Badanie dotyczące sekwencjonowania w celu wykrycia wrodzonej wady serca (SD-CHD).

Standardowa mikromacierz i kariotyp pomija wiele genetycznych przyczyn CHD. Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) i inne specjalistyczne technologie diagnostyki genetycznej i epigenetycznej, takie jak sekwencjonowanie z długim odczytem, ​​cyfrowa PCR kropelkowa, sekwencjonowanie RNA i analiza metylacji pozwolą zidentyfikować dodatkowe przyczyny CHD, ale technologie te nie były systematycznie oferowane pacjentom w okresie prenatalnym.

Precyzyjna diagnostyka płodu rozszerzyła się od diagnozy aneuploidii na podstawie kariotypu, poprzez warianty liczby kopii wykryte na mikromacierzy (takie jak zespół delecji 22q11), po sekwencjonowanie genów za pomocą paneli genów i sekwencjonowanie egzomu (ES). Ogólnie rzecz biorąc, skuteczność diagnostyczna prenatalnej ES w przypadku nieprawidłowości ultrasonograficznej u płodów z prawidłową mikromacierzą i kariotypem wynosi 8,5% i 10%. W kohortach specyficznych dla anomalii odsetek rozpoznań w przypadku obrzęków nieimmunologicznych, których etiologia jest niejednorodna genetycznie i pokrywa się z CHD, wynosi do 29%. Stosowanie ES w diagnostyce prenatalnej jest ograniczone ze względu na dostęp pacjenta ze względu na koszty, czas potrzebny na wykonanie badania, wygodę lekarza w związku z szerokim charakterem ES oraz potencjalne warianty o niepewnym znaczeniu i wtórnych wynikach.

Jakość i dokładność danych pochodzących z sekwencjonowania genomu jest bezpośrednio powiązana z jakością i dokładnością informacji wykorzystywanych w analizie bioinformatycznej. W jednym małym badaniu zauważono, że po ponownej analizie prenatalnych przypadków ES po urodzeniu lub po udostępnieniu wyników sekcji zwłok dodatkowe 20% przypadków uzyskało wynik diagnostyczny ze względu na zwiększoną ilość informacji fenotypowych. Wpływ fenotypu na skuteczność diagnostyczną sekwencjonowania genomu pod kątem określonych anomalii jest niejasny.

Coraz bardziej docenia się znaczenie postrzegania okresu płodowego i noworodkowego jako kontinuum opieki. Prenatalne wykrycie krytycznej CHD może pomóc rodzinie zoptymalizować przeżycie noworodków, a poznanie innych wyzwań zdrowotnych lub ich brak może mieć duży wpływ na przygotowanie rodziców. Może to mieć wpływ na poziom stresu u nich i decyzje dotyczące postępowania klinicznego, takie jak to, z którymi konsultantami należy się spotkać w okresie prenatalnym, który ośrodek wybrać do porodu, a potencjalnie nawet jakie leczenie rozważyć w pierwszych miesiącach i latach życia. W wcześniejszej kohorcie pediatrycznej pacjentów z kardiomiopatią przerostową (HCM) zauważono, że wśród osób z nową diagnozą molekularną u 73% osób stwierdzono wariant patogenny w genie zgodnie z ustalonymi zaleceniami postępowania klinicznego, u 36% w genach syndromowego HCM, a u 2,9 % dotyczyło genów objętych kwalifikującym się badaniem klinicznym.

Cele szczegółowe:

1. Należy przeprowadzić sekwencjonowanie całego genomu (WGS) u płodów z wykrytą w okresie prenatalnym wrodzoną wadą serca (CHD), które spełniają kryteria włączenia. Ocenić skuteczność diagnostyczną WGS w CHD oraz wpływ fenotypu prenatalnego i poporodowego na skuteczność diagnostyczną.
2. Ulepszenie filtrowania bioinformatycznego i fenotypowania prenatalnego w celu identyfikacji genów powodujących fenotyp poprzez zastosowanie szczegółowych badań ultrasonograficznych, rezonansu magnetycznego, wyników sekcji zwłok lub patologii oraz wyników profilowania biochemicznego lub proteomicznego, jeśli są dostępne.
3. Ocenić przydatność WGS w opiece nad ciążą i noworodkiem, w tym wybór miejsca porodu, konsultacje przedporodowe z lekarzami subspecjalistycznymi oraz interwencje poporodowe i konsultacje z świadczeniodawcami subspecjalistycznymi.

Realizując te cele, zespół badawczy poszerzy wiedzę naukową na temat diagnostyki genetycznej u płodów z CHD i oceni wpływ na stany lękowe i depresję w rodzinie, a także oceni użyteczność kliniczną tych informacji. Informacje te umożliwią podejście skoncentrowane na pacjencie do wdrażania nowych technologii, przy jednoczesnej poprawie wyników zdrowotnych i umożliwieniu przyszłej opieki dostosowanej do konkretnej choroby w przypadku najczęstszych wad rozwojowych strukturalnych wykrywanych w badaniu ultrasonograficznym prenatalnym.