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Molecular Profiling for Risk Stratification in Appendiceal Cancer

8 maggio 2026 aggiornato da: City of Hope Medical Center

Molecular Profiling for Tumor Characterization and Risk Stratification in Patients With Appendiceal Cancer

This study investigates integrated epigenetic and epitranscriptomic features of appendiceal cancer using archived tumor tissue specimens from the same patient cohort. The study includes DNA methylation profiling and m6A epitranscriptomic profiling to define molecular subtypes, evaluate associations with clinicopathologic features, and develop molecular risk scores for prognostic stratification. The primary goal is to determine whether DNA methylation- and m6A-based molecular features can complement conventional histopathologic grading and improve risk stratification.

Panoramica dello studio

Stato

Reclutamento

Condizioni

Intervento / Trattamento

Descrizione dettagliata

Appendiceal cancer is a rare and heterogeneous malignancy with limited clinically actionable biomarkers for risk stratification. Histologic grade remains one of the strongest determinants of prognosis, but outcomes among patients with lower-grade disease remain variable. This study is designed to characterize the molecular architecture of appendiceal cancer through integrated analysis of DNA methylation and m6A epitranscriptomic profiles generated from archived tumor tissue specimens from the same patient cohort.

The study uses formalin-fixed paraffin-embedded appendiceal cancer tissues, and where available benign or normal appendix tissues, together with matched clinicopathologic and follow-up data. DNA methylation profiling is performed to evaluate tumor-associated methylation patterns, identify differentially methylated regions or features, and assess their association with clinical and survival outcomes. In parallel, m6A epitranscriptomic profiling is performed using m6A-enriched RNA sequencing with matched input RNA sequencing to quantify transcriptome-wide m6A enrichment.

Molecular data are analyzed to identify tumor-associated epigenetic and epitranscriptomic alterations, define molecular subtypes, and construct continuous molecular risk scores. These molecular features are evaluated in relation to histologic grade, histologic subtype, lymph node metastasis, lymphovascular invasion, perineural invasion, peritoneal cancer index, overall survival, and progression-free survival.

The study aims to determine whether DNA methylation and m6A-based profiling can provide complementary molecular information for appendiceal cancer classification, prognostic modeling, and future biomarker development.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Stimato)

400

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

  • Nome: Ajay Goel
  • Numero di telefono: 6262184673
  • Email: ajgoel@coh.org

Luoghi di studio

  • Stati Uniti
    • California
      • Duarte, California, Stati Uniti, 91016
        • Reclutamento
        • City of Hope Medical Center
        • Contatto:
          • Ajay Goel, MD
          • Numero di telefono: 626-218-4673
          • Email: ajgoel@coh.org

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

  • Adulto
  • Adulto più anziano

Accetta volontari sani

No

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

The study population includes adult patients with appendiceal cancer whose archived tumor specimens and associated clinicopathologic data are available for retrospective molecular profiling. The same patient cohort is used for DNA methylation and m6A epitranscriptomic analyses where sufficient biospecimen material is available. Benign or normal appendix tissue specimens may be included as non-malignant reference controls.

Descrizione

Inclusion Criteria:

  • Patients with histologically confirmed appendiceal adenocarcinoma or appendiceal cancer.
  • Availability of archived tumor tissue suitable for molecular profiling.
  • Availability of tissue for DNA methylation profiling, m6A epitranscriptomic profiling, or both.
  • Availability of relevant clinicopathologic data.
  • Availability of survival or follow-up information when applicable.
  • Age 18 years or older at diagnosis or tissue collection.

Exclusion Criteria:

  • Insufficient tissue quantity or quality for molecular profiling.
  • Inadequate DNA or RNA quality for sequencing or molecular assay preparation.
  • Missing essential clinicopathologic information required for analysis.
  • Non-appendiceal primary tumor or metastatic tumor to the appendix from another primary site.
  • Patients who do not meet institutional review board or consent requirements, if applicable.

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Intervento / Trattamento
Appendiceal Cancer Cohort
Patients with histologically confirmed appendiceal cancer whose archived tumor tissue specimens and clinicopathologic data are available for integrated DNA methylation and m6A epitranscriptomic profiling.
Test diagnostico: DNA Methylation Profiling
Archived tissue specimens undergo DNA methylation profiling to characterize tumor-associated methylation alterations and identify methylation-based molecular features associated with clinicopathologic variables and survival outcomes. The profiling is performed for research purposes only and does not assign treatment.
Test diagnostico: m6A Epitranscriptomic Profiling
Archived tissue specimens undergo m6A methylated RNA immunoprecipitation sequencing with matched input RNA sequencing to quantify transcriptome-wide m6A enrichment. The resulting molecular data are used for subtype discovery, m6A score construction, reduced-panel development, and association with clinicopathologic and survival outcomes.
Benign Appendix Reference Cohort
Individuals with benign or normal appendix tissue specimens used as non-malignant reference samples for comparison of tumor-associated DNA methylation and m6A epitranscriptomic features.
Test diagnostico: DNA Methylation Profiling
Archived tissue specimens undergo DNA methylation profiling to characterize tumor-associated methylation alterations and identify methylation-based molecular features associated with clinicopathologic variables and survival outcomes. The profiling is performed for research purposes only and does not assign treatment.
Test diagnostico: m6A Epitranscriptomic Profiling
Archived tissue specimens undergo m6A methylated RNA immunoprecipitation sequencing with matched input RNA sequencing to quantify transcriptome-wide m6A enrichment. The resulting molecular data are used for subtype discovery, m6A score construction, reduced-panel development, and association with clinicopathologic and survival outcomes.

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Overall Survival
Lasso di tempo: Through study completion, an average of 1 year
Overall survival will be evaluated in relation to molecular profiling results and available clinicopathologic characteristics. Survival analyses may include Kaplan-Meier analysis and Cox proportional hazards models
Through study completion, an average of 1 year
Progression-Free Survival
Lasso di tempo: Through study completion, an average of 1 year
Progression-free survival will be evaluated in relation to molecular profiling results and available clinicopathologic characteristics. Time-to-event analyses may be performed using standard survival analysis methods.
Through study completion, an average of 1 year

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

City of Hope Medical Center

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

1 maggio 2026

Completamento primario (Stimato)

1 gennaio 2027

Completamento dello studio (Stimato)

1 gennaio 2027

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

4 maggio 2026

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

8 maggio 2026

Primo Inserito (Effettivo)

14 maggio 2026

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

14 maggio 2026

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

8 maggio 2026

Ultimo verificato

1 maggio 2026

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • 23228_PACE

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

NO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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