회장 크론병과 수술 후 결과: REMIND 그룹의 전향적 코호트 연구 (POP-REMIND)

크론병은 복잡한 병인을 가진 주요 건강 문제이며 이용 가능한 의학적 치료에도 불구하고 환자는 열악한 삶의 질을 견뎌냅니다. 분자 수준에서 질병의 특성화는 환자 치료의 더 나은 관리를 가능하게 할 것입니다. 이를 위해 전략은 정확한 전향적 임상 기록을 대규모 환자 집단의 광범위한 생물학적 데이터와 통합하는 것입니다.

연구에 참여하는 모든 임상 센터에는 위장병학과와 외과 부서 간의 긴밀한 협력을 통해 환자가 포함됩니다. 인구 통계 및 임상 매개변수는 eCRF에서 수집됩니다.

환자의 포함은 예정된 회맹 절제술 또는 회장 절제술 전, 적격성 기준 확인 및 동의서 서명 후에 수행됩니다. 수술 중 혈액 샘플, 점막 생검, 수술 표본 등 여러 샘플을 수집합니다. 통상적인 관행과 같이, 수술 후 치료는 미리 확립된 알고리즘의 도움으로 연구자의 재량에 따라 처방될 것입니다. 그런 다음 임시 장루의 경우 수술 후 최소 6개월, 장 연속성 복원 후 최소 6개월 후에 내시경 검사를 예약합니다. 이 검사 중에 여러 샘플도 수집됩니다(혈액, 회장 및 결장 생검).

이 2회 방문과 동시에 병력, CD 병력, 수술 병력, 치료 병력, 처방된 경우 수술 후 치료, 6개월 후 수술과 대장내시경 사이의 치료 병력, 내시경 점수에 관한 임상 데이터. 장기 연구를 위해 수술 후 18개월 동안 정기적으로 조직된 예정된 방문 중에 임상 데이터를 수집합니다. 임상 재발, 수술 재발, 요법 변경, 입원 및 합병증 환자는 내시경 검사 후 연구를 달성했습니다.

코호트 설정에 따라 여러 연구가 수행됩니다.

• 점막 조직의 전사체 분석:
• 수술 후 재발을 예측하는 분자 시그니처 식별
• 회장 크론병의 분자 분류
• 점막 관련 미생물 연구
• AIEC 협회 연구
• 수술 후 재발 방지에 대한 항TNF 효능 연구
• 수술 후 재발 치료를 위한 새로운 생물학적 제제 연구 모든 생물학적 시료는 시료에 따라 -80°C 또는 실온에서 보관 : Formol 튜브에 채취된 시료는 즉시 실온에서 파리 보종 병원의 중앙 병리과. -80°C에 보관된 다른 모든 샘플은 니스 파스퇴르 병원의 중앙 부서인 Bio-Bank로 보내집니다(3개월마다).

전사체 분석을 위한 DNA, RNA 추출, Micobiota 분석, Lipids 분석, AIEC 분석 등 전담 연구소에서 시료 분석을 수행합니다.

조직학적 분석: 코호트 환자의 장 조직의 구조 및 염증 상태 분석, 특히 수술 표본의 회장 한계에서.

분자 생물학: 마이크로어레이를 사용하여 전체 게놈 발현 분석을 수행한 다음 유전자 온톨로지 및 클러스터링 분석을 수행합니다.

미생물학:

Adherent Invasive E.Coli (AIEC): THP-1 대식세포 내에서 부착, Int-407 세포의 침입 및 생존 특성을 배양하고 조사하여 AIEC 박테리아를 탐색합니다.

미생물총: 회장 점막 관련 미생물총의 세균 조성은 16S(MiSeq, Illumina) 시퀀싱을 사용하여 수술 시에 분석됩니다. 얻은 시퀀스는 Qiime 파이프라인을 사용하여 분석되어 구성, 알파 및 베타 다양성을 평가합니다.

면역학:

점막 및 말초 면역 세포의 표현형: 면역 세포는 혈액 및 신선한 점막 조직에서 추출됩니다. 이들 세포의 표현형은 세포 계측법에 의해 분석됩니다.

T 세포 레퍼토리: 생검에서 추출한 DNA에 대한 T 세포 수용체 분석은 차세대 시퀀싱(Adaptive Biotechnology Inc., 미국 워싱턴주 시애틀)에 의해 수행됩니다. 이러한 클론 확장의 지속성은 특정 미생물 항원의 존재와 연결될 수 있다는 가설이 있습니다.

데이터 통합: 목표는 M6에서 수술 후 재발을 예측하는 것입니다. 모든 데이터 세트의 통합은 수술 후 재발을 예측하는 기능을 탐색합니다. 이것은 또한 종양학 분야에서 이미 이용 가능한 것과 유사한 CD의 분자 분류를 확립할 수 있게 할 것입니다. 또한 인과 모델(Bayesian 네트워크) 및 공동 발현 네트워크(WCGNA)를 사용하여 장 점막("허브")의 조절 유전자를 찾으려고 시도할 것입니다. 이러한 발견은 CD 치료를 위한 잠재적인 혁신적인 치료법을 추진하는 데 도움이 될 수 있습니다.

점막 관련 transcriptome과 microbiome의 비교 분석이 수행됩니다. 이를 통해 박테리아와 장 점막 사이의 관계를 밝히고 박테리아-점막 대화에 관련된 경로를 밝힐 수 있습니다. 박테리아의 특정 그룹과 여러 유전자의 활성화 사이의 상관관계를 살펴볼 것입니다. 그리고 마이크로바이옴과 점막 사이의 상호작용에 역할을 하는 것으로 알려진 유전자가 구체적으로 연구될 것입니다(MUC, DEF, REG, NOD2, …).

마지막으로, 환자 유전자형을 사용할 수 있게 되면 전사체와 함께 게놈을 분석하고 유전자형, 전사체 및 마이크로바이옴 간의 관계를 분석합니다.

이 분석은 장 염증과 관련된 주요 경로를 확실하게 식별하고 유전학의 역할과 장내 미생물군집에 미치는 영향을 연구하는 데 도움이 될 것입니다. 그리고 마지막으로 이러한 결과를 신중하게 선별된 임상 데이터와 연관시킵니다: 재발/완화, 수술 후 재발, 수술 후 요법(항TNF 제제, 우스테키누맙)의 효능.