Effets de l'éradication de H.Pylori sur le microbiome

Les directives internationales actuelles et les groupes de travail d'experts encouragent la stratégie de « recherche et traitement » pour H.pylori afin de prévenir le cancer gastrique1, 2. Le rendement le plus élevé de cette approche est attendu dans les pays à forte incidence de cancer gastrique et à forte prévalence de H. .infection pylori. Cette approche sera soutenue par les lignes directrices européennes Maastricht V (manuscrit en préparation). La justification de cette approche est que 1 à 2 % des personnes infectées développent un cancer gastrique ; le Centre international de recherche sur le cancer a classé l'infection à H.pylori comme cancérogène de classe I3, 4. Une étude sur l'île de Matsu à haut risque de cancer gastrique a suggéré que l'incidence du cancer gastrique peut être réduite de 25 % par une telle stratégie5 ; les limites, cependant, comprennent l'absence du groupe témoin.

Trois méta-analyses récentes ont confirmé le rapport coût-efficacité d'une telle approche6-8 ; bien sûr, ceux-ci sont basés sur les données limitées actuellement disponibles sur les risques potentiels causés par l'application d'une stratégie basée sur la population.

Dans les pays qui devraient bénéficier le plus de la stratégie, cela signifierait offrir un traitement d'éradication à la majorité de la population, par ex. en Lettonie, cela nécessiterait un traitement antibiotique pour 79 % de la population9 et changerait le statut actuel de pays à faible consommation d'antibiotiques en pays à consommation moyenne. Cela pourrait potentiellement entraîner des conséquences néfastes non liées à H.pylori.

Dans un pays où la résistance de H.pylori à la clarithromycine est faible (comme la Lettonie), le schéma thérapeutique standard d'éradication de H.pylori de 1ère intention recommandé consisterait en une association de clarithromycine à l'amoxicilline ou au métronidazole et à un inhibiteur de la pompe à protons ; la durée serait d'au moins 10 jours10. Les zones présentant une résistance plus élevée de H.pylori à la clarithromycine nécessiteraient des modalités de traitement plus agressives, par ex. en incluant la lévofloxacine au régime. Les événements indésirables potentiels causés par ces thérapies au microbiome sont insuffisamment étudiés ; l'opinion d'experts qui élaborent des lignes directrices se limite généralement à la considération qu'un traitement antibiotique unique de 1 à 2 semaines serait une intervention mineure et entièrement réversible sur le microbiome puisque, selon les statistiques disponibles dans de nombreux pays, la consommation moyenne d'antibiotiques est d'un ou plusieurs traitements par an chez un sujet.

Cependant, d'après les données limitées disponibles, il y a un message clair que même un traitement d'une semaine avec des macrolides (clarithromycine, azithromycine) augmente la résistance de S. pneumoniae résistant aux macrolides dans le pharynx chez des volontaires sains ; cette différence était statistiquement significative sur une période de 180 jours11.

Ainsi, l'objectif de cette proposition de projet est d'évaluer les effets à long terme de l'éradication de H.pylori sur le microbiome du tractus gastro-intestinal (GIT), d'évaluer ses effets sur l'abondance et la prévalence des gènes codant pour les bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) et de développer les coûts prototype de test de dépistage BLSE efficace. Pour atteindre cet objectif, dans le cadre de ce projet, des échantillons fécaux seront prélevés sur des patients qui suivent le traitement d'éradication à deux moments : avant le début de l'éradication et un an après le traitement final. Afin de réduire le nombre d'échantillons de matières fécales que les patients devront acquérir et de normaliser la procédure d'échantillonnage, les participants doivent explorer la possibilité d'utiliser des conteneurs de test de sang occulte dans les selles. Puisqu'il n'y a pas de rapports positifs concluants sur l'utilisation de ces dispositifs dans de telles analyses dans le cadre de cette recherche, les participants doivent également développer une méthodologie d'extraction d'ADN appropriée. En outre, en utilisant des analyses basées sur le séquençage de nouvelle génération, les participants doivent déterminer la composition de la communauté microbienne au sein de chaque échantillon et, en comparant les données de chaque moment, les participants doivent être en mesure d'estimer les effets à long terme de la thérapie d'éradication. Suite à cette analyse, les participants doivent procéder à l'identification du répertoire BLSE au sein de chaque échantillon et également évaluer leur abondance. De même que dans le cas de l'analyse communautaire, la comparaison des deux points dans le temps doit permettre d'estimer les effets de la thérapie d'éradication. Suite à l'acquisition des données, les participants externaliseront la création du prototype de test de dépistage BLSE, qui sera basé sur la technologie des microbilles d'emploi.