Stratificazione della biopsia liquida del cancro al seno (BALIBISTRA)

Il cancro al seno è il cancro più comune nelle donne austriache. La stima della prognosi e delle strategie terapeutiche dipende sempre più dalla stratificazione dei tumori in diverse entità o classi. Attualmente, la stratificazione clinica di routine dei tumori si basa principalmente sul recettore ormonale, sullo stato di HER2 e sulla stima della proliferazione. Tuttavia, una classificazione più robusta e obiettiva dei tumori può essere raggiunta mediante la delucidazione di ulteriori proprietà biologiche, che è anche di crescente importanza, poiché le nuove terapie antitumorali si basano su meccanismi biologici. Di conseguenza, le informazioni disponibili dalle analisi molecolari vengono sempre più implementate nei test diagnostici di routine con l'obiettivo di migliorare la stratificazione per la selezione ottimale del trattamento. Ad oggi la più ampia tassonomia su base molecolare del cancro al seno è stata raggiunta mediante una classificazione basata sulla combinazione dell'espressione genica e delle alterazioni del numero di copie somatiche (SCNA), denominate cluster integrativi. Le biopsie tissutali sono l'attuale gold standard per ottenere tale classificazione. Tuttavia, spesso possono essere difficili da ottenere nel contesto metastatico e sono soggetti a bias di campionamento a causa dell'eterogeneità intratumorale. Le "biopsie liquide" sono, tra gli altri analiti, basate sull'analisi del DNA libero da cellule (cfDNA) che contiene DNA tumorale circolante (ctDNA), cioè Frammenti di DNA versati da cellule normali e tumorali nel sangue, in pazienti con cancro. Il cfDNA può essere ottenuto in modo minimamente invasivo con un prelievo di sangue, consente l'analisi "in tempo reale" del DNA tumorale dalla circolazione e i campioni di sangue possono essere ripetuti in qualsiasi momento, il che è particolarmente importante per monitorare la risposta alla terapia. Il gruppo del ricercatore ha una vasta esperienza nell'analisi del cfDNA e ha sviluppato una pletora di approcci per l'analisi del ctDNA. Recentemente, i ricercatori hanno sviluppato un nuovo approccio, che si riferisce alle posizioni dei nucleosomi e all'espressione genica. I frammenti di cfDNA sono stati associati al rilascio di DNA dalle cellule apoptotiche dopo l'elaborazione enzimatica e quindi sono costituiti principalmente da DNA mononucleosomiale. Eseguendo il sequenziamento dell'intero genoma del cfDNA, i ricercatori hanno potuto dimostrare che nei siti di inizio trascrizionale, l'occupazione del nucleosoma si traduce in diversi modelli di copertura della profondità di lettura nei geni espressi e silenti. Utilizzando l'apprendimento automatico per la classificazione dei geni, i ricercatori sono stati in grado di classificare i geni nelle cellule che rilasciano il loro DNA nella circolazione come espresso. L'ipotesi principale del progetto è che i cluster di carcinoma mammario integrativo possano essere stabiliti direttamente dal sangue senza la necessità di una biopsia tissutale invasiva. Pertanto, gli obiettivi dello studio includono il perfezionamento della stratificazione dei pazienti per una migliore selezione delle strategie di trattamento. Inoltre, i ricercatori otterranno nuove informazioni sulla biologia del carcinoma mammario metastatico, in modo che questo progetto abbia importanti implicazioni per pazienti, oncologi clinici, patologi, farmacologi e tutti i ricercatori di base interessati al cancro.