Kehityshäiriöiden dekoodaus Humamsissa (devodecode)

Kehityshäiriöt, joihin kuuluvat synnynnäiset poikkeavuudet ja älylliset vammat - mukaan lukien autismikirjon häiriöt - muodostavat laajan ryhmän patologioita, jotka johtuvat monimutkaisista geneettisistä ja ympäristötekijöistä. Ne voivat vaikuttaa useisiin elimiin tai kudoksiin, kuten aivopoikkeavuuksiin, pään ja kaulan epämuodostumisiin, sydänvaurioihin, luuston sairauksiin ja silmä- tai kuulosairauksiin. Niitä esiintyy noin 2–3 prosentissa elävänä syntyneistä – ja ne vaikuttavat vuosittain noin 150 000 vastasyntyneeseen Euroopassa (1). Näihin patologioihin liittyy korkea sairastuvuus ja kuolleisuus. He olivat vastuussa 632 000 kuolemasta maailmanlaajuisesti vuonna 2013 (2), mikä on suuri sosiaalinen, taloudellinen ja terveysongelma.

Yhdessä nämä sairaudet muodostavat huomattavan haasteen lääketieteellisen hoidon ja geneettisen neuvonnan kannalta, mikä korostaa tähän mennessä merkittäviä perus- ja kliinisen tiedon puutteita.

Hôpital Necker-Enfants maladesissa ja Institut des Maladies Génétiques Imaginessa hoidetaan vuosittain 20 000–25 000 potilasta, jotka kärsivät monenlaisista kehityshäiriöistä. Monitieteiset konsultaatiot yhdessä uusimpien genomitutkimusten, kuten vertailevan genomihybridisoinnin (CGH) ja koko eksomin sekvensoinnin (WES) kanssa, tarjoavat tutkimus- ja kliinisille ryhmille syvällistä tietoa näiden sairauksien ja sairauksien luonnosta. sairastuneiden potilaiden fenotyypit sekä heidän geneettisen perustansa parempi ymmärtäminen. Tästä huolimatta tuntemattomien diagnoosien määrä on erittäin korkea (yli 65–70 % tapauksista jää ilman selkeää patofysiologista leimaa), mikä johtuu sekä näiden sairauksien heterogeenisyydestä että niiden geneettisen arkkitehtuurin monimutkaisuudesta, johon todennäköisesti liittyy ei-koodaavaa DNA:ta. monia tapauksia. Tämän ei-koodaavan DNA:n tutkiminen vaatii siksi tekniikoita, kuten koko genomin sekvensointia (WGS).

DEVO-DECODE-projektin päätavoitteena on kohdistaa tällä hetkellä rajallinen tietomme kehityshäiriöiden geneettisestä arkkitehtuurista edistyneempään tietoomme niiden "ilmiöstä". Vastataksemme tähän haasteeseen ehdotamme, että hyödynnämme Institut Imaginen ja Hôpital Neckerin tutkimus- ja kliinisten ryhmien asiantuntemusta ja resursseja, jotta:

1. luoda hyvin karakterisoituja, homogeenisia kohortteja.
2. systematisoida näytteiden kerääminen potilaiden hoidosta biopankkitoimintaa ja muita tutkimuksia varten.
3. suorittaa WGS-tutkimuksia ei vain tarkentaa eksomin sekvensointitietoja, vaan ennen kaikkea tunnistaa ja validoida ei-koodaavia DNA-muutoksia sekä transkriptoiduissa että transkriptioimattomissa genomidomeeneissa.
4. kehittää tarkkoja prekliinisiä malleja ehdokaspatofysiologisten reittien toiminnallisia tutkimuksia varten.