A rák molekuláris tesztelése integrált genomikai, transzkriptomikai és proteomikai analízissel

A genom összetett, progresszív, multigenikus, szomatikus mutációit ma már széles körben elfogadják a rák kialakulásának, növekedésének, metasztázisának és farmakorezisztenciájának evolúciójának elsődleges hajtóerejeként. A különböző típusú daganatok különböző génkészletekben mutatkozó mutációkkal járnak, és égető szükség van egy szekvenáláson alapuló módszerre az egyes daganattípusoknál eltérő jelölt gének panelek elemzésére.

A kapilláris elektroforézisen alapuló Sanger-szekvenálást alkalmazó szekvenciaelemzés hagyományos megközelítéseit széles körben alkalmazzák tüdő- és vastagbélrákos, valamint melanóma, szarkóma, leukémia és limfómák kezelésében. Ennek a technológiának az átviteli sebessége, méretezhetősége, sebessége és felbontása korlátozott. A feltörekvő technológia, mint például a következő generációs szekvenálás (NGS) – számos előnnyel rendelkezik a hagyományos módszerekkel szemben, beleértve azt a képességét, hogy egyetlen tesztben nagyszámú gént teljes mértékben szekvenáljon, és egyidejűleg detektálja a deléciókat, inszerciókat, kópiaszám-változásokat, transzlokációkat és exome-széles bázis szubsztitúciók az összes ismert rákkal kapcsolatos génben.

A teljes genom szekvenálása sok potenciálisan értékes alkalmazás számára pénzügyileg megfizethetetlen. A teljes genom módszerek egyik alternatívája a céldúsítás, például az exome szekvenálás, amely csak a fehérjét kódoló régiókat rögzíti és szekvenálja. Az exome az emberi genom 1-2%-át képviseli; azonban a betegséget okozó elváltozások túlnyomó többségét tartalmazza. Az exome szekvenálás mellett a teljes hosszúságú transzkriptom (mRNS) szekvenálás gyors és olcsó alternatívát kínál. Könnyebb módszer a kódoló szekvenciák azonosítására és az expresszálódó gének variánsainak rögzítésére, valamint további információk generálására, például génexpressziós szintre és splicing mintákra.

A tanulmány célja genomikai, transzkriptomikus és proteomikai változások vizsgálata humán szilárd rákokban és hematológiai rosszindulatú daganatokban.

18 év feletti betegek rákkal diagnosztizáltak (beleértve bármely szolid daganatot vagy hematológiai rosszindulatú daganatot), vagy olyan betegek, akiknél egy feltételezett rák diagnosztizálására irányuló eljáráson esnek át.

A kutatási elemzést a patológiai osztály vagy a hematológiai onkológiai osztály végzi. Az elemzett test/vérszövet olyan extra szövetből/vérből származik, amelyre nincs szükség a beteg rákjának diagnosztizálásához vagy értékeléséhez. Minden minta azonosítása megtörténik. A mintákat határozatlan ideig tároljuk, vagy az összes minta felhasználásáig.