Tidlig diagnose av invasiv lungeaspergillose

Dette er en prospektiv studie av terskeldrevne og kontinuerlige responsvariabler fra uavhengige kontroll- og eksperimentelle grupper av forsøkspersoner. Intensivavdelingene i de fem sykehusene inkluderer 63 senger og vil gi 2292 potensielt egnede kritisk syke personer årlig i løpet av en 3-årig prospektiv studie.

Hos pasienter med mistanke om IPA vil alle typer prøver tas to ganger i uken for analyse fra diagnosedato til minst 2 påfølgende negative resultater oppnås, eller pasienten skrives ut fra intensivavdeling. Hvis tilgjengelig, vil lagrede alikvoter av prøver tatt 14 - 1 dager før diagnosedagen (hovedsakelig serum og BALF/ETA (bronkoalveolært skyllevæske/endotrakealt aspirat) brukt til galaktomannan-screening) brukes til Pentraxin 3 (PTX3), Aspergillus qPCR , og HPLC-ESI-FTICR-analyser. Resultatene vil bli rapportert til klinikere i varierende tidsrammer avhengig av senteret.

Størrelsen på kontrollgruppen og den eksperimentelle gruppen forventes å være omtrent like. Basert på de tidligere eksperimentelle og publiserte dataene, er den forventede AUC-verdien 0,8 for kraften til studiebegrensende laboratorieanalyse. For Ptx3 og qPCR Aspergillus vil en prøvestørrelse på 13 i hver gruppe være tilstrekkelig til å oppdage en signifikant forskjell, forutsatt en potens på 80 % og et tosidig signifikansnivå på 0,05. Den andre analysen som ble brukt i studien ville kreve bare 7 forsøkspersoner i hver gruppe basert på en gjennomsnittlig forskjell på 4303 og et estimert standardavvik på 2500 for å oppdage signifikante forskjeller forutsatt kraften på 80 %, et tosidig signifikansnivå på 0,05, og t-testen. Når en passende terskel brukes på den sistnevnte analysen, er den forventede AUC-verdien 0,99, noe som gjør at det minste nødvendige antallet forsøkspersoner blir 3 for hver studiegruppe. Etterforskerne forventer å registrere flere forsøkspersoner (opptil totalt 90) for å tillate en mulig variasjon av verdiene i gruppene. Statistisk analyse for kliniske prøver vil bli utført i R 4.0.2 ved bruk av standardbiblioteker for eksplorativ dataanalyse. Beskrivende statistikk vil bli rapportert i form av gjennomsnitt, median, standardavvik, standardfeil for gjennomsnittet og variasjonskoeffisient. Forskjeller i mannlig andel og alder vil bli evaluert ved å bruke Wilcoxons rangsum-test for lik varians. Prøvefrekvens vil bli sammenlignet med Fishers eksakte test. Normalfordelingen av dataene (alder og kjønn) vil bli testet ved hjelp av Shapiro-Wilk normalitetstesten. Hvis dataene ikke oppfyller normalitetskravet, vil den ikke-parametriske Kruskal-Wallis-testen bli fulgt av en post hoc parvis Wilcoxon signed-rank test for videre dataanalyse; for alle ovennevnte tester vil p <0,05 anses som statistisk signifikant. R library cutpointer estimerer den optimale grenseverdien, og ROC-karakteristikkene, spesifisiteten og sensitiviteten vil bli bestemt. Maksimer spline-, gam- og tapsestimater for metrikknøyaktighet og en sum av sensitivitet og spesifisitet, og kjerneestimat for Youden-indeksmetoder vil bli brukt for cut-off verdiestimater. Falsk-negative og falske positive rater vil bli beregnet som kontroller basert på sannsynlig IPA og ikke-IPA.

Pasienter med mistenkt IPA definert av tilstedeværelsen av vertsfaktorer, suggestiv avbildning og kliniske symptomer, i henhold til konsensusdefinisjonene fra 2008 fra European Organization for the Research and Treatment of Cancer / Mycoses Study Group Education and Research Consortium (EORTC/MSGERC) revidert i 2019, vil bli rekruttert i fem sykehussentre i Tsjekkia fra 1. juni 2023 til 31. desember 2025 (Kohort 1). Mykologiske og kliniske undersøkelser vil bli utført i henhold til de vanlige prosedyrene i hvert senter (bildediagnostikk, mykologisk dyrking, identifikasjon ved hjelp av mikroskopi og histopatologisk undersøkelse). Molekylær påvisning av hyfer gjenkjent i vevsprøver, BALF og/eller ETA vil bli utført ved bruk av Aspergillus kvantitativ PCR (qPCR). IPA-spesifikk akuttfase biomarkør PTX3 elevasjon vil bli analysert i BALF og/eller ETA og serum kommersielle PTX3 immunoassays. Massespektrometriidentifikasjon av spesifikke Aspergillus sideroforer TafC, TafB, Fc og sekundær metabolitt Gtx i vevsbiopsiene (hvis tilgjengelig), urin, BC (intubert pasient), BALF og/eller ETA vil bli utført ved bruk av HPLC/ESI-FTICR ( co-PI 1). Alle andre undersøkelser og behandlinger, inkludert behandling for aspergillose, vil være basert på standardene til hvert medsøkerteam i samsvar med prosedyrene definert i hvert senter. Befolkningskarakteristikker, kliniske og biologiske data, underliggende tilstander, medisinsk historie, biologi, bildediagnostikk, tid til diagnose og behandling vil bli samlet inn for hver pasient etter innmelding og registrert i hvert senter ved hjelp av en online Castor EDC (Castor's Decentralized Clinical Trials Platform, www. .castoredc.com). Rutinemessig påvisning av galaktomannan-antigen, 1,3-β-D-glukan, PTX3 og Aspergillus qPCR-analyse vil bli utført i samsvar med prosedyrene definert i meddeltaker Public Health Institute Ostrava og Det medisinske fakultet, University of Ostrava. HPLC/ESI-FTICR-analysen vil bli utført av Institutt for mikrobiologi, Vitenskapsakademiet i Tsjekkia i Praha. TafC-anriking ved affinitetsrensingskolonne vil bli utført av medsøker Universitetssykehuset Olomouc, og MS-analyser (HPLC/ESI-FTICR, ESI-FTICR og MALDI-TOF) vil bli utført av medsøker Institute of Microbiology, Academy of Sciences , Tsjekkia i Praha. Dagen for prøvetaking av den første histologiske eller positive mykologiske prøven vil bli definert som dag 0 (D0). Pasienter vil bli klassifisert ved måned 6 som å ha en mulig, sannsynlig eller påvist IPA i henhold til 2019 EORTC/MSGERC-kriteriene.