Diagnostic moléculaire des infections bactériennes et de la résistance aux antibiotiques dans les échantillons de sang et les écouvillons rectaux à l'aide de méthodes avancées de séquençage NGS (ARES_NGS)
Aperçu de l'étude
Statut
Statut
Les conditions
Les conditions
Intervention / Traitement
Intervention / Traitement
Type d'étude
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Inscription
Phase
Phase
- N'est pas applicable
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
-
-
Verona
-
Negrar, Verona, Italie, 37024
- Recrutement
- IRCCS Sacro Cuore Don Calabria hospital
-
Contact:
- Elena Pomari
- Numéro de téléphone: +390456013111
- E-mail: elena.pomari@sacrocuore.it
-
Chercheur principal:
- Elena Pomari
-
Sous-enquêteur:
- Pierantonio Orza
-
Sous-enquêteur:
- Francesca Perandin
-
-
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
La description
Critère d'intégration:
- Échantillons de patients pour lesquels une hémoculture et des tests de surveillance multirésistants (MDR) ont été réalisés par prélèvement rectal à l'hôpital IRCCS Sacro Cuore Don Calabria
- Échantillons pour lesquels les informations et le consentement à la conservation des échantillons biologiques à des fins de recherche ont été signés à la Tropica Biobank ou
- Échantillons pour lesquels, après tous les efforts raisonnables, il n'a pas été possible d'obtenir la signature des informations et le consentement à la conservation d'échantillons biologiques à des fins de recherche à la Biobanque Tropica (par ex. patients en soins intensifs, patients immobilisés incapables de signer ou présentant de graves altérations de la conscience).
Critère d'exclusion:
- Absence de données relatives à la positivité ou à la négativité aux germes d'intérêt
- Absence de matières résiduelles entreposées
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Objectif principal: Diagnostique
- Répartition: N / A
- Modèle interventionnel: Affectation à un seul groupe
- Masquage: Aucun (étiquette ouverte)
Nombre de bras
Armes et Interventions
Groupe de participants / BrasGroupe de participants / Bras |
Intervention / TraitementIntervention / Traitement |
|---|---|
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Autre: Analyse NGS
Échantillons résiduels anonymisés conservés à -80 ° C à la Biobanque Tropica du DITM et pour lesquels une analyse diagnostique de l'infection germinale a été réalisée au DITM par hémoculture et surveillance MDR dans un écouvillonnage rectal diagnostique de routine sera utilisée.
L'extraction de l'ADN sera effectuée sur ces échantillons résiduels (avec analyse ultérieure de la qualité et de la quantification de l'acide nucléique) pour des analyses NGS ultérieures.
|
Un pipeline analytique doté de la technologie NGS développé dans le cadre de l’étude GENRES sera utilisé pour l’identification des micro-organismes infectieux et de la résistance aux médicaments qu’ils véhiculent.
À cette fin, une méthode de séquençage sera identifiée et adoptée permettant d'obtenir des séquences génétiques d'environ 75 pb de longueur et sur la plateforme Illumina MiSeq.
De plus, des logiciels informatiques et des analyses bioinformatiques avec des paramètres de contrôle de qualité spécifiques (pré- et post-alignement des lectures) seront identifiés et adoptés afin de développer un système IVD comprenant un ensemble complet de kits et de logiciels de séquençage.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
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Présence de micro-organismes (positif/négatif)
Délai: Référence
|
Présence de micro-organisme identifiée par la technologie NGS.
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Référence
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Identification des micro-organismes
Délai: Référence
|
Identification des micro-organismes obtenue grâce à la technologie NGS.
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Référence
|
Mesures de résultats secondaires
Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
|---|---|---|
|
Identification des mutations génétiques véhiculant une résistance aux antibiotiques (résistants/sensibles)
Délai: Référence
|
Résultats (résistants/sensibles) obtenus grâce à la technologie NGS dans l'identification de mutations génétiques véhiculant une résistance aux antibiotiques.
|
Référence
|
Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Parrainer
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Début de l'étude
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement primaire
Achèvement de l'étude (Estimé)
Achèvement de l'étude
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Première publication
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour publiée
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
Autres numéros d'identification d'étude
- 2022-13
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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