Enfermedad de Crohn ileal y resultado postoperatorio: estudio de cohorte prospectivo del grupo REMIND (POP-REMIND)

La enfermedad de Crohn es un problema de salud importante con una etiología compleja y, a pesar del tratamiento médico disponible, los pacientes soportan una mala calidad de vida. La caracterización de la enfermedad a nivel molecular permitirá un mejor manejo del tratamiento de los pacientes. Para ello, la estrategia es integrar registros clínicos prospectivos precisos con datos biológicos extensos en una gran cohorte de pacientes.

Todos los centros clínicos que participan en el estudio incluyen pacientes, con una estrecha colaboración entre los departamentos de Gastroenterología y Cirugía. Los parámetros demográficos y clínicos se recopilan en un eCRF.

La inclusión de los pacientes se realiza antes de una resección ileocecal o resección ileal programada y después de verificar los criterios de elegibilidad y la firma del formulario de consentimiento. Durante la cirugía, se recolectan varias muestras: muestras de sangre, biopsias de mucosas y especímenes quirúrgicos. Como práctica habitual, el tratamiento postoperatorio se prescribirá a criterio del investigador, con la ayuda de un algoritmo preestablecido. Luego, se programa un examen endoscópico, al menos 6 meses después de la cirugía, o al menos 6 meses después de la restauración de la continuidad del intestino, en caso de estoma temporal. Durante este examen también se recolectan varias muestras (biopsias de sangre, íleon y colon).

Paralelamente a estas 2 visitas, datos clínicos de antecedentes médicos, antecedentes de EC, antecedentes quirúrgicos, antecedentes de tratamientos, tratamiento postoperatorio si se prescribe, antecedentes de tratamientos entre cirugía y colonoscopia a los 6 meses, puntaje endoscópico. También se recogen datos clínicos 18 meses después de la cirugía durante una visita programada organizada como práctica habitual, para estudio a largo plazo: Recaída clínica, recidiva quirúrgica, cambio en la terapia, hospitalizaciones y complicaciones. Un paciente ha logrado el estudio después del examen endoscópico.

Se realizarán varios estudios a lo largo de la configuración de la cohorte:

• Análisis transcriptómicos de tejidos mucosos:
• Identificación de una firma molecular predictiva de recurrencia postoperatoria
• Clasificación molecular de la enfermedad de Crohn ileal
• Estudio de la microbiota asociada a mucosas
• Estudio de asociación de AIEC
• Estudio de eficacia anti-TNF en prevención de recurrencias postoperatorias
• Estudio de nuevos biológicos en el tratamiento de la recurrencia postoperatoria Todas las muestras biológicas se almacenan en sitios a -80°C, o a temperatura ambiente dependiendo de las muestras: Las muestras recolectadas en tubos de formol, se envían inmediatamente, a temperatura ambiente, a el departamento central de patología en el Hospital Beaujon, París. Todas las demás muestras, almacenadas a -80°C, se envían a un departamento central, el Biobanco del Hospital Pasteur de Niza (cada 3 meses).

Los análisis de muestras son realizados por centros de investigación dedicados: extracción de ADN y ARN para análisis de transcriptoma, análisis de micobiota, análisis de lípidos, análisis AIEC:

Análisis histológicos: Análisis de la estructura y estado inflamatorio del tejido intestinal de los pacientes de la cohorte, particularmente en el límite ileal de las piezas quirúrgicas.

Biología molecular: los análisis de expresión del genoma completo se realizan mediante microarrays y, a continuación, se realizan análisis de agrupamiento y ontología génica.

Microbiología:

E. coli invasiva adherente (AIEC): La búsqueda de bacterias AIEC se lleva a cabo cultivando e investigando las características de adhesión, invasión en células Int-407 y supervivencia dentro de los macrófagos THP-1.

Microbiota: la composición bacteriana de la microbiota asociada a la mucosa ileal se analiza en el momento de la cirugía mediante secuenciación 16S (MiSeq, Illumina). Las secuencias obtenidas se analizan utilizando la canalización Qiime para evaluar la composición, la diversidad alfa y beta.

Inmunología:

Fenotipo de las células inmunitarias periféricas y de la mucosa: las células inmunitarias se extraen de la sangre y de los tejidos mucosos frescos. El fenotipo de estas células se analiza por citometría.

Repertorio de células T: el análisis de receptores de células T en el ADN extraído de biopsias se realiza mediante secuenciación de próxima generación (Adaptive Biotechnology Inc., Seattle, Washington, EE. UU.). Se plantea la hipótesis de que la persistencia de estas expansiones clonales podría estar relacionada con la presencia de antígenos microbianos específicos.

Integración de datos: el objetivo es predecir la recurrencia postoperatoria en M6. La integración de todos los conjuntos de datos explorará la capacidad de predecir la recurrencia posoperatoria. Esto también permitirá establecer una clasificación molecular de la EC, similar a la que ya está disponible en el campo de la oncología. También se intentará encontrar genes reguladores de la mucosa intestinal ("hubs"), utilizando modelos causales (redes bayesianas) y redes de coexpresión (WCGNA). Estos hallazgos podrían ayudar a impulsar una posible terapia innovadora para el tratamiento de la EC.

Se realizará el análisis comparativo del transcriptoma y el microbioma asociado a la mucosa. Esto podría permitir dilucidar las relaciones entre las bacterias y la mucosa intestinal, y descubrir vías implicadas en el diálogo bacteria-mucosa. Se observarán las correlaciones entre ciertos grupos de bacterias y la activación de una serie de genes. Y se estudiarán específicamente los genes que se sabe que juegan un papel en la interacción entre el microbioma y la mucosa (MUC, DEF, REG, NOD2,…).

Por último, una vez que se disponga de los genotipos de los pacientes, se realizará un análisis del genoma junto con el transcriptoma y la relación entre genotipo, transcriptoma y microbioma.

Este análisis debería ayudar a identificar de manera sólida las principales vías involucradas en la inflamación intestinal, estudiar el papel que desempeña la genética y el impacto en el microbioma intestinal. Y, finalmente, correlacionar estos resultados con datos clínicos seleccionados cuidadosamente: recaída/remisión, recurrencia posoperatoria, eficacia de las terapias posoperatorias (agentes anti TNF, ustekinumab).