Une étude longitudinale prospective du microbiome fécal et de la calprotectine pour prédire la réponse à la thérapie biologique chez les patients atteints de MC

La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire systémique chronique récurrente-rémittente, affectant n'importe quelle partie du tractus gastro-intestinal. Les patients présentent fréquemment des douleurs abdominales, de la fièvre et des symptômes d'occlusion intestinale ou de diarrhée avec passage de sang ou de mucus, ou les deux. Elle peut entraîner une morbidité et un handicap importants dans certains cas. Des études basées sur la population ont révélé que jusqu'à 50 % des patients atteints de MC avaient besoin d'une intervention chirurgicale dans les 10 ans suivant le diagnostic. Seuls 24 % restent en rémission tout au long de leur vie.

La thérapie biologique par anti-facteur de nécrose tumorale (TNF) alpha est le traitement de choix établi pour la prise en charge de la maladie de Crohn modérée à sévère. Cependant, son efficacité chez un patient individuel est imprévisible et le résultat à long terme est encore sous-optimal. Près d'un tiers des patients atteints de MC n'ont montré aucune réponse aux anti-TNF et les deux tiers n'obtiennent pas de rémission. Le taux de perte de réponse après 1 an de traitement par l'infliximab varie entre 23 % et 46 %.4 la réponse est donc primordiale et peut permettre une gestion personnalisée.

Plusieurs biomarqueurs ont été identifiés pour prédire la réponse au traitement. La protéine C réactive (CRP) est un réactif de phase aiguë avec une courte demi-vie de seulement 19 heures. CD Les patients avec des niveaux de CRP élevés au départ (>3 mg/L) ont mieux répondu au traitement par l'infliximab et la normalisation précoce de la CRP était corrélée à une réponse soutenue à long terme au traitement par l'infliximab. Des résultats similaires ont été montrés dans le traitement par l'adalimumab. Les patients atteints de MC qui avaient atteint la normalisation de la CRP (< 3 mg/L) à la semaine 4 et à la semaine 12 étaient moins susceptibles d'arrêter l'adalimumab et présentaient un bénéfice clinique durable.

La calprotectine fécale (FC) est une protéine de liaison du calcium et du zinc largement confinée aux granulocytes et macrophages neutrophiles et est un marqueur très sensible pour la détection de l'inflammation dans le tractus gastro-intestinal. Les niveaux de FC ont chuté de manière significative chez les patients atteints de MC qui ont répondu au traitement par l'infliximab. Il a été démontré qu'une diminution du niveau de FC après le traitement est associée à des améliorations cliniques, endoscopiques et histologiques. De plus, une étude a démontré que la combinaison de CRP et de FC représentait un bon prédicteur de rechute de la MC chez les patients sous traitement anti-métabolite après l'arrêt de l'infliximab.

Dans les maladies inflammatoires de l'intestin, des signatures altérées du microbiote fécal ont été systématiquement signalées, notamment une réduction de la biodiversité avec des proportions plus faibles de Firmicutes et une augmentation des membres du phylum Proteobacteria et Bacteroidetes. De plus, la diversité bactérienne globale est systématiquement réduite au cours de l'inflammation intestinale. En outre, les patients atteints de MC ont des espèces fongiques plus riches et des diversités de microbiome plus élevées dans les biopsies muqueuses. Plusieurs espèces fongiques, y compris Candida spp., Gibberella moniliformis, Alternaria brassicicola et Cryptococcus neoformans, sont augmentées dans les tissus des patients atteints de MC. Les patients atteints de MC peuvent héberger un nombre accru de bactériophages dans les tissus enflammés et les matières fécales, bien qu'aucun virus spécifique n'ait été associé aux MII humaines à ce jour.

Peu d'études ont étudié les changements longitudinaux du microbiome intestinal avec un traitement médicamenteux dans les MICI. Shaw et al. ont caractérisé 19 enfants atteints de MC et 4 atteints de colite ulcéreuse (CU), montrant que la dysbiose au départ était corrélée au degré de charge inflammatoire de la maladie luminale. Une amélioration de la diversité fécale a été observée avec une réponse clinique dans la CU mais pas dans la MC. La restauration de la diversité intestinale a déjà été rapportée avec un traitement anti-TNF. Cependant, il n'a pas été démontré auparavant qu'un microbiome plus diversifié soit prédictif de la réponse au traitement chez les enfants. Une étude récente du groupe du Massachusetts incluant 85 patients atteints de MICI (43 UC, 42 CD) qui ont commencé un traitement par vedolizumab a révélé que le microbiome de base était significativement plus élevé et que Roseburia inulinivorans et une espèce de Burkholderiales étaient plus abondants au départ chez les patients atteints de CD atteignant une rémission de la semaine 14. Les patients obtenant une rémission à la semaine 14 ont démontré une persistance de la composition microbienne à la fois à la semaine 30 et à la semaine 54, ce qui suggère que l'obtention de la rémission à la semaine 14 est associée à des changements durables dans les microbiomes. Ainsi, des changements précoces dans le microbiome pourraient aider à identifier les patients susceptibles d'obtenir et de maintenir une réponse au traitement.

Les chercheurs émettent l'hypothèse que les signatures microbiennes fécales associées à la calprotectine fécale et à la CRP pourraient jouer un rôle dans la prédiction de la réponse à la thérapie biologique chez les patients atteints de MC.