Badanie markerów predykcyjnych i prognostycznych u pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuca

1. Ustanowienie retrospektywnej kompilacji danych klinicznych, histopatologicznych, dotyczących leczenia i obserwacji (klinicznej patologii) dotyczących poprzednich przypadków niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC).
2. Ustalenie prospektywnego zbioru klinicznych informacji patologicznych od pacjentów z NSCLC wraz z odpowiednimi próbkami krwi i tkanek
3. Odkrywanie i walidacja biomarkerów molekularnych przeżycia i wyników leczenia NSCLC

Jedną z obecnych trudności w leczeniu raka płuca jest decyzja o leczeniu i wybór rodzaju leczenia. Istnieje zatem zapotrzebowanie na dodatkowe markery prognostyczne (wskazujące na agresywność choroby) i predykcyjne (wskazujące na prawdopodobną odpowiedź na leczenie) raka płuc. Do przeprowadzenia skutecznego programu markerów prognostycznych i predykcyjnych potrzebnych jest kilka czynników, w tym: obszerna baza danych łącząca cechy kliniczne, histopatologiczne, leczenie i wyniki każdego przypadku, zbiór próbek połączony z bazą danych, która jest odpowiednia do testowania potencjalnych markerów oraz multidyscyplinarny, międzywydziałowy poziom wiedzy specjalistycznej w leczeniu raka płuc.

Cel 1:

Przeprowadzony zostanie przegląd dokumentacji przypadków w celu wyodrębnienia danych klinicznych, dotyczących leczenia i obserwacji

Cel 2:

Pacjenci w wieku 21 lat lub starsi z nowo rozpoznanym, nieleczonym niedrobnokomórkowym rakiem płuca powinni zostać poproszeni o wyrażenie zgody. Pacjenci będą identyfikowani na podstawie dokumentacji patologicznej oraz kliniki badaczy. Po uzyskaniu zgody podmiotu uzyskana zostanie charakterystyka wyjściowa. Uzyskane zostaną dalsze dane dotyczące otrzymanych terapii i napotkanych toksyczności. Próbki guzów będą pobierane wyłącznie od pacjentów z NSCLC poddawanych zabiegom chirurgicznym w ramach rutynowej opieki klinicznej. Próbka chirurgiczna zostanie wysłana do Patologii w celu zweryfikowania adekwatności próbki diagnostycznej zgodnie ze zwykłą praktyką. Krew zostanie pobrana na początku badania (lub przed jakimkolwiek leczeniem przeciwnowotworowym) i ponownie pobrana w momencie nawrotu lub progresji choroby. Pobranie będzie obejmowało pobranie 7 ml krwi do probówki Vacutainer CPT (Becton Dickinson, USA), odwirowanie, ekstrakcję oddzielonej warstwy komórek jednojądrzastych (MNC), znakowanie, a następnie przechowywanie w temperaturze poniżej -80oC. Częstotliwość pobierania krwi będzie około 1-5 razy (łącznie 7-35 ml). Liczba nawrotów zależy od tego, czy rak płuc ma nawroty, aw zaawansowanym stadium, jak często rak płuca nawraca po leczeniu. DNA i RNA zostaną wyekstrahowane przez CSIS i przechowywane w zamrażarce. Przechowywane próbki zostaną wykorzystane do badania prognostycznych i predykcyjnych markerów wyniku oraz do odkrycia nowych zmian molekularnych

Cel 3:

Analiza biomarkerów guza i krwi. Krew zostanie wzbogacona o krążące komórki nowotworowe (CTC) przy użyciu wcześniej zoptymalizowanych metod (11), a DNA zostanie wyekstrahowane z CTC i guza przy użyciu Tri-Reagent (Centrum Badań Molekularnych, Cincinatti, OH). DNA zostanie wyekstrahowane z komórek nowotworowych, CTC i komórek jednojądrzastych i zbadane pod kątem mutacji somatycznych płuc poprzez sekwencjonowanie (2). DNA linii zarodkowej zostanie przeanalizowane pod kątem genów związanych z genetycznym ryzykiem NSCLC oraz, pod kątem toksyczności leczenia, pod kątem genów związanych ze szlakami metabolicznymi chemioterapii NSCLC.

Mikromacierz tkankowa (TMA) to wysokowydajna metoda analizy dużej liczby utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie guzów nowotworowych przy minimalnych kosztach i wysiłku. Do analizy ekspresji białek o przypuszczalnym znaczeniu dla funkcji EGFR, proliferacji komórek, angiogenezy, apoptozy, przerzutów i hormonów, zostanie wykorzystana TMA. Analizie poddane zostaną również PTEN i C/EBPa.