Pienten munuaismassojen ei-invasiivinen diagnostiikka (NISar)

Tutkimus 1:

Kokeen tavoite:

Biomarkkerien tunnistaminen veressä ja virtsassa ja perustan luominen minimaalisesti invasiiviselle SRM-diagnostiikkaohjelmalle.

Menetelmä:

Näytekokoelma:

Kaikki verinäytteet kerätään etyleeniamiinitetraasetaattia (EDTA) sisältäviin putkiin. kahta näytettä sentrifugoidaan sitten 2000 G:ssä 10 minuuttia plasman eristämiseksi, jotka sitten säilytetään -80 oC:ssa. Loput 2 näytettä säilytetään -80 oC:ssa sellaisenaan. Kokonaisnukleiinihappo (TNA) uutetaan tiivistetyistä virtsa- ja plasmanäytteistä, kuten aiemmin on kuvattu NucliSENS easy MAG -instrumentilla. Uutettua TNA:ta käytetään sitten kohdennettuun immuuni- ja onkologiseen profilointiin (mutaatiot ja ilmentyminen) käyttämällä seuraavan sukupolven sekvensointiin (NGS) perustuvaa RNA- ja DNA-sekvensointia.

Lisäydinnäyte munuaiskasvaimesta säilytetään ilman säilöntäaineita NGS-pohjaista DNA- ja RNA-seq-analyysiä varten.

Tutkimus 2:

Kokeen tavoite:

Muutosten tunnistaminen kiertävissä biomarkkereissa parantavan hoidon jälkeen potilailla, joilla on biopsialla varmennettu munuaissyöpä.

Menetelmät:

Potilaiden rekrytointi:

Potilaat otetaan mukaan tutkimukseen 2 samalla tavalla kuin tutkimukseen 1.

Näytekokoelma:

Neljän ensimmäisen näytteen lisäksi jokaiselta potilaalta otetaan neljä lisäverinäytettä (20 ml) 1 kuukauden ja 6 kuukauden kuluttua parantavasta hoidosta. Kaikki näytteet koodataan ja niille annetaan tunnus potilaan elvytysnumeron mukaan RedCap-tietojärjestelmän avulla.

Näytteiden säilytys, valmistelu ja analysointi:

Veri- ja virtsanäytteet käsitellään samalla tavalla kuin tutkimuksessa 1. Tilastollinen analyysi tutkimuksille 1 ja 2:

Tietojen tutkiva analyysi suoritetaan tiettyjen tunnistettujen sekvenssien molekyyliekspressiotasoilla, valvomaton hierarkkinen klusterointi sovitetaan ja lämpökartat tuotetaan. Klusteroitujen elementtien ominaisuuksia verrataan edelleen histopatologisiin tuloksiin histologisten aggregaatiomallien etsimiseksi.

Tunnistettujen sekvenssien ilmentymistasoja veressä ja virtsassa verrataan Whitney U -testin ja Kruskal-Wallis-testin avulla. Muutokset ilmentymistasoissa ennen leikkausta postoperatiiviseksi arvioidaan Friedmanin ANOVA:lla ja myöhemmällä post-hoc-parivertailulla Wilcoxonin signed rank -testillä Bonferroni-korjauksella.

Vastaanottimen toiminnan ominaiskäyräanalyysi suoritetaan edelleen ennen leikkausta näytteille, jotta testataan kunkin markkerin määritysten validiteetti hyvänlaatuisen histologian ja pahanlaatuisuuden erottamiseksi käyrän alle jäävän pinta-alan (AUC) raja-arvolla 0,75.

Näytteen koko Vähimmäisnäytteen koko, joka vaaditaan tilastollisen tehon saavuttamiseksi 80 % merkitsevyystasolla 0,05 ja odotetulla 15 %:n keskeyttämisasteella, on 155 potilasta.

Otoskoon laskelmat on laskettu GPower-ohjelmistolla (Düsseldorf, DE).

Tutkimus 3:

Kokeen tavoite:

mpMRI:n diagnostisen arvon tutkiminen SRM:n pahanlaatuisuuden määrittämisessä.

Menetelmä:

Potilaiden rekrytointi:

Kirjallisen suostumuksen antamisen jälkeen mpMRI määrätään samalle päivälle, mutta ennen ensisijaista biopsiaa. Kaikki mpMRI-tutkimukset tehdään paikallisesti ja kuvat siirretään Odensen yliopistolliseen sairaalaan, jossa erikoisradiologi tutkii kuvat sokeasti, mikä tarkoittaa, että hän on tietämätön patologin diagnoosista. Tulos tallennetaan koodattuun RedCAP-tietokantaan.

MpMRI:t suoritetaan standardiprotokollan mukaisesti ja ne sisältävät seuraavat sekvenssit: T1 (alennettu affiniteetti rasvakudokseen) +/- kontrasti, diffuusiopainotetut sekvenssit ja pesu sisään/huuhtelu ulos.