Ocena wielu biomarkerów białkowych i molekularnych w celu oszacowania ryzyka raka u pacjentek ginekologicznych zgłaszających się z masą miednicy. (EMBER)

Niniejsze badanie ma charakter eksploracyjny i ma na celu generowanie hipotez wspierających projektowanie przyszłych badań. Kobiety, u których zdiagnozowano guz w miednicy (jajnika, macicy, przestrzeni zaotrzewnowej itp.), u których zaplanowano biopsję pod kontrolą obrazowania, biopsję chirurgiczną lub wycięcie chirurgiczne w celu oceny masy miednicy. Szacuje się, że około 200 kobiet zostanie włączonych do oceny pierwszorzędowych i eksploracyjnych punktów końcowych. Włączenie do badania będzie kontynuowane powyżej 200 kobiet, jeśli będzie to konieczne, aby uzyskać co najmniej 50 ocenianych kobiet z histopatologicznie potwierdzonym nowotworem złośliwym, w tym nowotworem jajnika, jajowodu, otrzewnej, endometrium, szyjki macicy itp.

W ciągu 60 dni przed procedurą oceny masy miednicy każda pacjentka musi mieć wykonane badanie obrazowe miednicy (np. USG, tomografia komputerowa, rezonans magnetyczny itp.) przeprowadzone i odczytane w celu zobrazowania masy miednicy mniejszej zgodnie z obowiązującymi standardami postępowania. Wyniki badań obrazowych miednicy zostaną zapisane.

W ciągu 30 dni przed lub w dniu procedury oceny masy miednicy mniejszej należy pobrać do 35 ml krwi pełnej do jednej probówki SST o pojemności 5 ml, którą należy pobrać jako pierwszą, a następnie trzy oddzielne probówki o pojemności 10 ml z EDTA. Surowica z probówki SST zostanie użyta do badania biomarkerów białkowych. Krew z probówek z EDTA zostanie zebrana i przetworzona w systemie Parsortix™ w celu wychwytywania i pozyskiwania rzadkich komórek. Wychwycone rzadkie komórki zostaną eluowane (zebrane) i poddane lizie, a całkowity RNA zostanie wyekstrahowany z lizatu komórkowego w celu oceny wielu docelowych genów.

Biopsja pod kontrolą obrazowania, biopsja chirurgiczna lub wycięcie chirurgiczne w celu oceny masy miednicy zostaną wykonane przez wykwalifikowaną osobę. Próbki tkanek zostaną przesłane do lokalnego oddziału patologii w celu przeprowadzenia badania histologicznego zgodnie ze standardowymi praktykami instytucjonalnymi. Wyniki oceny histopatologicznej zostaną zapisane, w tym ostateczna diagnoza wraz z podtypem histologicznym i, jeśli to możliwe, stadium raka, w którym zidentyfikowano chorobę. Tam, gdzie to możliwe, reprezentatywne świeżo zamrożone próbki tkanek z masy miednicy zostaną uzyskane do celów badawczych w celu oceny tych samych docelowych genów mRNA, które zastosowano w zbiorach komórek.

Pacjenci zostaną uznani za ujemnych pod względem złośliwości:

• jeśli podmiot przechodzi operację i nie stwierdza się masy, lub;
• jeśli wyniki badań histopatologicznych są ujemne w kierunku złośliwości (tj. łagodne warunki).

Pacjenci zostaną uznani za pozytywnych pod kątem złośliwości:

• jeżeli badanie histologiczne tkanki pobranej w czasie biopsji lub zabiegu chirurgicznego potwierdzi obecność nowotworu złośliwego (tj. raka jajnika, pierwotnego raka otrzewnej, jajowodu, endometrium, macicy, szyjki macicy, raka przerzutowego itp.).

Do celów rekrutacji osoby, u których zdiagnozowano guzy o niskim potencjale złośliwości (LMP) / graniczne, zostaną uznane za łagodne (ujemne w kierunku złośliwości). Jednak zostaną przeprowadzone dwie oddzielne analizy końcowych danych z badania: jedna, w której osoby, u których zdiagnozowano guzy o niskim potencjale złośliwości (LMP) / guzy graniczne, zostaną sklasyfikowane jako negatywne w kierunku złośliwości, a druga, w której osoby te zostaną sklasyfikowane jako pozytywne w kierunku złośliwości.

W przypadku pacjentów, u których zdiagnozowano nowotwór złośliwy, przez okres do 5 lat od włączenia do badania przeprowadzany będzie co dwa lata przegląd dokumentacji medycznej w celu zebrania informacji dotyczących ich odpowiedzi na leczenie, wrażliwości i oporności na chemioterapię, czasu do nawrotu choroby, czasu do progresji i ogólnego przetrwanie.

Algorytm przewidywania łagodnej i złośliwej choroby zostanie skonstruowany na podstawie informacji klinicznych, biomarkerów surowicy i markerów mRNA. Można przeprowadzić dodatkowe analizy w ramach różnych podgrup diagnozy histopatologicznej i pomiędzy nimi. Selekcja zmiennych i konstrukcja algorytmu zostaną przeprowadzone przy użyciu różnych metod statystycznych, takich jak regresja logistyczna, grupowanie hierarchiczne, drzewa klasyfikacyjne i regresyjne (CART), ocena krzywej ROC, analiza wrażliwości/specyficzności, wykresy wizualne do wyznaczania progów itp. Dane wejściowe do oceny mogą obejmować zmienne ciągłe (np. wiek, wymiary jajnika i masy dominującej, wyniki biomarkerów w surowicy, poziomy ekspresji mRNA itp.), zmienne kategoryczne (np. grupy wiekowe, wyniki biomarkerów według zakresów, poziomy ekspresji mRNA według zakresów itp.) i/lub zmienne binarne (np. obecność lub brak określonych czynników ryzyka i/lub cech obrazowania, wiek powyżej lub poniżej określonego progu, stan menopauzy, wyniki biomarkerów powyżej lub poniżej określonego progu, poziomy ekspresji mRNA powyżej lub poniżej określonego progu itp.). Wartość progowa wynikowego algorytmu (algorytmów) umożliwiająca rozróżnienie między chorobą łagodną a złośliwą (lub jej podgrupą, taką jak wyłącznie pacjentki z nabłonkowym rakiem jajnika) zostanie wybrana w celu optymalizacji czułości przy ustalonej specyficzności (np. zmaksymalizować czułość przy minimalnym poziomie specyficzności >80%).

Po zakończeniu długoterminowego okresu obserwacji powiązanie danych klinicznych i markerów z odpowiedzią pacjenta na leczenie, wrażliwością i opornością na chemioterapię, czasem do nawrotu, czasem do progresji i całkowitym przeżyciem zostanie ocenione przy użyciu odpowiednich metod statystycznych ( np. tabele 2x2, analizy korelacji, regresja zagrożeń Coxa, wykresy Kaplana-Meiera itp.).