Ileaalinen Crohnin tauti ja leikkauksen jälkeiset tulokset: REMIND-ryhmän tuleva kohorttitutkimus (POP-REMIND)

Crohnin tauti on merkittävä terveysongelma, jolla on monimutkainen etiologia, ja saatavilla olevasta lääkehoidosta huolimatta potilaiden elämänlaatu on huono. Taudin karakterisointi molekyylitasolla mahdollistaa potilaiden hoidon paremman hallinnan. Tätä varten strategiana on integroida tarkat mahdolliset kliiniset tiedot laajaan biologiseen tietoon suuressa potilasjoukossa.

Kaikissa tutkimukseen osallistuvissa kliinisissä keskuksissa on potilaita tiiviissä yhteistyössä gastroenterologian ja kirurgian osastojen välillä. Demografiset ja kliiniset parametrit kerätään eCRF:ään.

Potilaiden mukaan ottaminen tehdään ennen suunniteltua ileocekaalista tai sykkyräsuolen resektiota sekä kelpoisuuskriteerien tarkistuksen ja suostumuslomakkeen allekirjoittamisen jälkeen. Leikkauksen aikana otetaan useita näytteitä: verinäytteitä, limakalvobiopsioita ja kirurgisia näytteitä. Tavanomaisen käytännön mukaisesti leikkauksen jälkeinen hoito määrätään tutkijan harkinnan mukaan ennalta laaditun algoritmin avulla. Sen jälkeen määrätään endoskooppinen tutkimus vähintään 6 kuukautta leikkauksen jälkeen tai vähintään 6 kuukautta suolen jatkuvuuden palauttamisen jälkeen, jos kyseessä on tilapäinen avanne. Tämän tutkimuksen aikana kerätään myös useita näytteitä (veri-, sykkyräsuolen ja paksusuolen biopsiat).

Samaan aikaan näiden kahden käynnin kanssa kliiniset tiedot sairaushistoriasta, CD-historiasta, leikkaushistoriasta, hoitohistoriasta, leikkauksen jälkeisestä hoidosta, jos määrätty, hoitohistoria leikkauksen ja kolonoskopian välillä 6 kuukautta myöhemmin, endoskooppinen pistemäärä. Kliiniset tiedot kerätään myös 18 kuukautta leikkauksen jälkeen tavanomaiseen tapaan järjestetyn aikataulun mukaisen käynnin aikana pitkäaikaista tutkimusta varten: Kliininen relapsi, leikkauksen uusiutuminen, hoidon muutos, sairaalahoidot ja komplikaatiot Potilas on saavuttanut tutkimuksen endoskooppisen tutkimuksen jälkeen.

Kohortin perustamisen yhteydessä tehdään useita tutkimuksia:

• Limakalvokudosten transkriptominen analyysit:
• Leikkauksen jälkeistä uusiutumista ennustavan molekyylisen allekirjoituksen tunnistaminen
• Sykkyräsuolen Crohnin taudin molekyyliluokitus
• Limakalvoon liittyvän mikrobiston tutkimus
• AIEC:n yhdistystutkimus
• Tutkimus anti-TNF-tehosta leikkauksen jälkeisen uusiutumisen ehkäisyssä
• Uusien biologisten aineiden tutkimus leikkauksen jälkeisen uusiutumisen hoidossa Kaikki biologiset näytteet säilytetään -80°C:ssa tai huoneenlämmössä näytteistä riippuen: Formol-putkiin kerätyt näytteet lähetetään välittömästi huoneenlämmössä keskuspatologian osasto Beaujonin sairaalassa, Pariisissa. Kaikki muut näytteet, joita säilytetään -80 °C:ssa, lähetetään keskusosastolle, Bio-Bank of Pasteur Hospitaliin, Nizzaan (3 kuukauden välein).

Näytteiden analyysit suoritetaan erityisissä tutkimuskeskuksissa: DNA- ja RNA-uutto transkriptioanalyysiä varten, Micobiota-analyysi, lipidianalyysi, AIEC-analyysi:

Histologiset analyysit: Kohortin potilaiden suolistokudoksen rakenteen ja tulehdustilan analyysi, erityisesti kirurgisten näytteiden sykkyräsuolen rajalla.

Molekyylibiologia: Koko genomin ilmentymisanalyysit suoritetaan käyttämällä mikrosirua, ja niitä seuraavat geeniontologia- ja klusterointianalyysit.

Mikrobiologia:

Adherent Invassive E.Coli (AIEC): AIEC-bakteerien etsintä suoritetaan viljelemällä ja tutkimalla adheesion, tunkeutumisen Int-407-soluihin ja eloonjäämisen ominaisuuksia THP-1-makrofageissa.

Mikrobiota: Sykkyräsuolen limakalvoon liittyvän mikrobiston bakteerikoostumus analysoidaan leikkauksen aikana käyttämällä 16S (MiSeq, Illumina) -sekvensointia. Saadut sekvenssit analysoidaan Qiime-putkilinjalla koostumuksen, alfa- ja beeta-monimuotoisuuden arvioimiseksi.

Immunologia:

Limakalvojen ja perifeeristen immuunisolujen fenotyyppi: Immuunisolut uutetaan verestä ja tuoreista limakalvokudoksista. Näiden solujen fenotyyppi analysoidaan sytometrialla.

T-soluvalikoima: Biopsioista uutetun DNA:n T-solureseptorianalyysi suoritetaan seuraavan sukupolven sekvensoinnilla (Adaptive Biotechnology Inc., Seattle, Washington, USA). Oletetaan, että näiden klonaalisten laajentumisten pysyvyys voisi liittyä spesifisten mikrobiantigeenien läsnäoloon.

Tietojen integrointi: Tavoitteena on ennustaa leikkauksen jälkeinen uusiutuminen M6:ssa. Kaikkien tietojoukkojen integrointi tutkii kykyä ennustaa leikkauksen jälkeinen uusiutuminen. Tämä mahdollistaa myös CD:n molekyyliluokituksen luomisen, joka on samanlainen kuin onkologian alalla jo saatavilla. Lisäksi yritetään löytää suoliston limakalvon säätelygeenejä ("keskittimiä") käyttämällä kausaalimalleja (Bayesian verkkoja) ja koekspressioverkkoja (WCGNA). Nämä havainnot voivat auttaa edistämään mahdollista innovatiivista hoitoa CD-taudin hoitoon.

Limakalvoon liittyvän transkription ja mikrobiomin vertaileva analyysi suoritetaan. Tämä voisi mahdollistaa bakteerien ja suoliston limakalvon välisten suhteiden selvittämisen ja bakteerien ja limakalvon dialogiin liittyvien reittien paljastamisen. Tiettyjen bakteeriryhmien ja useiden geenien aktivoitumisen välisiä korrelaatioita tarkastellaan. Ja geenejä, joilla tiedetään olevan rooli mikrobiomin ja limakalvon välisessä vuorovaikutuksessa, tutkitaan erityisesti (MUC, DEF, REG, NOD2, …).

Lopuksi, kun potilasgenotyypit ovat saatavilla, suoritetaan analyysi genomista yhdessä transkription kanssa sekä genotyypin, transkription ja mikrobiomin välisestä suhteesta.

Tämän analyysin pitäisi auttaa tunnistamaan tarkasti suoliston tulehdukseen liittyvät pääreitit, tutkimaan genetiikan roolia ja vaikutusta suoliston mikrobiomiin. Ja lopuksi korreloida nämä tulokset huolellisesti kuratoitujen kliinisten tietojen kanssa: uusiutuminen/remissio, leikkauksen jälkeinen uusiutuminen, leikkauksen jälkeisten hoitojen tehokkuus (anti-TNF-aineet, ustekinumabi).