Maladie de Crohn iléale et résultats postopératoires : étude de cohorte prospective du groupe REMIND (POP-REMIND)

La maladie de Crohn est un problème de santé majeur avec une étiologie complexe et malgré les traitements médicaux disponibles, les patients souffrent d'une mauvaise qualité de vie. La caractérisation de la maladie au niveau moléculaire permettra une meilleure gestion du traitement des patients. Pour ce faire, la stratégie consiste à intégrer des dossiers cliniques prospectifs précis à des données biologiques complètes sur une large cohorte de patients.

Tous les centres cliniques, participant à l'étude, incluent des patients, avec une collaboration étroite entre les services de gastro-entérologie et de chirurgie. Les paramètres démographiques et cliniques sont recueillis dans un eCRF.

L'inclusion des patients est réalisée, avant une résection iléocæcale ou résection iléale programmée, et après vérification des critères d'éligibilité et signature du formulaire de consentement. Lors d'une intervention chirurgicale, plusieurs prélèvements sont effectués : prélèvements sanguins, biopsies muqueuses et pièces opératoires. Comme d'habitude, le traitement post-opératoire sera prescrit à la discrétion de l'investigateur, à l'aide d'un algorithme préétabli. Ensuite, un examen endoscopique est programmé, au moins 6 mois après la chirurgie, ou au moins 6 mois après la restauration de la continuité intestinale, en cas de stomie temporaire. Plusieurs échantillons sont également prélevés lors de cet examen (biopsies sanguines, iléales et coliques).

En même temps que ces 2 visites, données cliniques concernant les antécédents médicaux, les antécédents de MC, les antécédents chirurgicaux, les antécédents de traitements, les traitements post-opératoires si prescrits, les antécédents de traitements entre la chirurgie et la coloscopie 6 mois plus tard, le score endoscopique. Les données cliniques sont également recueillies 18 mois après l'intervention lors d'une visite programmée organisée comme en pratique habituelle, pour une étude au long cours : rechute clinique, récidive chirurgicale, changement de traitement, hospitalisations et complications Un patient a réalisé l'étude après l'examen endoscopique.

Plusieurs études seront réalisées tout au long de la mise en place de la cohorte :

• Analyses transcriptomiques des tissus muqueux :
• Identification d'une signature moléculaire prédictive de récidive post-opératoire
• Classification moléculaire de la maladie de Crohn iléale
• Étude du microbiote associé aux muqueuses
• Etude d'association de l'AIEC
• Etude de l'efficacité des anti-TNF dans la prévention des récidives post-opératoires
• Etude de nouveaux biologiques dans le traitement des récidives post-opératoires Tous les échantillons biologiques sont conservés sur sites à -80°C, ou à température ambiante selon les prélèvements : Les échantillons prélevés dans des tubes de Formol, sont envoyés immédiatement, à température ambiante, à le service central d'anatomo-pathologie de l'hôpital Beaujon à Paris. Tous les autres échantillons, conservés à -80°C, sont envoyés à un service central, la Bio-Banque de l'Hôpital Pasteur de Nice (tous les 3 mois).

Les analyses d'échantillons sont réalisées par des centres de recherche dédiés : Extraction d'ADN et d'ARN pour l'analyse du transcriptome, Analyse du Micobiote, Analyse des Lipides, Analyse AIEC :

Analyses histologiques : Analyse de la structure et de l'état inflammatoire du tissu intestinal des patients de la cohorte, notamment à la limite iléale des pièces opératoires.

Biologie moléculaire : Des analyses d'expression du génome entier sont effectuées à l'aide de puces à ADN et suivies d'analyses d'ontologie génétique et de regroupement.

Microbiologie:

Adherent Invasive E.Coli (AIEC): La recherche de bactéries AIEC est effectuée en cultivant et en étudiant les caractéristiques d'adhésion, d'invasion dans les cellules Int-407 et de survie dans les macrophages THP-1.

Microbiote : La composition bactérienne du microbiote associé à la muqueuse iléale est analysée au moment de la chirurgie à l'aide du séquençage 16S (MiSeq, Illumina). Les séquences obtenues sont analysées à l'aide du pipeline Qiime pour évaluer la composition, la diversité alpha et bêta.

Immunologie:

Phénotype des cellules immunitaires muqueuses et périphériques : Les cellules immunitaires sont extraites du sang et des tissus muqueux frais. Le phénotype de ces cellules est analysé par cytométrie.

Répertoire des lymphocytes T : L'analyse des récepteurs des lymphocytes T sur l'ADN extrait de biopsies est réalisée par séquençage de nouvelle génération (Adaptive Biotechnology Inc., Seattle, Washington, USA). On émet l'hypothèse que la persistance de ces expansions clonales pourrait être liée à la présence d'antigènes microbiens spécifiques.

Intégration de données : L'objectif est de prédire la récidive post-opératoire à M6. L'intégration de tous les ensembles de données permettra d'explorer la capacité de prédire la récidive postopératoire. Cela permettra également d'établir une classification moléculaire des MC, similaire à ce qui est déjà disponible dans le domaine de l'oncologie. On tentera également de trouver des gènes régulateurs de la muqueuse intestinale ("hubs"), en utilisant des modèles causaux (réseaux bayésiens) et des réseaux de co-expression (WCGNA). Ces découvertes pourraient aider à conduire une thérapie innovante potentielle pour le traitement de la MC.

L'analyse comparative du transcriptome et du microbiome associés à la muqueuse sera effectuée. Cela pourrait permettre d'élucider les relations entre les bactéries et la muqueuse intestinale, et de découvrir les voies impliquées dans le dialogue bactéries-muqueuse. Les corrélations entre certains groupes de bactéries et l'activation de plusieurs gènes seront étudiées. Et les gènes connus pour jouer un rôle dans l'interaction entre le microbiome et la muqueuse seront spécifiquement étudiés (MUC, DEF, REG, NOD2, …).

Enfin, une fois les génotypes des patients disponibles, une analyse du génome avec le transcriptome et la relation entre génotype, transcriptome et microbiome seront effectuées.

Cette analyse devrait permettre d'identifier de manière robuste les principales voies impliquées dans l'inflammation intestinale, d'étudier le rôle joué par la génétique et l'impact sur le microbiome intestinal. Et enfin de corréler ces résultats avec des données cliniques soigneusement sélectionnées : rechute/rémission, récidive post-opératoire, efficacité des thérapies post-opératoires (agents anti-TNF, ustekinumab).