Assay Development for Cancer Biomarker

A potenciális résztvevőket megkeresik a klinikai vagy kutatócsoport tagjai, és megkérdezik, hogy szeretnének-e csatlakozni ehhez a tanulmányhoz. A résztvevők információs lapot kezelik és megvitatják az egyénekkel, kiemelve részvételüket, kockázatukat és hasznukat ebben a kutatásban. Különösen a vizsgálatban való részvétel nem fogja megváltoztatni az önkéntesek jelenlegi terápiáit. Miután elegendő időt hagytak a döntésre, a potenciális résztvevőket felkérik egy Hozzájárulási űrlap aláírására.

A tájékozott beleegyezés megszerzése után az önkénteseket felkérjük, hogy vért, vizeletet, köpetet (nyálat) vagy más testfolyadékot, például bronchoalveoláris öblítést adjanak a vizsgálatunkhoz, ugyanakkor egyéb elemzéseket is végeznek az egyének szokásos orvosi ellátásának részeként. Ha a résztvevők egy része már új gyógyszeres terápiában részesül egy meglévő vizsgálat során, akkor megkérhetjük őket, hogy járuljanak hozzá kis mennyiségű vérrel, nyállal, vizelettel vagy más testnedvekkel kétszer, a programozott kezelés előtt és után. A minták gyűjtése a résztvevők rutin orvosi vizsgálatával egy időben történik.

A biológiai mintákat a minta típusának és a vizsgálati előírásoknak megfelelően gyűjtik és tárolják; majd a sejtkomponensek és az oldható faktorok elkülönítését a folyékony résztől a kutatócsoport tagjai végzik el. Az izolálási technikák a mintaforrástól függően változnak.

A kifejlesztendő konkrét teszttől függően a fehérjetartalmat áramlási citometriával, enzim-linked immunoassay-vel (ELISA) vagy más immunoassay-vel kell elemezni, beleértve a gyöngyök alapú Luminex® technológiát is. Mindezekben a laboratóriumi technikákban a specifikus antitest és az antigén közötti egyedi kölcsönhatás lehetővé teszi egyetlen vagy több célfehérje azonosítását egy komplex fehérjekeveréken belül.

Az áramlási citometria egyes színezékek fluoreszcens tulajdonságait használja fel, hogy értékelje a specifikus markerek jelenlétét az egészséges vagy rákos sejtek felszínén vagy belsejében. Ez segít meghatározni a specifikus sejtpopulációk gyakoriságát vagy a specifikus markerek intenzitását a sejteken. Hasonlóképpen, az ELISA lehetővé teszi az oldható anyagok minőségi és mennyiségi jellemzését; több szuszpenzióban lévő célfehérje is értékelhető Luminex® eljárással ugyanazon a mintán belül. Más biokémiai technikák, mint például az immunoblot, használhatók a sejtfelszínen vagy intracellulárisan elhelyezkedő fehérjék jelenlétének/hiányának meghatározására.

A fehérjék mellett biomolekuláris technikákkal a nukleinsav-tartalom is meghatározható, beleértve a DNS-t, az RNS-t vagy a mikroRNS-t.

Ezekkel a laboratóriumi módszerekkel a kutatási adatokat szoftver-specifikus fájlokként állítják elő, például áramlási citometriai szabványos (FCS) fájlokként az áramlási citometriás eredményekhez, képekhez és adattáblázatokhoz. Az olyan paramétereket, mint az érzékenység, a kimutatási határ és a vizsgálati variabilitás szintén kiértékeljük és numerikus táblázatokban jelentjük. Az assay fejlesztése során mind az egészséges donoroktól, mind a rákos betegektől származó adatokat összehasonlítják standard statisztikai csomagokkal, hogy olyan robusztus teszteket hozzanak létre, amelyek megkülönböztethetik a két csoportot.