通过综合基因组学、转录组学和蛋白质组学分析对癌症进行分子检测
通过综合基因组、转录组和蛋白质组分析对癌症进行分子检测
这项研究的目的是发现与不同癌症相关的基因变化。 利用这项研究的信息，研究人员希望提供更好的方法来预防、检测和治疗许多癌症。
许多疾病可能是由于人的遗传物质发生变化导致细胞无法正常工作而引起的。 目前，研究人员和医生知道一些可能导致疾病的基因变化，但他们不知道所有可能导致疾病的基因变化。
该项目旨在识别可能导致人类癌症的基因变化。 标本将从预定的诊断或常规（即 抽血计数）程序，可能包括来自组织本身（手术）、骨髓、血液、唾液、尿液、脊髓液、痰、关节液、精液、腹水（一种充满腹部的液体）的样本，和/或胸腔积液（肺腔内的液体），以确认癌症的诊断或帮助决定如何最好地治疗癌症或其他疾病。 另外存档的组织可以被分析。 样品可以储存以备将来在以后的实验中使用。 罗德岛医院病理科将储存样本。
将收集病历中的信息，例如对治疗的反应或癌症家族史。
研究概览
详细说明
基因组的复杂、渐进、多基因、体细胞突变现在被广泛认为是癌症发生、生长、转移和药物耐药性进化的主要驱动力。 不同类型的肿瘤与不同基因组的突变有关，因此迫切需要一种基于测序的方法来分析每种肿瘤类型不同的候选基因组。
采用基于毛细管电泳的 Sanger 测序的传统序列分析方法广泛用于指导肺癌和结直肠癌患者以及黑色素瘤、肉瘤、白血病和淋巴瘤的治疗。 该技术在吞吐量、可扩展性、速度和分辨率方面受到限制。 新一代测序 (NGS) 等新兴技术与传统方法相比具有许多优势，包括能够在一次测试中对大量基因进行完全测序，并同时检测缺失、插入、拷贝数改变、易位和所有已知癌症相关基因的全外显子组碱基替换。
对于许多具有潜在价值的应用来说，对整个基因组进行测序在经济上令人望而却步。 全基因组方法的一种替代方法是目标富集，例如外显子组测序，它仅捕获和测序蛋白质编码区域。 外显子组占人类基因组的 1-2%；但是包含绝大多数引起疾病的改变。 除了外显子组测序，全长转录组 (mRNA) 测序提供了一种快速且廉价的替代方法。 这是一种更简单的方法来识别编码序列和捕获表达的基因中的变异，以及生成额外的信息，例如基因表达水平和剪接模式。
本研究的目的是研究人类实体癌和血液恶性肿瘤的基因组、转录组和蛋白质组改变。
患者 >18 岁 被诊断患有癌症（包括任何实体瘤或血液系统恶性肿瘤）或正在接受假定癌症诊断程序的患者符合资格。
研究分析将由病理科或血液肿瘤科进行。 所分析的身体/血液组织将来自不需要用于诊断或评估患者癌症的额外组织/血液。 所有样本都将被去识别化。 样品将无限期储存或直到所有样品都被使用。
研究类型
注册 (预期的)
联系人和位置
学习地点
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Rhode Island
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East Greenwich、Rhode Island、美国、02818
- 招聘中
- Rhode Island Comprehensive Cancer Center at East Greenwich
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接触：
- Allison Jean, B.A.
- 电话号码：(401) 444- 8856
-
接触：
- Andrew Schumacher, M.S.
- 电话号码：401-444-3234
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副研究员：
- Priscilla Merriam, M.D.
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副研究员：
- Howard Safran, M.D.
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副研究员：
- Maria Constantinou, M.D.
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副研究员：
- Anthony Mega, M.D.
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首席研究员：
- Kimberly Perez, M.D.
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副研究员：
- Amy Pilotte, N. P.
-
Providence、Rhode Island、美国、02903
- 招聘中
- Rhode Island Hospital
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接触：
- Allison Jean, B.A.
- 电话号码：(401) 444- 8856
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接触：
- Andrew Schumacher, M.S.
- 电话号码：401-444-3234
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副研究员：
- Howard Safran, M.D.
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副研究员：
- Maria Constantinou, M.D.
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首席研究员：
- Kimberly Perez, M.D.
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副研究员：
- Humera Khurshid, M.D.
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副研究员：
- Evgeny Yakirevich, M.D.
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副研究员：
- Murray Resnick, M.D.
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副研究员：
- James Butera, M.D.
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副研究员：
- Mary Anne Fenton, M.D.
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副研究员：
- Lucia Fontes-Bortes, N.P.
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副研究员：
- Peter Quesenberry, M.D.
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副研究员：
- Matthew Quesenberry, M.D.
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副研究员：
- John Reagan, M.D.
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副研究员：
- Eric Winer, M.D.
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副研究员：
- Thomas DiPetrillo, M.D.
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副研究员：
- Jaroslaw Hepel, M.D.
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副研究员：
- Kara Lynne Leonard, M.D.
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首席研究员：
- David Tracey, P.A.
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副研究员：
- Inna Yakirevich, N.P.
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副研究员：
- Sharon Benson, N.P.
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副研究员：
- Heinrich Elinzano, M.D.
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副研究员：
- Timothy Kinsella, M.D.
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副研究员：
- Thomas Ng, M.D.
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Providence、Rhode Island、美国、02906
- 招聘中
- The Miriam Hospital
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副研究员：
- Priscilla Merriam, M.D.
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副研究员：
- Howard Safran, M.D.
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副研究员：
- Anthony Mega, M.D.
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首席研究员：
- Kimberly Perez, M.D.
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副研究员：
- John Reagan, M.D.
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副研究员：
- Eric Winer, M.D.
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接触：
- Maureen Jean, R.N.
- 电话号码：401-793-4283
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接触：
- Diane Martel, R.N.
- 电话号码：(401) 793- 4282
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副研究员：
- Jennifer Collins, N.P.
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副研究员：
- Irene Kolberg, N.P.
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副研究员：
- Fred Schiffman, M.D.
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副研究员：
- Edward Wittles, M.D.
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副研究员：
- Angela Taber, M.D.
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副研究员：
- Camille Higel-McGovern, N.P.
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副研究员：
- Amy Pilotte, N.P.
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副研究员：
- Xristin Maestri, N.P.
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
有资格学习的性别
取样方法
研究人群
描述
纳入标准：
- 书面知情同意
- 患者患有疑似或确诊的实体瘤或血液恶性肿瘤
- 有足够的组织或体液可以进行实验研究
- 患者年满18岁
排除标准：
- 患者不愿意或不能提供知情同意
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
- 观测模型：仅案例
- 时间观点：预期
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
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实体瘤/血液癌症患者
参加本研究的患者必须患有疑似或确诊的实体瘤或血液癌症。
在这项研究中进行的干预是癌症的分子分析。
样本将在患者计划的诊断或分期程序时采集。
如果患者计划进行手术，则将获取其诊断不需要的组织样本并将其用于该研究。
如果患者之前接受过诊断程序，则该程序中的一些储存组织也将提交进行分子分析。
|
在这项研究中进行的干预是癌症的分子分析。
将在常规诊断程序（例如手术或肿瘤活检）过程中收集要测试基因改变的样本。
从以前的诊断程序中存储的样本也将被分析。
该测试将由罗德岛医院病理科或罗德岛医院指定的外部实验室进行。
分子检测的范围在每个个案中都不同。
例如，在某些情况下，遗传改变的研究将从全基因组或外显子组测序开始，然后通过靶向 Sanger 重测序、单核苷酸多态性和转录组分析进行确认。
在其他情况下，靶向多基因面板测序或靶向扩增子 Sanger 测序将是初始且唯一的步骤。
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
大体时间 |
|---|---|
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“可操作的”致癌突变的频率
大体时间：1年
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1年
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人类癌症中基因组、转录组和蛋白质组异常的普遍性
大体时间：1年
|
1年
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员：Kimberly Perez, M.D.、Lifespan Corporation
研究记录日期
研究主要日期
学习开始
初级完成 (预期的)
研究完成 (预期的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (估计)
研究记录更新
最后更新发布 (估计)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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实体瘤的临床试验
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