Biomarkkerianalyysi potilaille, joilla on metastasoitunut kolorektaalisyöpä (MCC)

Tämä on lyhytaikainen, prospektiivinen toteutettavuustutkimus, jonka tarkoituksena on määrittää, kuinka tehokkaasti tutkijat voivat saada biomarkkerianalyysin potilaista, joilla on mCRC ja joilta hankitaan tietoinen suostumus ja lupa. Tutkimus tehdään yhteistyössä Quintilesin kanssa. Tutkijat keräävät tietoja kussakin populaatiossa havaittavien kliinisesti aktivoitavien biomarkkereiden määrästä ja näissä populaatioissa havaittavien kokeellisten merkkiaineiden määrästä. Potilaille, joilla on toistuva metastaattinen sairaus (eli ensimmäinen metastaattisen taudin diagnoosi resektion, viimeisen sädehoidon tai viimeisen adjuvanttihoidon jälkeisen kemoterapian jälkeen), ensisijainen näyte lähetetään biomarkkerianalyysiä varten. Käyttökelpoiset markkerit tai genomimuutokset ovat FDA:n hyväksymiä diagnostisia merkkejä ja markkereita, joita käytetään metastaattisen paksusuolensyövän kokeisiin. Lisäksi kerätään ja raportoidaan lisätietoja FDA:n hyväksymistä diagnostisista kumppanimarkkereista ja markkereista, joita käytetään tutkimukseen ilmoittautumiseen muissa indikaatioissa kuin mCRC:ssä.

Bionäytteet 25 potilaalta, joilla metastaattinen paksusuolen syöpä on uusiutunut varhain (≤ 12 kuukautta) ja 25 potilaalta, joilla on ollut myöhäinen uusiutuminen (> 12 kuukautta), kerätään, käsitellään, kuljetetaan ja testataan asianmukaisesti. Mutaatioiden esiintymistiheys ja paikat voivat olla hypoteeseja, jotka auttavat tunnistamaan potilaat, joilla on suurempi riski saada varhainen uusiutuminen, ja auttaa tunnistamaan tulevia hoitovaihtoehtoja ja valitsemaan parempia hoitovaihtoehtoja tälle huonolle ennusteryhmälle.

REKISTERÖINTIMENETTELYT Täydellisen, ei-ehdollisen IRB-hyväksynnän kirjalliset asiakirjat on tallennettava ennen kuin potilas voidaan rekisteröidä. Rekisteröintiprosessi alkaa, kun koordinaattori on saanut allekirjoitetun tietoisen suostumuksen. Potilaiden demografiset tiedot sisällytetään Clinical Trial Management System (CTMS) -järjestelmään; Tämä on web-pohjainen intranet-järjestelmä kokeilutietojen toimittamiseen USOR:n kautta. Potilaalle määrätään tuolloin yksilöllinen potilasnumero (UPN). Potilaan syöttäminen CTMS:ään ei tarkoita, että potilas on rekisteröity tutkimukseen.

Kun potilaalla on UPN-numero, koordinaattori voi siirtyä Potilasraporttiin ja valita rekisteröitävän potilaan. Potilaan UPN:n vasemmalla puolella on kirjaimet "Reg" sinisellä. Koordinaattori avaa potilaan tiedot napsauttamalla sinistä "Reg"-kuvaketta. Jokainen täytettävä sivu on keltainen. Sivusto vastaa kysymyksiin Sisällytykset, Poissulkemiset ja Prestudy Assessment -sivuilla. Kun kaikkiin kunkin sivun kysymyksiin on vastattu, sivu muuttuu vihreäksi. Tunnusnumero ja tutkimusvarsi määritetään suoraan.

NÄYTTEENHANKINTAMENETTELYT USOR-tutkimuspaikat toimitetaan kasvainten keräyspakkauksilla US Oncology Investigational Product Centerin (IPC) kautta.

Bionäyteillä on toimituspäivä neljän viikon sisällä siitä, kun potilas on allekirjoittanut suostumuksensa osallistuakseen tutkimukseen. Kudos lähetetään keskuslaboratorioon. Toimitustiedot annetaan CTI:ssä (Clinical Trials Information), jonka USOR toimittaa erikseen.

Viitelaboratorion käsikirja kudosten valmisteluun ja lähetysohjeisiin.

NÄYTTEEN ANALYYSI JA LUOTTAMUKSELLISUUS USOR:n ja Quintilesin tarkoituksena on, että potilaan luottamuksellisuus säilyy koko toimenpiteen ajan. USOR ylläpitää tiukkoja kliinisten tutkimusten luottamuksellisuusstandardeja koodaamalla näytteet potilaan nimikirjaimilla ja yksilöivällä tunnisteella (UPN-numero/potilas/tutkimustunnus) ja tutkimusnumero. Potilas on seulonnassa allekirjoittaessaan ICF:n ja rekisteröitynyt CTMS:ään. Potilaan katsotaan osallistuneen tutkimukseen, jos standardihoitobionäyte on saatavilla biomarkkeritestausta varten ja toimituspäivämäärä 4 viikon sisällä ICF:n allekirjoittamisesta. Jos hoidon standardibionäyte ei ole jostain syystä saatavilla 4 viikon kuluessa, potilaan katsotaan epäonnistuneen seulontaan.

BIOSNÄYTTEEN ARVIOINTI Käytetään korkean suorituskyvyn sekvensointia, joka hyödyntää Life Technologies Ion Torrent -alustaa tai vastaavaa vaihtoehtoa. Tämä menetelmä tarjoaa korkealaatuisen syvän sekvensoinnin kattavuuden, joka sopii ihanteellisesti SNP:n havaitsemiseen ja mutaatioanalyysiin. Pistemutaatioiden tunnistusanalyysi sisältää kohdistetun kasvainkudoksen koko eksomin sekvensoinnin, joka kattaa useita satoja ihmisen proteiinia koodaavia eksoneja. Profiloinnin tulokset kootaan ja järjestetään kliinisen käytännön merkityksen mukaan. Kaikki kliinisesti käyttökelpoiset tulokset toimitetaan takaisin lääkärille käyttäen samoja tunnisteita, joihin edellä viitataan.

NÄYTTEEN TESTAUKSEN ONNETTOMUKSET Analyysiin lähetetyt näytteet ovat arkistoidusta FFPE-kudoksesta. Mahdollisuus suorittaa AmpliSeq-testaus saattaa olla rajoitettu käytettävissä olevan näytteen laadun ja määrän vuoksi. Testauksen epäonnistumisen syyt voivat johtua kyvyttömyydestä erottaa riittävän laadukasta ja määrää DNA:ta, kyvyttömyys luoda sekvensointikirjastoa tai näytteen kyvyttömyys sekvensoida. Jos testaus epäonnistuu, laboratorio tallentaa testauksen epäonnistumisen syyn ja raportoi siitä lääkärille. Potilaalla on mahdollisuus lähettää uudelleen yksi lisänäyte sekvensointia varten keskusteltuaan tutkimuslääkärinsä kanssa, riippuen tutkimuksen tilasta ja Yhdysvaltain onkologian kliinisen projektipäällikön hyväksynnästä. Jos potilaalta otettu näyte epäonnistuu testauksessa kahden testausyrityksen jälkeen, potilasta pidetään pysyvänä testauksen epäonnistuneena eikä hänelle tarjota mahdollisuutta lähettää lisänäytteitä.