伯尔尼出生队列/健康伯尔尼婴儿微生物群成熟轨迹 - 一种网络方法 (BeBiCo)

样品分析方法：

对于研究的主要目标和结果/终点，将通过以下方式分析婴儿粪便的细菌含量：

• 用于评估肠道内容物（代谢组）的质谱法。 技术已经在 U. Sauer 教授的实验室中建立，他已经在之前的研究中与研究小组合作。
• 用于细菌物种组成和微生物多样性的 16S 核糖体核糖核酸 (rRNA) 测序。
• 细菌全基因组宏基因组鸟枪法测序，以确定存在的细菌基因（微生物群的代谢潜力）。
• 细菌 mRNA 测序以评估微生物群的转录和功能作用（微生物群的代谢活性）。
• 通过适当的测序或培养技术分析肠道病毒组和真核肠道种群。
• 人乳和粪便中 IgA 抗体的分析以及抗体与肠道细菌的相互作用。

对于次要终点，将对皮肤拭子、母乳、母体阴道拭子和母体粪便进行相同的分析。 每次就诊时将评估婴儿生长、神经发育、免疫成熟和潜在病理发生的参数。 每次访问时将通过问卷调查评估母婴营养、卫生、社会经济状况和临床病史。 将通过流式细胞术和单细胞 RNA 测序进一步分析牛奶样本的细胞含量，以及细胞因子和基于外泌体的 miRNA。 所有生物样本都将通过质谱法进行分析，以评估环境对婴儿新陈代谢和生理的影响。

可以对获得的样本进行进一步的后续实验。 具体来说，可以在体外分离和培养单个细菌菌株，也可以在实验动物中单独或组合进行测试。

通过上述方法进行的细菌测序也将不可避免地识别母体或婴儿 DNA 序列，因为宏基因组鸟枪法测序无法区分细菌和人类 DNA。 这些人类 DNA 序列将不在本项目的范围内进行分析。 然而，这些序列可能是未来研究的主题。 因此，将要求研究参与者允许在同意书内的“进一步分析”页面上分析母亲和/或儿童的人类 DNA。 将提供“选择退出”人类 DNA 分析的选项，拒绝不会导致被排除在研究之外。

任何与参与者健康明显相关的发现（即 母亲或孩子）将与他们的治疗儿科医生合作报告给参与者。 如果参与者不想被告知，则需要告知研究团队。