Detekce HIV-1 rezistentního vůči lékům na Tchaj-wanu

Během antiretrovirové terapie se mohou vyvinout kmeny HIV rezistentní vůči léčivům a přenos viru rezistentního vůči léčivům byl zdokumentován jako možný. Vznik lékové rezistence u HIV byl spojen se suboptimální virologickou odpovědí na antiretrovirovou terapii [1]. Pravděpodobnost, že pacient získá virus rezistentní na léky, souvisí s prevalencí lékové rezistence v populaci se specifickým vysoce rizikovým chováním. V západních zemích studie naznačují, že prevalence virové rezistence na alespoň jedno antiretrovirové léčivo se u dosud neléčených pacientů pohybuje od 6 % do 16 % a mezi nimi asi 3 % až 5 % se sníženou citlivostí na více než jednu třídu [2-4]. V současnosti však neexistují žádné údaje týkající se prevalence lékové rezistence u různých populací na Tchaj-wanu.

Rezistence na léčivo může být měřena pomocí testů genotypové nebo fenotypové rezistence. Genotypové testy detekují mutace, které způsobují vykopanou rezistenci; fenotypové testy jsou testy citlivosti na léky, které měří in vitro schopnost viru růst v přítomnosti sériových ředění inhibitorů (tj. antiretrovirových léků). Vzhledem k rychlejší době obratu a nižší ceně je genotypový test obecně preferován před fenotypovým testem [5]. Test genotypové rezistence byl dostupný ve třech AIDS centrech na Tchaj-wanu. Metody používané pro genotypový test se však v těchto třech centrech liší a tato data nebyla shromážděna a analyzována, aby bylo možné poznat epidemiologii rezistence HIV na Tchaj-wanu, tedy interpretaci a aplikaci výsledků z testu genotypové rezistence pro výběr antiretrovirálních látek. jsou na Tchaj-wanu dost sporné.

Kromě toho, i když je genotypový test méně přímočarý, existuje několik podmínek, které způsobují nesoulad mezi genotypem a fenotypem, a nesoulad může mít za následek obtížnou predikci fenotypu z genotypu [6]. Fenotypový test tedy může pomoci při interpretaci výsledků testování rezistence a poskytnout vodítko pro rozhodnutí o optimálním režimu. Vzhledem k tomu, že v blízké budoucnosti budou dostupné novější třídy antiretrovirotik, v současnosti komerčně dostupné fenotypové testování pomocí rekombinantních virů s inzercí sekvencí genu pro reverzní transkriptázu a proteázu nemusí stačit. Bude zapotřebí nový fenotypový test, který dokáže měřit schopnost viru růst v různých koncentracích NRTI, NNRTI, PI, vstupních inhibitorů, CCR5 inhibitorů a inhibitorů integrázy.

Je známo, že zátěž HIV-1 v plazmě silně koreluje s progresí onemocnění, odpovědí na antivirovou léčbu a přenosem z matky na dítě. Plazmatická virová RNA je reprezentativnější pro replikující se soubor virů v jakémkoli časovém bodě než s buňkou asociovaná provirová DNA. Abychom mohli studovat vztah kompletního genomu HIV-1 k fenotypové rezistenci, rozhodli jsme se zaměřit se na plazmatické viriony. U pacientů, jejichž virová nálož v plazmě není dostatečně vysoká k provedení této analýzy, však namísto použití pacientovy provirové DNA z infikovaných PBMC pro analýzu fenotypové rezistence. K amplifikaci virového genomu budou použity dvě strategie. První z nich bude amplifikace virového genomu téměř plné délky. Pokud tato strategie nefunguje, druhou strategií bude amplifikace dvou fragmentů virového genomu a sestavení těchto dvou fragmentů pomocí unikátních restrikčních enzymů.