HBV viriony vázané proteiny

Vznik hepatocelulárního karcinomu (HCC) podnítil hledání důkladného pochopení biologie jednoho z jeho hlavních původců, viru hepatitidy B (HBV). Částice HBV získávají prostřednictvím pučení a enkapsidace buněčné proteiny. U několika druhů virů se množí důkazy, že proteiny vázané na virion jsou náchylné k tomu, aby se podílely buď na replikaci, pučení/egresi nebo krocích vstupu/uvolnění virového cyklu.

Identifikace takových cílů může poskytnout ideální kandidáty pro získání náhledu na závislost HBV na omezené podskupině hostitelských proteinů, a proto poskytuje rafinované sady geneticky stabilních cílů pro terapii. Cílem tohoto projektu je vytvořit adekvátní podmínky pro robustní a reprodukovatelnou purifikaci virionů HBV v klinických vzorcích s následnou identifikací jejich hostitelských proteinů vázaných na HBV a charakterizací jejich funkcí. Proteomické profilování částic HBV purifikovaných z klinických vzorků bude překryto proteiny identifikovanými a charakterizovanými v částicích HBV pěstovaných v buněčné kultuře za použití kritérií stupně pro objevování klinických biomarkerů. Cíle identifikované v obou souborech vzorků budou podrobeny zkoumání in vitro pomocí buněk replikujících HBV. Konvenční biochemické a zobrazovací metody budou použity za účelem: (i) zjištění jejich fyzické asociace s viriony HBV; (ii) definovat způsoby jejich interakce s proteiny HBV; (iii) dešifrovat topologii a subcelulární lokalizaci jejich asociace s HBV proteiny a viriony; (iv) kvantitativně zhodnotit jejich funkční zapojení do pučení částic, vypouštění nebo sekrece a infekčnost. Kandidát, který v těchto experimentech přinesl uspokojivé výsledky, bude odhalen a dále zkoumán na úrovni strukturní biologie v programech společného výzkumu.