Ilealer Morbus Crohn und postoperatives Ergebnis: Prospektive Kohortenstudie der REMIND-Gruppe (POP-REMIND)

Morbus Crohn ist ein großes Gesundheitsproblem mit einer komplexen Ätiologie, und trotz verfügbarer medizinischer Behandlung leiden die Patienten unter einer schlechten Lebensqualität. Die Charakterisierung der Krankheit auf molekularer Ebene wird ein besseres Management der Patientenbehandlung ermöglichen. Um dies zu erreichen, besteht die Strategie darin, präzise prospektive klinische Aufzeichnungen mit umfangreichen biologischen Daten in einer großen Patientenkohorte zu integrieren.

Alle klinischen Zentren, die an der Studie teilnehmen, schließen Patienten ein, mit einer engen Zusammenarbeit zwischen den Abteilungen für Gastroenterologie und Chirurgie. Demografische und klinische Parameter werden in einem eCRF erfasst.

Der Einschluss von Patienten erfolgt vor einer geplanten Ileozökalresektion oder Ileumresektion und nach Überprüfung der Eignungskriterien und Unterschrift der Einverständniserklärung. Während der Operation werden mehrere Proben entnommen: Blutproben, Schleimhautbiopsien und chirurgische Proben. Wie üblich wird die postoperative Behandlung nach Ermessen des Prüfarztes mit Hilfe eines vorab festgelegten Algorithmus verordnet. Dann ist eine endoskopische Untersuchung mindestens 6 Monate nach der Operation oder mindestens 6 Monate nach Wiederherstellung der Darmkontinuität im Falle eines temporären Stoma geplant. Bei dieser Untersuchung werden auch mehrere Proben entnommen (Blut-, Ileum- und Dickdarmbiopsien).

Gleichzeitig mit diesen 2 Besuchen klinische Daten zur Krankengeschichte, CD-Geschichte, Operationsgeschichte, Behandlungsgeschichte, postoperative Behandlung, falls verordnet, Behandlungsgeschichte zwischen Operation und Koloskopie 6 Monate später, endoskopischer Score. Klinische Daten werden auch 18 Monate nach der Operation während eines planmäßigen Besuchs, der wie üblich organisiert ist, für Langzeitstudien erhoben: Klinischer Rückfall, chirurgischer Rückfall, Änderung der Therapie, Krankenhausaufenthalte und Komplikationen Ein Patient hat die Studie nach der endoskopischen Untersuchung erreicht.

Mehrere Studien werden entlang der Kohorteneinrichtung durchgeführt:

• Transkriptomische Analysen von Schleimhautgeweben:
• Identifizierung einer molekularen Signatur, die ein postoperatives Wiederauftreten vorhersagt
• Molekulare Klassifikation des ilealen Morbus Crohn
• Untersuchung der Schleimhaut-assoziierten Mikrobiota
• Verbandsstudie der AIEC
• Studie zur Anti-TNF-Wirksamkeit in der postoperativen Rezidivprävention
• Untersuchung neuer Biologika bei der Behandlung postoperativer Rezidive Alle biologischen Proben werden vor Ort bei -80 °C oder bei Raumtemperatur gelagert, je nach Proben: Proben, die in Formol-Röhrchen gesammelt werden, werden sofort bei Raumtemperatur an gesendet die zentrale Pathologieabteilung im Krankenhaus Beaujon, Paris. Alle anderen Proben, die bei –80°C gelagert werden, werden an eine zentrale Abteilung, die Bio-Bank des Krankenhauses Pasteur, Nizza, geschickt (alle 3 Monate).

Probenanalysen werden von speziellen Forschungszentren durchgeführt: DNA- und RNA-Extraktion für die Transkriptomanalyse, Micobiota-Analyse, Lipidanalyse, AIEC-Analyse:

Histologische Analysen: Analyse der Struktur und des Entzündungsstatus des Darmgewebes von Patienten der Kohorte, insbesondere an der Ileumgrenze der Operationspräparate.

Molekularbiologie: Expressionsanalysen des gesamten Genoms werden unter Verwendung von Mikroarrays durchgeführt, gefolgt von Gen-Ontologie und Clustering-Analysen.

Mikrobiologie:

Adhärente invasive E.Coli (AIEC): Die Suche nach AIEC-Bakterien erfolgt durch Kultivierung und Untersuchung der Eigenschaften der Adhäsion, Invasion in Int-407-Zellen und Überleben in THP-1-Makrophagen.

Mikrobiota: Die bakterielle Zusammensetzung der mit der Ileumschleimhaut assoziierten Mikrobiota wird zum Zeitpunkt der Operation mithilfe der 16S-Sequenzierung (MiSeq, Illumina) analysiert. Die erhaltenen Sequenzen werden unter Verwendung der Qiime-Pipeline analysiert, um Zusammensetzung, Alpha- und Beta-Diversität zu bewerten.

Immunologie:

Phänotyp von Schleimhaut- und peripheren Immunzellen: Immunzellen werden aus Blut und frischem Schleimhautgewebe gewonnen. Der Phänotyp dieser Zellen wird durch Zytometrie analysiert.

T-Zell-Repertoire: Die T-Zell-Rezeptor-Analyse an aus Biopsien extrahierter DNA wird durch Sequenzierung der nächsten Generation (Adaptive Biotechnology Inc., Seattle, Washington, USA) durchgeführt. Es wird die Hypothese aufgestellt, dass die Persistenz dieser klonalen Expansionen mit dem Vorhandensein spezifischer mikrobieller Antigene in Verbindung gebracht werden könnte.

Datenintegration: Das Ziel ist die Vorhersage eines postoperativen Rezidivs bei M6. Die Integration aller Datensätze wird die Fähigkeit untersuchen, ein postoperatives Wiederauftreten vorherzusagen. Dies wird es auch ermöglichen, eine molekulare Klassifikation von Zöliakie zu erstellen, ähnlich wie sie bereits auf dem Gebiet der Onkologie verfügbar ist. Außerdem soll versucht werden, regulatorische Gene der Darmschleimhaut („Hubs“) zu finden, indem Kausalmodelle (Bayesian Networks) und Koexpressionsnetzwerke (WCGNA) verwendet werden. Diese Ergebnisse könnten dazu beitragen, potenzielle innovative Therapien für die Behandlung von Zöliakie voranzutreiben.

Die vergleichende Analyse des Schleimhaut-assoziierten Transkriptoms und Mikrobioms wird durchgeführt. Dies könnte es ermöglichen, die Beziehungen zwischen Bakterien und der Darmschleimhaut aufzuklären und Wege aufzudecken, die am Bakterien-Schleimhaut-Dialog beteiligt sind. Die Zusammenhänge zwischen bestimmten Bakteriengruppen und der Aktivierung einiger Gene werden untersucht. Und Gene, von denen bekannt ist, dass sie eine Rolle bei der Interaktion zwischen dem Mikrobiom und der Schleimhaut spielen, werden gezielt untersucht (MUC, DEF, REG, NOD2, …).

Sobald die Genotypen der Patienten vorliegen, wird schließlich eine Analyse des Genoms zusammen mit dem Transkriptom und der Beziehung zwischen Genotyp, Transkriptom und Mikrobiom durchgeführt.

Diese Analyse sollte dazu beitragen, die wichtigsten Wege, die an Darmentzündungen beteiligt sind, zuverlässig zu identifizieren, die Rolle der Genetik und die Auswirkungen auf das Darmmikrobiom zu untersuchen. Und schließlich diese Ergebnisse mit sorgfältig kuratierten klinischen Daten zu korrelieren: Rückfall/Remission, postoperatives Rezidiv, Wirksamkeit postoperativer Therapien (Anti-TNF-Mittel, Ustekinumab).