており、現在では診断および予後マーカーとして使用されています。 これらの染色体異常は、白血病発生プロセスに関与する遺伝子に影響を与えます。 これらの再配置にはいくつかのタイプがあります。

• 融合遺伝子により以下のことが引き起こされます:

  • 造血細胞の分化に関与する遺伝子（AML1-ETO、PML-RARA…）の転写活性の抑制
  • シグナル伝達経路の調節解除（例：構成的チロシンキナーゼ活性を有するBCR-ABLキメラタンパク質）
  • クロマチン凝縮状態の変化による転写の変化 (11q23、MOZ en 8p11 の MLL 遺伝子再構成…)
• 遺伝子発現の調節解除：染色体の再構成により、ブレークポイントに隣接する遺伝子の調節解除が誘発されることがあります。 たとえば、inv(3)(q21q26) または t(3;3)(q21;q26) は、転写因子 EVI-1 の過剰発現を誘導します。
• 分化、アポトーシス、または細胞増殖に関与する遺伝子（例：IKZF1、PAX5など）を含むゲノム領域における可変サイズの欠失による機能喪失

核型に加えて、ゲノムの全体像を把握できるようになります。標的技術である FISH は、核型上の目に見えない異常 (隠れた異常) や核型不全の時期を強調するために使用されます。 しかし、従来の分子細胞遺伝学的手法では、いかなる異常も浮き彫りにされない（例えば、融合遺伝子の形成に関与する異なるパートナー、特にMLL遺伝子の再構成や突然変異など）ため、我々は次世代シークエンシングに興味を持っている。実際、ハイスループットの標的シーケンシングメッセンジャーRNA（ RNA-seq) には、エピジェネティックな変異を除いて、1 回のテストでさまざまな種類の変異を同定できるという利点があります。 DNA ゲノムよりも RNA シークエンシングの重要性は、一方では、転写された mRNA 遺伝子がゲノム サイズの約 5% に相当するため、分析する配列の量が大幅に減少すること、そして第二に、キメラ遺伝子の同定がより適切になることです。 RNA-seq は血液悪性腫瘍の研究ツールとして使用されています。 このプロジェクトの目的は、革新的な技術を使用して、血液悪性腫瘍の新しい診断および予後診断ツールを開発することです。 50人の急性白血病が検査され、結果は3つの基準に従って分析されます。

• 従来の戦略と比較した、診断、モニタリング、治療管理のために提供される情報の量、質、関連性
• 結果を得るまでに必要な期間と、結果を治療上の決定に統合できるように分析時間を短縮する方法。
• この診断オプションのコストを計算し、費用対効果の比率を評価する経済的評価 将来的には、他の革新的なアプローチが実装される予定です (アレイ CGH による不均衡ゲノム異常の研究、マイクロアレイによるトランスクリプトーム解析、およびメチロームの研究) ）各白血病の「分子サイン」と、疾患の診断、予後および治療、および残存疾患のモニタリングに役立つ一連の異常を特定します。