Auto-échantillonnage pour l'étude de COVID-19

3.1.1 Population de l'étude : les enquêteurs recruteront des patients dans une étude de validation clinique plus vaste du test iAMP® par rapport à l'étalon-or (le test recommandé par les CDC) jusqu'à ce que nous ayons recueilli de manière prospective un total de 100 cas positifs. La positivité actuelle dans la région est d'environ 20 %, par conséquent, environ 500 échantillons seront nécessaires. Les critères d'inclusion sont les suivants : Patients âgés de plus de 18 ans se présentant pour le test COVID-19, capables de tolérer les prélèvements nasopharyngés et capables de suivre les instructions d'auto-prélèvement. Les critères d'exclusion sont les suivants : incapable ou refus de fournir un consentement éclairé et/ou des coordonnées fiables.

3.1.2 Visite clinique : les patients symptomatiques seront approchés par un prestataire de l'étude portant un EPI. L'étude sera expliquée et si le patient est d'accord, il sera consenti. Les patients seront autorisés à donner leur consentement uniquement pour les deux prélèvements nasopharyngés ou pour les cinq prélèvements. Après consentement, chaque patient subira des tests avec placement simultané de deux écouvillons nasopharyngés par un clinicien pour la validation clinique à grande échelle. L'un sera stocké au sec dans un tube et l'autre sera placé dans un milieu de collecte virale. Les patients qui consentent à l'étude d'auto-échantillonnage seront emmenés dans une zone privée pour le prélèvement de trois échantillons différents. Après avoir reçu des instructions écrites et visionné une courte vidéo d'instructions, l'échantillon de cornet moyen sera prélevé par le patient sous la supervision d'un clinicien. Le clinicien partira alors et le patient prélèvera lui-même des échantillons des narines antérieures et de la salive. Tous les échantillons seront conservés au sec. Lorsque le patient retourne les échantillons au coordinateur de la recherche, il lui sera demandé s'il y a des effets secondaires ou des événements indésirables liés à l'échantillon de cornet moyen.

3.1.3 Tests en laboratoire : un écouvillon sec sera prélevé sur deux des trois sites d'auto-échantillonnage iAMP® - narines médianes et antérieures - et placé dans un flacon avec le tampon exclusif (ci-après dénommé Tampon d'échantillon A). Pour la salive, une coupelle de collecte stérile sera utilisée pour le prélèvement de l'échantillon, et le tampon d'échantillon A sera ajouté directement à la coupelle de collecte stérile. Chacun des trois échantillons avec le tampon d'échantillon A ajouté incubera à température ambiante pendant 15 minutes. Un mélange multiplex exclusif (mélange maître) sera préparé dans un tube à essai et 10 microlitres de l'échantillon du flacon (turbine moyen et narines) ou de la tasse (salive) seront ajoutés au tube à essai. Le tube à essai sera ensuite placé dans la machine RT-PCR et exécuté jusqu'à la fin du test. Le résultat du test sera positif, négatif ou invalide (test à répéter) et le résultat sera comparé au résultat anonymisé du test nasopharyngé exécuté avec le test NAAT recommandé par le CDC.

Instructions pour les sujets sur la façon de collecter correctement les écouvillons de chaque site. [Les cotons-tiges doivent être floqués et effilés].

Mi-turbiné :

• Se laver et se sécher soigneusement les mains
• Prenez un coton-tige stérile et tenez-le par la tige dans votre main dominante
• Ouvrez le flacon de collecte iAMP vide et tenez-le dans l'autre main
• Inclinez la tête en arrière pour que le menton soit à peu près parallèle au sol (~70º)
• Insérez le coton-tige jusqu'à la marque sur la tige (un pouce ou ~ 2 cm) et faites pivoter le coton-tige complètement (360º) 3 fois.
• Retirez le coton-tige et sans toucher la pointe du coton, répétez le processus de l'autre côté avec le même coton-tige
• Retirez l'écouvillon du nez, ne touchez pas l'embout en coton et placez l'écouvillon, l'embout en coton en premier, dans le flacon
• Casser la tige supérieure du coton-tige
• Remettez le capuchon sur le flacon en le fermant bien
• Remettez le flacon fermé au personnel de recherche

Narines antérieures :

• Se laver et se sécher soigneusement les mains
• Prenez un coton-tige stérile et tenez-le par la tige dans votre main dominante
• Ouvrez le flacon de collecte iAMP® vide et tenez-le dans l'autre main
• Insérez le coton-tige dans une narine jusqu'à ce que la pointe du coton ne soit plus visible (~ 0,5 pouces ou 1 cm)
• Faites-le pivoter complètement à l'intérieur du nez (360º) 3 fois et laissez-le en place pendant 10 à 15 secondes
• Retirez le coton-tige et sans toucher l'embout en coton, répétez le processus dans l'autre narine, en insérant à nouveau le coton-tige uniquement jusqu'à ce que l'embout en coton ne soit plus visible, en le faisant tourner 3 fois et en le laissant en place pendant 10 à 15 secondes
• Retirez l'écouvillon, ne touchez pas l'embout en coton et placez l'écouvillon, l'embout en coton en premier, dans le flacon
• Casser la tige supérieure du coton-tige
• Remettez le capuchon sur le flacon en le fermant bien
• Remettez le flacon fermé au personnel de recherche

Salive:

• Ne pas manger, boire, fumer ou mâcher de la gomme dans les 30 minutes suivant la collecte
• Prenez une tasse à urine stérile et crachez-y à plusieurs reprises jusqu'à ce qu'il y ait 2 à 3 millilitres de liquide (à l'exclusion des bulles). Voir l'image ci-dessous pour un exemple de la quantité de salive nécessaire
• Gardez l'intérieur de la tasse stérile en ne plaçant rien (doigts, objets, etc.) dans la tasse
• Une fois la quantité adéquate de salive recueillie, placez le capuchon sur le dessus de la tasse et fermez-le bien
• Donner un gobelet fermé au personnel de recherche

3.1.4 Justification statistique En supposant que 20 % des échantillons testés avec le test NAAT seront positifs au COVID-19, une étude de 500 échantillons consécutifs donnera 100 cas de COVID-19 détectés par le test NAAT. Cette étude permettra d'estimer l'intervalle de confiance (IC) à 95% de sensibilité et de spécificité indiqué dans le tableau ci-dessous pour une vraie sensibilité et spécificité allant de 50% à 95%. La précision s'améliore au fur et à mesure que la sensibilité et la spécificité diffèrent de 50 %.

Tableau 1 : Intervalles de confiance à 95 % pour la détection de la sensibilité et de la spécificité Sensibilité vraie Sensibilité IC à 95 % Spécificité vraie Spécificité IC à 95 % 50 % 39,8 % - 60,2 % 50 % 45,0 % - 55,0 % 70 % 60,0 % - 78,8 % 70 % 65,2 % - 74,5 % 90 % 82,4 % - 95,1 % 90 % 86,6 % - 92,8 % 95 % 88,7 % - 98,4 % 95 % 92,3 % - 96,9 %

3.1.5 Risques/Sécurité Le seul risque de cette étude est l'exposition supplémentaire du personnel de laboratoire effectuant le test. Tous les laborantins impliqués sont formés à la manipulation d'agents infectieux tels que le COVID-19. Toutes les précautions standard seront utilisées pour la manipulation des échantillons, y compris l'aliquotage des échantillons dans une hotte de sécurité biologique et l'utilisation d'équipements de protection individuelle. La confidentialité des patients sera assurée par l'anonymisation des échantillons de patients, comme précédemment approuvé par le MCW IRB.

3.1.6 Analyse. La sensibilité et la spécificité seront estimées pour chaque test iAMP® ainsi que les intervalles de confiance exacts à 95 % correspondants en utilisant le test NAAT comme étalon de référence.

3.1.7 Limites cliniques potentielles

1. Les sites anatomiques alternatifs auront une sensibilité plus faible que les écouvillons nasopharyngés. Il est possible que les écouvillons auto-prélevés aient une sensibilité nettement inférieure à celle des écouvillons nasopharyngés. Il est peu probable que ce soit le cas car la charge virale de ce nouveau virus est très élevée
2. Les sujets peuvent refuser de se faire prélever plusieurs écouvillons. Les patients peuvent refuser de donner 5 échantillons. Étant donné que les sites auto-collectés sont peu susceptibles de causer de l'inconfort, nous nous attendons à ce que la plupart des participants acceptent de participer à l'étude. Même si de nombreux patients n'acceptent pas de participer, il y a 700 patients par jour présentant des symptômes, ce qui constitue un large bassin de participants potentiels, ce qui nous permettra d'atteindre notre objectif. Les enquêteurs peuvent avoir besoin de poursuivre l'inscription jusqu'à ce qu'il y ait 100 sujets COVID-19+ auto-collectés si certains sujets refusent des tests supplémentaires.

3.2 Objectif spécifique 2. Évaluer l'incidence des événements indésirables dans un échantillon de cornet moyen auto-prélevé. Selon les instructions d'utilisation (IFU), les écouvillons du cornet moyen doivent être prélevés sous surveillance médicale,13 ce que le CDC renforce. De nombreuses études ont démontré que les échantillons de cornet moyen sont efficaces pour la détection d'autres maladies respiratoires.14-17 Étant donné que la collecte du cornet moyen peut avoir une sensibilité plus élevée que les narines antérieures ou les tests de salive, il est important de démontrer qu'elle peut être collectée en toute sécurité sans surveillance clinique. Bien que certains patients puissent être en mesure d'effectuer une collecte du cornet moyen via une visite de télésanté, cela constituerait un obstacle à une mise à l'échelle à grande échelle. Ainsi, les enquêteurs permettront aux patients de prélever eux-mêmes un échantillon de cornet moyen avec un écouvillon de collecte. L'écouvillon aura une ligne indicatrice signalant la longueur moyenne pour atteindre la région du cornet moyen chez les adultes (environ 1 pouce ou 2 cm). Le fournisseur de soins de santé évaluera ensuite le patient pour tout événement indésirable lié à l'auto-prélèvement du patient, comme la douleur et/ou les saignements. Si l'incidence des événements indésirables est absente ou très faible (moins de 5 %) et que la sensibilité de l'échantillon du cornet moyen est supérieure à celle des narines antérieures, les patients pourraient être autorisés à prélever leur propre région du cornet moyen sans surveillance médicale. La proportion de participants subissant chaque type d'événement indésirable sera estimée avec un intervalle de confiance exact à 95 % correspondant.

4.0 Résumé La pandémie de Covid-19 a créé une crise mondiale qui affecte tous les secteurs de la société. Pour réduire les impacts économiques et sanitaires catastrophiques de ce virus, la disponibilité de tests sûrs, peu coûteux et fiables sera nécessaire. Ce projet vise à étudier l'auto-prélèvement d'un test rapide et peu coûteux (iAMP®) dans trois zones anatomiques - le cornet moyen, les narines et la salive - qui, s'il est validé, peut contribuer à faire du test généralisé une réelle possibilité. L'objectif secondaire est de montrer que toutes ces zones peuvent être auto-collectées en toute sécurité sans avoir besoin de la supervision d'un clinicien. La diminution des obstacles aux tests et au traitement du Covid-19 contribuera à atténuer cette crise et permettra un retour aux activités normales.