Genomics en metagenomics van de ernst van astma (GEMAS)

Astma is een chronische ontstekingsziekte van de luchtwegen die wordt gekenmerkt door reversibele luchtstroomobstructie en bronchiale hyperreactiviteit als reactie op een verscheidenheid aan prikkels. Bij de meeste patiënten kan het begin van de astmasymptomen onder controle worden gehouden. Velen van hen kunnen echter astma-aanvallen of ademhalingsproblemen vertonen, exacerbaties genaamd, die optreden met ademhalingsproblemen, piepende ademhaling, hoesten of beklemd gevoel op de borst, en die hun leven kunnen bedreigen. Dergelijke exacerbaties worden veroorzaakt door een combinatie van omgevings- en genetische factoren. Aangezien studies tot nu toe echter beperkt zijn, is er een verminderd aantal genen geïdentificeerd die geassocieerd zijn met de aanleg voor deze complicaties. Bovendien hebben sommige onderzoeken DNA-sequencingtechnieken van de volgende generatie gebruikt om het microbioom (d.w.z. de microbiële gemeenschap) van de luchtwegen te karakteriseren en veranderingen in verband met astma te vinden. De belangrijkste hypothese van de studie Genomics and Metagenomics of Asthma Severity (GEMAS) is dat exacerbaties van astma worden veroorzaakt door een combinatie van de intrinsieke genetische factoren van het individu, veranderingen in het respiratoire microbioom en de interactie tussen beide factoren. De doelstellingen van dit project zijn: 1) het identificeren van genetische varianten die geassocieerd zijn met astma-exacerbaties; 2) om de veranderingen te onderzoeken die optreden in de microbiële gemeenschappen van de mondholte en luchtwegen bij personen met exacerbaties; 3) om de associatie van de genetische varianten van de gastheer en de veranderingen in het microbioom gerelateerd aan exacerbaties te analyseren.

In totaal zullen 300 Spaanse proefpersonen met astma met en zonder een voorgeschiedenis van astma-exacerbaties in de afgelopen 12 maanden worden gerekruteerd. Speeksel-, neus- en faryngeale monsters zullen worden verzameld om de mondholte en het microbioom van de bovenste luchtwegen te bestuderen door middel van sequencing-technologieën van de volgende generatie. Sequentiebepaling van het 16S ribosomaal RNA (16S rRNA) gen zal toelaten om de bacteriële diversiteit en overvloed te karakteriseren, evenals om de functionaliteit van het microbioom in elk monster af te leiden. Deze parameters zullen worden gebruikt om correlaties vast te stellen tussen het microbioom en de aanwezigheid van astma-exacerbaties. Ten slotte zal de associatie tussen de genetische variatie geassocieerd met exacerbaties in genomische studies en de metingen van abundantie, diversiteit en functies gerelateerd aan exacerbaties gezamenlijk worden onderzocht.