Att översätta genetisk kunskap till klinisk vård vid icke-autoimmun diabetes (TRANSLATE)

TRANSLATE-projektet är ett integrerat projekt med mångfacetterade mål, som kan delas upp i två huvudkolumner. Grunden för båda kolumnerna är WGS-analysen i en klinisk diagnostisk miljö för att vägleda patientbehandlingen. Patienterna är inte randomiserade och inklusions- och exkluderingskriterierna är medvetet breda respektive minimala.

Den första kolumnen är det kliniska utvecklingsprojektet, som syftar till att slutföra en ny diagnostisk process. Denna kolumn kommer att utveckla nya pipelines och avslöja barriärer och utmaningar förknippade med genbaserad precisionsmedicin för att underlätta hållbar implementering av genbaserad precisionsmedicin bortom TRANSLATE-projektet.

Under projektet vill vi fokusera på potentiella barriärer mot en bred tillämpning av genbaserad precisionsmedicin vid en folksjukdom. Dessa kan inkludera:

• Utmaningar som hänför sig till valet av varianter som anses vara kliniskt genomförbara, automatisering av genetisk tolkning/översättning och genomförbarheten av storskalig implementering av precisionsmedicin
• Etiska problem hos patienter, kliniker och andra tekniker med avseende på tillämpningen och användbarheten av genetisk information
• Giltighet och begränsningar av nuvarande beräkningspipelines för variantanrop inklusive anrop av strukturella varianter och aggregerade genetiska verktyg
• Utmaningar gällande interoperabiliteten av IT-system och databaser nationellt i Danmark, specifikt hur centrala databaser kan kopplas till kliniska slutanvändare
• Hur implementering av genetiska analyser påverkar kliniskt beslutsfattande och/eller kliniska banor, både kvalitativt och kvantitativt

Den andra kolumnen är ett registerbaserat forskningsprojekt där vi kommer att använda data från patienterna för att utveckla genbaserad precisionsmedicin. I den här kolumnen kommer vi både att ta upp hur man etablerar en heltäckande forskningsinfrastruktur, samt svara på specifika forskningsfrågor. Vi kommer att ta upp hur man kombinerar och harmoniserar genetiska data med andra danska registerkällor. Vi kommer att använda de nyligen etablerade metoderna för att fokusera på följande forskningsområden med avseende på patientstratifiering, kliniska banor, komplikationsutveckling och andra kliniskt relevanta resultat:

• Polygena riskpoäng
• Maskininlärningsalgoritmer
• Kombinerade polygena och monogena egenskaper
• Icke-kodande variation
• Strukturell variation, specifikt exondeletioner och duplikationer, som tidigare har visats som orsak till monogen diabetes