Ziekte van Crohn in het ileum en postoperatief resultaat: prospectieve cohortstudie van de REMIND-groep (POP-REMIND)

De ziekte van Crohn is een groot gezondheidsprobleem met een complexe etiologie en ondanks de beschikbare medische behandeling hebben patiënten een slechte kwaliteit van leven. De karakterisering van de ziekte op moleculair niveau zal een beter beheer van de behandeling van de patiënt mogelijk maken. Om dit te doen, is de strategie om nauwkeurige prospectieve klinische dossiers te integreren met uitgebreide biologische gegevens in een groot cohort van patiënten.

Alle klinische centra die aan de studie deelnemen, omvatten patiënten, met een nauwe samenwerking tussen de afdelingen Gastro-enterologie en Chirurgie. Demografische gegevens en klinische parameters worden verzameld in een eCRF.

Inclusie van patiënten wordt uitgevoerd, vóór een geplande ileocoecale resectie of ileale resectie, en na controle van de geschiktheidscriteria en ondertekening van het toestemmingsformulier. Tijdens de operatie worden verschillende monsters verzameld: bloedmonsters, mucosale biopsieën en chirurgische monsters. Zoals gebruikelijk zal postoperatieve behandeling worden voorgeschreven naar goeddunken van de onderzoeker, met behulp van een vooraf vastgesteld algoritme. Vervolgens wordt een endoscopisch onderzoek gepland, minimaal 6 maanden na de operatie, of minimaal 6 maanden na herstel van de darmcontinuïteit, in geval van een tijdelijke stoma. Tijdens dit onderzoek worden ook verschillende monsters genomen (bloed-, ileum- en colonbiopten).

Gelijktijdig met deze 2 bezoeken, klinische gegevens met betrekking tot medische geschiedenis, coeliakie-geschiedenis, chirurgische geschiedenis, behandelingsgeschiedenis, postoperatieve behandeling indien voorgeschreven, behandelingsgeschiedenis tussen operatie en colonoscopie 6 maanden later, endoscopische score. Klinische gegevens worden ook 18 maanden na de operatie verzameld tijdens een gepland bezoek dat zoals gewoonlijk wordt georganiseerd, voor langdurig onderzoek: Klinische recidief, chirurgisch recidief, verandering in de therapie, ziekenhuisopnames en complicaties. Een patiënt heeft de studie doorstaan ​​na het endoscopisch onderzoek.

Tijdens de cohortopstelling zullen verschillende onderzoeken worden uitgevoerd:

• Transcriptomische analyses van slijmvliesweefsels:
• Identificatie van een moleculaire handtekening die voorspellend is voor postoperatief recidief
• Moleculaire classificatie van de ziekte van Crohn in het ileum
• Studie van de mucosa-geassocieerde microbiota
• Studie van associatie van AIEC
• Onderzoek naar de werkzaamheid van anti-TNF bij de preventie van postoperatieve recidieven
• Studie van nieuwe biologische geneesmiddelen bij de behandeling van postoperatief recidief Alle biologische monsters worden bewaard op plaatsen bij -80°C of bij kamertemperatuur, afhankelijk van de monsters: Monsters die zijn verzameld in Formol-buisjes, worden onmiddellijk bij kamertemperatuur verzonden naar de centrale pathologieafdeling in het Beaujon-ziekenhuis, Parijs. Alle andere monsters, bewaard bij -80°C, worden naar een centrale afdeling gestuurd, de Bio-Bank van het Pasteur-ziekenhuis, Nice (elke 3 maanden).

Monsteranalyses worden uitgevoerd door gespecialiseerde onderzoekscentra: DNA- en RNA-extractie voor transcriptoomanalyse, Micobiota-analyse, Lipidenanalyse, AIEC-analyse:

Histologische analyses: analyse van de structuur en ontstekingsstatus van darmweefsel van patiënten van het cohort, met name aan de ileumgrens van de chirurgische monsters.

Moleculaire biologie: Hele genoomexpressieanalyses worden uitgevoerd met behulp van microarray en gevolgd door genontologie en clusteranalyses.

Microbiologie:

Adherent Invasive E.Coli (AIEC): De zoektocht naar AIEC-bacteriën wordt uitgevoerd door het kweken en onderzoeken van de kenmerken van adhesie, invasie in Int-407-cellen en overleving in THP-1-macrofagen.

Microbiota: Bacteriële samenstelling van de met ileale mucosa geassocieerde microbiota wordt geanalyseerd op het moment van de operatie met behulp van 16S (MiSeq, Illumina) sequencing. De verkregen sequenties worden geanalyseerd met behulp van de Qiime-pijplijn om samenstelling, alfa- en bèta-diversiteit te beoordelen.

Immunologie:

Fenotype van mucosale en perifere immuuncellen: Immuuncellen worden gewonnen uit bloed en vers slijmvliesweefsel. Het fenotype van deze cellen wordt geanalyseerd door cytometrie.

T-celrepertoire: T-celreceptoranalyse op DNA geëxtraheerd uit biopsieën wordt uitgevoerd door sequencing van de volgende generatie (Adaptive Biotechnology Inc., Seattle, Washington, VS). Er wordt verondersteld dat de persistentie van deze klonale expansies kan worden gekoppeld aan de aanwezigheid van specifieke microbiële antigenen.

Gegevensintegratie: het doel is om postoperatief recidief op M6 te voorspellen. Integratie van alle datasets zal de mogelijkheid onderzoeken om postoperatief recidief te voorspellen. Dit zal het ook mogelijk maken om een ​​moleculaire classificatie van CD vast te stellen, vergelijkbaar met wat al beschikbaar is in de oncologie. Er zal ook getracht worden regulerende genen van het darmslijmvlies ("hubs") te vinden, met behulp van causale modellen (Bayesiaanse netwerken) en co-expressienetwerken (WCGNA). Deze bevindingen zouden kunnen helpen bij het stimuleren van potentiële innovatieve therapie voor de behandeling van CD.

De vergelijkende analyse van het mucosa-geassocieerde transcriptoom en microbioom zal worden uitgevoerd. Dit zou het mogelijk kunnen maken om de relaties tussen bacteriën en het darmslijmvlies op te helderen, en om paden te ontdekken die betrokken zijn bij de dialoog tussen bacteriën en slijmvliezen. Er wordt gekeken naar de correlaties tussen bepaalde groepen bacteriën en de activatie van een aantal genen. En genen waarvan bekend is dat ze een rol spelen in de interactie tussen het microbioom en het slijmvlies zullen specifiek bestudeerd worden (MUC, DEF, REG, NOD2, …).

Ten slotte zal, zodra de genotypen van de patiënt beschikbaar zijn, een analyse van het genoom samen met het transcriptoom en de relatie tussen genotype, transcriptoom en microbioom worden uitgevoerd.

Deze analyse zou moeten helpen om de belangrijkste routes die betrokken zijn bij darmontsteking robuust te identificeren, de rol van genetica en de impact op het darmmicrobioom te bestuderen. En ten slotte om deze resultaten te correleren met zorgvuldig samengestelde klinische gegevens: terugval/remissie, postoperatief recidief, werkzaamheid van postoperatieve therapieën (anti-TNF-middelen, ustekinumab).