Molekulární diagnostika a stratifikace rizika sepse (MARS)

Východiska: Sepse je hlavní příčinou nemocniční morbidity a mortality. Současné nástroje, které má lékař k dispozici pro zahájení léčby pacientů se sepsí, zahrnují především systémy klasifikace symptomů a kultivační techniky, které poskytují nespecifické a pomalé informace.

Cíl: Konečným cílem tohoto programu je pomoci lékaři u lůžka při přizpůsobení léčby jednotlivého pacienta trpícího sepsí generováním rychlých molekulárních informací o příčinném patogenu a reakci hostitele.

Výstupy: Rychlé testy ("sample-in-result-out"), které mohou být použity zdravotnickým personálem u lůžka nebo v jeho blízkosti a které poskytují rychlou informaci (do dvou hodin) o přítomnosti nebo nepřítomnosti sepse, příčinného patogenu a riziko jednotlivých pacientů pro komplikace sepse a smrt.

Design: Program je organizován do čtyř pracovních balíčků (WP) podél klinické, objevovací a technologické platformy. Ve WP1 dvě univerzitní nemocnice zapíší 7500 pacientů přijatých na jednotku intenzivní péče během prvních 3 let projektu; 25 % - 40 % těchto pacientů bude mít nebo se u nich rozvine sepse. Ve WP2 (Pathogen Detection) bude krev získaná od těchto pacientů použita k vývoji rychlých, plně automatizovaných nočních testů založených na DNA, které identifikují mikroorganismy a také poskytují informace o jejich rezistenci vůči antibiotikům. Ve WP3 (Host Response) bude RNA z krevních buněk analyzována s cílem nalézt nové biomarkery a vyvinout rychlé a snadno proveditelné testy, které poskytují informace o rizikovém profilu pacienta. Kromě toho budou měřeny plazmatické hladiny vybraných proteinových biomarkerů pro porovnání jejich hodnoty s hodnotou identifikovaných leukocytárních molekulárních signatur. WP4 je zodpovědný za ICT řízení projektu. Klinická platforma (krytá WP1 a WP4) poskytuje data pacientů a biologické vzorky na objevovací a technologické platformy. Platforma Discovery (krytá WP2 a WP3) využívá data pacientů a biologické vzorky k vývoji testů pro detekci infekčního agens způsobujícího sepsi a pro stratifikaci pacientů podle jejich rizika komplikací sepse, včetně úmrtí. Výsledky generované v rámci platformy discovery budou dodány na technologickou platformu. Technologická platforma (součást WP2 a WP3) má specifický cíl vyvinout rychlé testy, které běží na plně automatizované (mikro)fluidní platformě, která je tak snadno ovladatelná, že ji lze použít v decentralizovaných nastaveních, jako je (v blízkosti) JIP. Vyvinuté testy budou využívat znalosti vytvořené v platformě objevování.