Průzkumná studie účinku subsalicylátu vizmutu na střevní mikrobiom a odezvu hostitele u zdravých dospělých

Experimentální: Intervenční

V této studii bude použita perorální suspenzní formulace BSS. Podává se samostatně v dávce 1050 mg 4krát denně (v odstupu 1 až 6 hodin) po dobu 2 dnů.

Lék: Subsalicylát vizmutu

BSS je běžně používaný, široce dostupný OTC lék na různé gastrointestinální symptomy. Je k dispozici v obecné formě, ale také pod známějšími značkami: Bismatrol; diotam; Geri-Pectate; Kao-Tin; Peptická úleva; Pepto-Bismol; Růžový vizmut a úleva žaludku. V roce 1939 byl schválen americkým Úřadem pro kontrolu potravin a léčiv (FDA).

Pro vyhodnocení účinku BSS na lidský střevní mikrobiom.

V kontextu analýzy střevního mikrobiomu tato míra představuje počet bakteriálních taxonů, které se významně liší mezi dvěma časovými body (výchozí stav a 28 dní po BSS) na základě počtu čtení, které představují abundanci taxonů.

Pro analýzu střevního mikrobiomu jsme použili shotgun metagenomické sekvenování. Sekvenovaná čtení byla namapována na referenční databázi a byla vypočtena abundanci počtu čtení pro každý taxon. Byla provedena statistická analýza k identifikaci počtu taxonů, které se významně liší mezi časovými body.

Vyhodnotit účinek BSS na lidský střevní mikrobiom.

Rozdíl v alfa diverzitě vzorků stolice podle Shannonova indexu v základním stavu (před podáním studijního léku) a 28 dní po BSS.

V kontextu analýzy střevního mikrobiomu Shannonův index představuje míru alfa diverzity (měřítko rozmanitosti mikrobiální komunity). Shannonův index je hodnota větší než 0, přičemž nižší hodnoty znamenají nižší rozmanitost a vyšší hodnoty znamenají vyšší rozmanitost, obecně mezi 1,5 a 3,5 a obvykle < 4,5. Pro vyhodnocení změn ve střevním mikrobiomu jsme porovnali průměrnou změnu Shannonova indexu v základním stavu a 28 dní po BSS. Bylo provedeno metagenomické sekvenování metodou shotgun a sekvenované čtení bylo namapováno na referenční databázi k identifikaci a kvantifikaci jedinečných taxonů přítomných v každém vzorku na základě počtu čtení. Statistická analýza pak byla použita k určení, zda existují významné rozdíly v Shannonově indexu mezi dvěma časovými body, což poskytuje vhled do posunů v mikrobiální rozmanitosti po podání BSS.

Vyhodnotit účinek BSS na lidský střevní mikrobiom.

Rozdíl beta diverzity ve vzorcích stolice na začátku studie (před podáním studijního léku) a 28 dní po podání BSS.

Beta diverzita označuje variaci v bakteriálním složení mezi vzorky, kterou jsme měřili pomocí Bray-Curtisova indexu dissimilarity. Bray-Curtisův index je široce používaná metrika pro kvantifikaci beta diverzity, která odráží míru dissimilarity mezi vzorky, a jeho rozsah je od 0 do 1, přičemž 0 znamená žádné rozdíly a 1 znamená zcela odlišné. Toto měření je klíčové pro pochopení změn v bakteriálním složení v čase.

Pro analýzu střevního mikrobiomu jsme použili shotgun metagenomické sekvenování. Sekvenované čtení bylo namapováno na referenční databázi a byla vypočítána abundance každého taxonu. Bray-Curtisův index dissimilarity byl následně vypočítán pomocí počtů čtení na druh na vzorek pro kvantifikaci rozdílů ve složení společenstva mezi vzorky na začátku studie a 28 dní po podání BSS.

Posoudit účinek BSS na lidský střevní metabolom.

V kontextu analýzy střevního metabolomu se počet diferencovaně hojných metabolitů vztahuje k počtu metabolitů, jejichž hladiny se výrazně liší mezi výchozím stavem a 28 dny po podání BSS. K určení tohoto počtu jsme provedli široce cílené metabolomické profilování vzorků stolice odebraných v obou časových bodech. Metabolity byly identifikovány a kvantifikovány a byly vypočítány významné změny v jejich hojnosti. Celkový počet diferencovaně hojných metabolitů poskytuje měřítko metabolických změn ve střevním prostředí po podání BSS.

Vyhodnotit vliv BSS na lidský střevní mikrobiom.

V kontextu analýzy střevního mikrobiomu tato míra představuje počet bakteriálních taxonů, které se významně liší mezi dvěma časovými body (výchozí stav a 2 dny po BSS) na základě počtu čtení, které představují početnost taxonů.

K analýze střevního mikrobiomu jsme použili metagenomické sekvenování metodou shotgun. Sekvenovaná čtení byla mapována na referenční databázi a byla vypočtena početnost každého taxonu na základě počtu čtení. Pro identifikaci počtu taxonů, které se významně liší mezi časovými body, byla provedena statistická analýza.

Vyhodnotit účinek BSS na lidský střevní mikrobiom.

Rozdíl v alfa diverzitě vzorků stolice podle Shannonova indexu na začátku studie (před podáním studijního léčiva) a 2 dny po podání BSS.

V kontextu analýzy střevního mikrobiomu představuje Shannonův index míru alfa diverzity (měření rozmanitosti mikrobiální komunity). Shannonův index je hodnota větší než 0, přičemž nižší hodnoty znamenají nižší diverzitu a vyšší hodnoty znamenají vyšší diverzitu, obecně mezi 1,5 a 3,5 a obvykle < 4,5. Pro vyhodnocení změn ve střevním mikrobiomu jsme porovnali průměrnou změnu Shannonova indexu na začátku studie a 2 dny po podání BSS. Bylo provedeno sekvenování metagenomu metodou shotgun a sekvenované čtení bylo namapováno na referenční databázi k identifikaci a kvantifikaci na základě počtu čtení unikátních taxonů přítomných v každém vzorku. Statistická analýza pak byla použita k určení, zda existují významné rozdíly v Shannonově indexu mezi dvěma časovými body, což poskytuje vhled do posunů v mikrobiální diverzitě po podání BSS.

Vyhodnotit účinek BSS na lidský střevní mikrobiom.

Beta diverzita označuje variaci bakteriálního složení mezi vzorky, kterou jsme měřili pomocí Bray-Curtisova indexu rozdílnosti. Bray-Curtis se používá ke kvantifikaci beta diverzity, odrážející míru rozdílnosti mezi vzorky, a jeho rozsah je od 0 do 1, přičemž 0 znamená žádné rozdíly a 1 znamená zcela odlišné. Toto měření je zásadní pro pochopení změn bakteriálního složení v čase.

Použili jsme shotgun metagenomické sekvenování k analýze střevního mikrobiomu. Sekvenované čtení bylo mapováno na referenční databázi a byla vypočtena abundance každého taxonu. Bray-Curtis byl poté vypočten pomocí počtů čtení na druh na vzorek pro kvantifikaci rozdílů ve složení komunity mezi vzorky na začátku a 2 dny po podání BSS. Rozdílnosti Bray-Curtis byly vypočteny mezi vzorky a vizualizovány pomocí analýzy hlavních souřadnic (PCoA); hodnoty podél druhé osy uspořádání (PCoA2) byly použity pro následnou analýzu.

Posoudit vliv BSS na lidský střevní metabolom.

V kontextu analýzy stolice metabolomu se počet diferencovaně hojných metabolitů týká počtu metabolitů, jejichž hladiny se významně liší mezi výchozím stavem a 2 dny po podání BSS. Pro stanovení tohoto počtu jsme provedli široce cílené metabolomické profilování vzorků stolice odebraných v obou časových bodech. Metabolity byly identifikovány a kvantifikovány a byly vypočítány významné změny v jejich hojnosti. Celkový počet diferencovaně hojných metabolitů poskytuje měřítko metabolických změn v prostředí střeva po podání BSS.