Badanie czynników biologicznych, genetycznych i konstytucyjnych oraz nieinwazyjnego monitorowania w celu oceny indywidualnego ryzyka zachorowania na nowotwory (PRO-ACTIVE)

Badanie obserwacyjne składa się z części retrospektywnej i prospektywnej.

Do części retrospektywnej wybranych zostanie 400 pacjentek z guzami piersi operowanymi w latach 2000–2015, w tym 200 z dziedzicznymi guzami piersi i 200 z niedziedzicznymi guzami piersi oraz z następującymi cechami klinicznymi, morfologicznymi i molekularnymi (luminalne A i B, potrójnie ujemne) oraz porównywalnym zaawansowaniem.

Tkanka guza zostanie poddana badaniom immunocytochemicznym w celu zbadania następujących parametrów: angiogeneza (CD31), fibroblasty (CD34 i wimentyna), makrofagi (CD68) oraz makrofagi związane z guzem (M1: CD11c; M2: CD163); komórki plazmatyczne (CD138), limfocyty T (CD8); komórki tuczne (CD117).

Dane zostaną skorelowane z rokowaniem oraz z ryzykiem rozwoju dziedzicznego raka piersi.

Część prospektywna z kolei przewiduje włączenie różnych kohort pacjentów, którzy są wstępnie przesiewani w ramach WP1.

Ocenionych zostanie 600 pacjentów z rozpoznanym rakiem piersi (N=200), rakiem jajnika (N=200) i rakiem jelita grubego (N=200) zakwalifikowanych do badań genetycznych linii zarodkowej w kontekście konsultacji onkogenetycznej. Pacjenci zostaną wybrani przed operacją i, jeśli wyrażą zgodę na udział w badaniu, podpiszą świadomą zgodę w ramach konsultacji onkogenetycznej.

Wybrani pacjenci przejdą pobranie krwi (5 ml do probówek z EDTA) w celu ekstrakcji kwasów nukleinowych (DNA i RNA).

Na podstawie wyniku badań genetycznych linii zarodkowej pacjenci zostaną podzieleni na 3 kohorty:

• KOHORTA 2A, osoby z dziedziczeniem dziedzicznym (probandzi): zakłada się identyfikację około 10% (N=60) probandów spośród 600 badanych osób (20 na patologię).
• KOHORTA 2B, osoby zidentyfikowane podczas poradnictwa genetycznego jako narażone na bycie nosicielami dziedzicznego zespołu nowotworowego, niepotwierdzonego testami genetycznymi: populacja 60 osób, 20 na każdy rodzaj nowotworu, o podobnych cechach klinicznych wieku i fenotypu w porównaniu z kohortą 2A.
• KOHORTA 2C, dalsza podgrupa pacjentów (N=150), 50 na każdy rodzaj nowotworu, z negatywnymi wynikami w diagnostycznej analizie genetycznej. U wybranych pacjentów z kohorty 2C DNA/RNA zostanie przeanalizowane w celu identyfikacji przyczynowych wariantów genetycznych w genach, które umknęły rutynowemu badaniu diagnostycznemu.

Ponadto wybrana zostanie kolejna kohorta pacjentów, KOHORTA 3, która obejmuje 250 pacjentów poddanych radykalnemu leczeniu chirurgicznemu i mających następujące cechy:

• miejscowo zaawansowany rak piersi z potrójnie ujemnym fenotypem lub z histologią zrazikową (N=50);
• surowiczego raka jajnika wysokiego stopnia złośliwości (N=50);
• czerniaka w stadium III (N=50);
• niedrobnokomórkowego raka płuca w stadium IIB i IIIA (N=50);
• raka jelita grubego z zajęciem węzłów chłonnych i inwazją naczyniową (N=50).

Pacjenci włączani do KOHORT 2A, 2B i 3 przejdą następujące pobrania krwi dla WP2:

• 20 ml do probówek Cell-Free DNA BCT® CE (Streck) do analizy ctDNA. Próbki są wirowane przy 1600 (±150) g przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Po wirowaniu osocze poddawane jest dalszemu wirowaniu przez 10 minut przy 3000 (±150) g.
• 20 ml do probówek Cell Save do izolacji CTC.
• 30 ml do badania krążących populacji immunologicznych (WP3). Ponadto, tkanka guza pobrana podczas fazy chirurgicznej zostanie zebrana i przeanalizowana w WP4 oraz do badania mikrośrodowiska za pomocą technik „Next Generation Sequencing” zastosowanych do guza jako całości i na poziomie pojedynczej komórki oraz do populacji immunologicznych (TILs).